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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32634 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis MmpL3 complexed with ST004 in lipid nanodiscs | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | drug target / novel compound / Mycobacterium tuberculosis / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang B / Hu T | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structure-based design of anti-mycobacterial drug leads that target the mycolic acid transporter MmpL3. 著者: Tianyu Hu / Xiaolin Yang / Fengjiang Liu / Shan Sun / Zhiqi Xiong / Jingxi Liang / Xiaobao Yang / Haofeng Wang / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang / 要旨: New anti-tubercular agents are urgently needed to address the emerging threat of drug resistance to human tuberculosis. Here, we have used structure-assisted methods to develop compounds that target ...New anti-tubercular agents are urgently needed to address the emerging threat of drug resistance to human tuberculosis. Here, we have used structure-assisted methods to develop compounds that target mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3). MmpL3 is essential for the transport of mycolic acids, an important cell-wall component of mycobacteria. We prepared compounds that potently inhibit the growth of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and other mycobacteria in cell culture. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of mycobacterial MmpL3 in complex with one of these compounds (ST004) was determined using lipid nanodiscs at an overall resolution of 3.36 Å. The structure reveals the binding mode of ST004 to MmpL3, with the S4 and S5 subsites of the inhibitor-binding pocket in the proton translocation channel playing vital roles. These data are a promising starting point for the development of anti-tuberculosis drugs that target MmpL3. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32634.map.gz | 59.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32634-v30.xml emd-32634.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32634.png | 91.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32634.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32634 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32634 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32634_validation.pdf.gz | 592.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32634_full_validation.pdf.gz | 592.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32634_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32634_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32634 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32634 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wnxMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mycolic acid transporter MmpL3
全体 | 名称: Mycolic acid transporter MmpL3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycolic acid transporter MmpL3
超分子 | 名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
分子 | 名称: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 |
分子量 | 理論値: 110.056781 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: FQSNAMFAWW GRTVYQFRYI VIGVMVALCL GGGVYGISLG NHVTQSGFYD EGSQSVAASL IGDEVYGRDR TSHVVAILTP PDDKKVTDK AWQKKVTEEL DQVVKDHEDQ IVGWVGWLKA PDTTDPTVSA MKTQDLRHTF ISIPLQGDDD DEILKNYQVV E PELQQVNG ...文字列: FQSNAMFAWW GRTVYQFRYI VIGVMVALCL GGGVYGISLG NHVTQSGFYD EGSQSVAASL IGDEVYGRDR TSHVVAILTP PDDKKVTDK AWQKKVTEEL DQVVKDHEDQ IVGWVGWLKA PDTTDPTVSA MKTQDLRHTF ISIPLQGDDD DEILKNYQVV E PELQQVNG GDIRLAGLNP LASELTGTIG EDQKRAEVAA IPLVAVVLFF VFGTVIAAAL PAIIGGLAIA GALGIMRLVA EF TPVHFFA QPVVTLIGLG IAIDYGLFIV SRFREEIAEG YDTEAAVRRT VMTSGRTVVF SAVIIVASSV PLLLFPQGFL KSI TYAIIA SVMLAAILSI TVLAAALAIL GPRVDALGVT TLLKIPFLAN WQFSRRIIDW FAEKTQKTKT REEVERGFWG RLVN VVMKR PIAFAAPILV VMVLLIIPLG QLSLGGISEK YLPPDNAVRQ SQEQFDKLFP GFRTEPLTLV MKREDGEPIT DAQIA DMRA KALTVSGFTD PDNDPEKMWK ERPANDSGSK DPSVRVIQNG LENRNDAAKK IDELRALQPP HGIEVFVGGT PALEQD SIH SLFDKLPLMA LILIVTTTVL MFLAFGSVVL PIKAALMSAL TLGSTMGILT WMFVDGHGSG LMNYTPQPLM APMIGLI IA VIWGLSTDYE VFLVSRMVEA RERGMSTAEA IRIGTATTGR LITGAALILA VVAGAFVFSD LVMMKYLAFG LLIALLLD A TIIRMFLVPA VMKLLGDDCW WAPRWMKRVQ EKLGLGETEL PDERKRPTVR ESETDQRALV GVGAPPPPPR PHDPTHPAP EPVRPMPPMR SNAPSAAGTA RISTPPQPPQ PPQAPAQQAG DEPATTRFAM ARNAVRNAVN SAVHGGAGSA AAPTERAPRP GGPAQPPAP PQREEREIES WLGALRGPAP AKNVPQPPAQ PQRPSTDTTR AMPPQGRPPA GPADRGNENA PTTAFSAQRP P NGGAPADA TTAIPTPPQR EQEPSTEKLN TREDAPEDPE TKRRGGGMSA QDLLRREGRL UniProtKB: Leucoagglutinating phytohemagglutinin |
-分子 #2: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-c...
分子 | 名称: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-chlorophenyl)-4-methyl-pyrazole-3-carboxamide タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 1I2 |
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分子量 | 理論値: 525.032 Da |
Chemical component information | ChemComp-1I2: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 352885 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |