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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
![]() | Zheng Q / Sun H / Ju B / Zhang Z / Li S / Xia N | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Immune escape by SARS-CoV-2 Omicron variant and structural basis of its effective neutralization by a broad neutralizing human antibody VacW-209. 著者: Bin Ju / Qingbing Zheng / Huimin Guo / Qing Fan / Tingting Li / Shuo Song / Hui Sun / Senlin Shen / Xinrong Zhou / Wenhui Xue / Lingyan Cui / Bing Zhou / Shaowei Li / Ningshao Xia / Zheng Zhang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 684.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 33.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.778 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody Va...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody Va...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Mu S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: VacW-209
超分子 | 名称: VacW-209 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: SARS-CoV-2 Mu
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Mu / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 323168 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |