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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution | ||||||||||||
![]() | Reconstruction of tubes of OdinTubulin polymerized at 80 degrees Celsius | ||||||||||||
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![]() | Eukaryotic tubulin homolog / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.17 Å | ||||||||||||
![]() | Akil C / Ali S / Tran LT | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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![]() | ![]() タイトル: Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution. 著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro ...著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro Narita / Robert C Robinson / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic ...Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic relatives to eukaryotes. Here, we elucidated the apo and nucleotide-bound x-ray structures of an Asgard tubulin from hydrothermal living Odinarchaeota (OdinTubulin). The guanosine 5'-triphosphate (GTP)-bound structure resembles a microtubule protofilament, with GTP bound between subunits, coordinating the "+" end subunit through a network of water molecules and unexpectedly by two cations. A water molecule is located suitable for GTP hydrolysis. Time course crystallography and electron microscopy revealed conformational changes on GTP hydrolysis. OdinTubulin forms tubules at high temperatures, with short curved protofilaments coiling around the tubule circumference, more similar to FtsZ, rather than running parallel to its length, as in microtubules. Thus, OdinTubulin represents an evolutionary stage intermediate between prokaryotic FtsZ and eukaryotic microtubule-forming tubulins. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 91.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 55.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of tubes of OdinTubulin polymerized at 80 degrees Celsius | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.22 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
全体 | 名称: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon |
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要素 |
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-超分子 #1: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon
超分子 | 名称: Tubulin homolog from Candidatus Odinarchaeota archaeon タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: OdinTubulin was sampled from Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 MAG whose habitat is Yellowstone Lower Culex Basin hot spring. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.6 kDa/nm |
-分子 #1: OdinTubulin
分子 | 名称: OdinTubulin / タイプ: other / ID: 1 詳細: Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (Odin) metagenome-assembled genome 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: PMPGREILVL HVGQGGNQIG YNFWKTICEE HNIDIRSNQR KSVEEDKVDY KSVFLVEAPD GFHPRALFID LEPLAVEFLV KEMKLGSFFS EDLMVLSYSG AHNVWSIGYQ TGKKLIPVIL EKIRDTMPET LQGFLIIHTL GGGTGSGFGS LLTETLKKEF PGKGVLNFSV ...文字列: PMPGREILVL HVGQGGNQIG YNFWKTICEE HNIDIRSNQR KSVEEDKVDY KSVFLVEAPD GFHPRALFID LEPLAVEFLV KEMKLGSFFS EDLMVLSYSG AHNVWSIGYQ TGKKLIPVIL EKIRDTMPET LQGFLIIHTL GGGTGSGFGS LLTETLKKEF PGKGVLNFSV LPSEVNDVTL APYNTVLSLN HLSRFSDLVV LFDNTALIRI VKDQLNYPVI KQFSDLNFLI GRVMASITAS LRFPGPLNMD LMEMAHNLVA LPETKFIIPS VAPLTKEESE MSTELDLVER CFDPTHYMVN CSGQGKTISS VLMFRGNIAI ENAFSIMTDI KSNVAFAPGV HPDLGLKYGI CESAPVDFDK EVTLLSNNTI ISEVFNRVLE RFDSLFNRDW YTSHYVNAGT SKSNLKEARD NFDRIIKIYK EIEGSQ GENBANK: GENBANK: MDVT00000000.1 |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 6.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.9 構成要素:
詳細: 100 mM PIPES, pH 6.9, 0.5 mM EGTA, 0.5 mM MgSO4, 10% (v/v) glycerol and polymerized with 2 mM GTP | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: High vacuum | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7600 / 平均露光時間: 5.21 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 詳細: Images were recorded with a K3 summit detector (FEI) in counting mode at a pixel size of 1.11 angstrom per pixel and a frame rate of 58 frames per image |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |