EMDB-32673: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-32673

タイトル

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209

マップデータ

試料

複合体: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209
- 複合体: VacW-209
- 複合体: SARS-CoV-2 C.1.2

生物種

Homo sapiens (ヒト) /

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Zheng Q / Sun H / Ju B / Zhang Z / Li S / Xia N

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Immune escape by SARS-CoV-2 Omicron variant and structural basis of its effective neutralization by a broad neutralizing human antibody VacW-209.
著者: Bin Ju / Qingbing Zheng / Huimin Guo / Qing Fan / Tingting Li / Shuo Song / Hui Sun / Senlin Shen / Xinrong Zhou / Wenhui Xue / Lingyan Cui / Bing Zhou / Shaowei Li / Ningshao Xia / Zheng Zhang /

履歴

登録	2022年1月22日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年7月13日	-
マップ公開	2022年7月13日	-
更新	2022年7月13日	-
現状	2022年7月13日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_32673.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_32673.map.gz	684.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-32673-v30.xml emd-32673.xml	9.8 KB 9.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_32673.png	34.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32673 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32673	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32652C 32665C 32666C 32667C 32669C 32670C 32671C 32672C 32674C 32675C 7wonC 7wp0C 7wp1C 7wp2C 7wp5C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_32673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.78 Å/pix. x 576 pix. = 448.128 Å	0.78 Å/pix. x 576 pix. = 448.128 Å	0.78 Å/pix. x 576 pix. = 448.128 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.778 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.1
最小 - 最大	-0.6064455 - 0.94639146
平均 (標準偏差)	-0.00016251963 (±0.015779905)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody...

全体	名称: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209
要素	複合体: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 複合体: VacW-209 複合体: SARS-CoV-2 C.1.2

-
超分子 #1: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody...

超分子	名称: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: VacW-209

超分子	名称: VacW-209 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: SARS-CoV-2 C.1.2

超分子	名称: SARS-CoV-2 C.1.2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TECNAI F30
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225574
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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-超分子 #1: SARS-CoV-2 C.1.2 S6P trimer in complex with neutralizing antibody...

-超分子 #2: VacW-209

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