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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32669 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 (local refinement) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / Omicron variant / spike / neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng Q / Sun H | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Immune escape by SARS-CoV-2 Omicron variant and structural basis of its effective neutralization by a broad neutralizing human antibody VacW-209. 著者: Bin Ju / Qingbing Zheng / Huimin Guo / Qing Fan / Tingting Li / Shuo Song / Hui Sun / Senlin Shen / Xinrong Zhou / Wenhui Xue / Lingyan Cui / Bing Zhou / Shaowei Li / Ningshao Xia / Zheng Zhang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32669.map.gz | 685.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32669-v30.xml emd-32669.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32669.png | 86.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32669.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32669 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32669 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32669_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32669_full_validation.pdf.gz | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32669_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32669_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32669 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32669 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.778 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibo...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibo...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron S6P trimer in complex with neutralizing antibody VacW-209 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: VacW-209 light chain
分子 | 名称: VacW-209 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.514575 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG WVFGGGTKLT VL UniProtKB: IG c335_light_IGLV1-40_IGLJ3 |
-分子 #2: VacW-209 heavy chain
分子 | 名称: VacW-209 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.460097 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SIAMHWVRQA PGKGLEWVAV MSFDGSIKYY GDSVKGRFTI SRDNSKSTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG VQGYYDRSGY YNLDYNYGMD VWGQGTTVTV SS |
-分子 #3: Spikeprotein S1
分子 | 名称: Spikeprotein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.638412 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT ...文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA P UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 451606 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |