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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32629
タイトルStructure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution
マップデータReconstruction of tubes of OdinTubulin polymerized at 80 degrees Celsius
試料
  • 複合体: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
    • Other: OdinTubulin
キーワードEukaryotic tubulin homolog / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.17 Å
データ登録者Akil C / Ali S / Tran LT
資金援助3件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJST CREST-JPMJCR19S5
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476
Other governmentMoore-Simons Project on the Origin of the Eukaryotic Cell-GBMF9743
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution.
著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro ...著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro Narita / Robert C Robinson /
要旨: Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic ...Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic relatives to eukaryotes. Here, we elucidated the apo and nucleotide-bound x-ray structures of an Asgard tubulin from hydrothermal living Odinarchaeota (OdinTubulin). The guanosine 5'-triphosphate (GTP)-bound structure resembles a microtubule protofilament, with GTP bound between subunits, coordinating the "+" end subunit through a network of water molecules and unexpectedly by two cations. A water molecule is located suitable for GTP hydrolysis. Time course crystallography and electron microscopy revealed conformational changes on GTP hydrolysis. OdinTubulin forms tubules at high temperatures, with short curved protofilaments coiling around the tubule circumference, more similar to FtsZ, rather than running parallel to its length, as in microtubules. Thus, OdinTubulin represents an evolutionary stage intermediate between prokaryotic FtsZ and eukaryotic microtubule-forming tubulins.
履歴
登録2022年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of tubes of OdinTubulin polymerized at 80 degrees Celsius
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.22 Å/pix.
x 600 pix.
= 1332. Å		2.22 Å/pix.
x 600 pix.
= 1332. Å		2.22 Å/pix.
x 600 pix.
= 1332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.004537762 - 0.01505494
平均 (標準偏差)0.00024066618 (±0.0012532745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 1332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon

全体名称: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
要素
  • 複合体: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
    • Other: OdinTubulin

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超分子 #1: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon

超分子名称: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: OdinTubulin was sampled from Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 MAG whose habitat is Yellowstone Lower Culex Basin hot spring.
由来(天然)生物種: Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)
分子量理論値: 47.6 kDa/nm

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分子 #1: OdinTubulin

分子名称: OdinTubulin / タイプ: other / ID: 1
詳細: Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (Odin) metagenome-assembled genome
分類: other
由来(天然)生物種: Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)
配列文字列: PMPGREILVL HVGQGGNQIG YNFWKTICEE HNIDIRSNQR KSVEEDKVDY KSVFLVEAPD GFHPRALFID LEPLAVEFLV KEMKLGSFFS EDLMVLSYSG AHNVWSIGYQ TGKKLIPVIL EKIRDTMPET LQGFLIIHTL GGGTGSGFGS LLTETLKKEF PGKGVLNFSV ...文字列:
PMPGREILVL HVGQGGNQIG YNFWKTICEE HNIDIRSNQR KSVEEDKVDY KSVFLVEAPD GFHPRALFID LEPLAVEFLV KEMKLGSFFS EDLMVLSYSG AHNVWSIGYQ TGKKLIPVIL EKIRDTMPET LQGFLIIHTL GGGTGSGFGS LLTETLKKEF PGKGVLNFSV LPSEVNDVTL APYNTVLSLN HLSRFSDLVV LFDNTALIRI VKDQLNYPVI KQFSDLNFLI GRVMASITAS LRFPGPLNMD LMEMAHNLVA LPETKFIIPS VAPLTKEESE MSTELDLVER CFDPTHYMVN CSGQGKTISS VLMFRGNIAI ENAFSIMTDI KSNVAFAPGV HPDLGLKYGI CESAPVDFDK EVTLLSNNTI ISEVFNRVLE RFDSLFNRDW YTSHYVNAGT SKSNLKEARD NFDRIIKIYK EIEGSQ

GENBANK: GENBANK: MDVT00000000.1
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度6.8 mg/mL
緩衝液pH: 6.9
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMPIPESPIPES
0.5 mMMgSO4Magnesium sulphate
0.5 mMEGTAEGTA
10.0 % (v/v)GlycerolGlycerol

詳細: 100 mM PIPES, pH 6.9, 0.5 mM EGTA, 0.5 mM MgSO4, 10% (v/v) glycerol and polymerized with 2 mM GTP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: High vacuum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7600 / 平均露光時間: 5.21 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were recorded with a K3 summit detector (FEI) in counting mode at a pixel size of 1.11 angstrom per pixel and a frame rate of 58 frames per image
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were recorded with a K3 summit detector (FEI) in counting mode
最終 再構成使用したクラス数: 30
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 36.7432 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -72.616 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.11)
ソフトウェア - 詳細: Final 3D and postprocessing were performed in RELION3.11
使用した粒子像数: 1108
Segment selection選択した数: 182760 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.2)
ソフトウェア - 詳細: Tubes were selected using EMAN2 e2helixboxer.py.
詳細: Tubules were picked manually using EMAN2 e2helixboxer and extracted in RELION3.11 with a binning box size of 250 x 250 pixels
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was obtained reconstruction OdinTubulin from initial cryoEM screening samples
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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