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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32618 | |||||||||
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タイトル | Structure of PfENT1(Y190A) in complex with nanobody 19 | |||||||||
マップデータ | PfNT1 in the apo state(in complex with nanobody19) | |||||||||
試料 |
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キーワード | malaria / nucleoside transporter / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | nicotinamide riboside transmembrane transporter activity / Equilibrative nucleoside transporter / nucleobase transmembrane transporter activity / fungal-type vacuole membrane / MFS transporter superfamily / Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Deng D / Ren RB / Yu LY | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the substrate recognition and inhibition mechanism of Plasmodium falciparum nucleoside transporter PfENT1. 著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / ...著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / Peng Zhang / Li Guo / Ruobing Ren / Dong Deng / 要旨: By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates ...By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates nucleoside uptake in the asexual blood stage. Specific inhibitors of PfENT1 prevent the proliferation of P. falciparum at submicromolar concentrations. However, the substrate recognition and inhibitory mechanism of PfENT1 are still elusive. Here, we report cryo-EM structures of PfENT1 in apo, inosine-bound, and inhibitor-bound states. Together with in vitro binding and uptake assays, we identify that inosine is the primary substrate of PfENT1 and that the inosine-binding site is located in the central cavity of PfENT1. The endofacial inhibitor GSK4 occupies the orthosteric site of PfENT1 and explores the allosteric site to block the conformational change of PfENT1. Furthermore, we propose a general "rocker switch" alternating access cycle for ENT transporters. Understanding the substrate recognition and inhibitory mechanisms of PfENT1 will greatly facilitate future efforts in the rational design of antimalarial drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32618.map.gz | 85.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32618-v30.xml emd-32618.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32618.png | 41.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32618 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32618 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32618_validation.pdf.gz | 467 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32618_full_validation.pdf.gz | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32618_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32618_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32618 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32618 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | PfNT1 in the apo state(in complex with nanobody19) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PfENT1(Y190A) in complex with nanobody 19
全体 | 名称: PfENT1(Y190A) in complex with nanobody 19 |
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要素 |
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-超分子 #1: PfENT1(Y190A) in complex with nanobody 19
超分子 | 名称: PfENT1(Y190A) in complex with nanobody 19 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
-超分子 #2: PfENT1
超分子 | 名称: PfENT1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
-超分子 #3: nanobody 19
超分子 | 名称: nanobody 19 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter
分子 | 名称: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 47.579801 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSTGKESSKA YADIESRGDY KDDGKKGSTL SSKQHFMLSL TFILIGLSSL NVWNTALGLN INFKYNTFQI TGLVCSSIVA LFVEIPKIM LPFLLGGLSI LCAGFQISHS FFTDTQFDTY CLVAFIVIGV VAGLAQTIAF NIGSTMEDNM GGYMSAGIGI S GVFIFVIN ...文字列: MSTGKESSKA YADIESRGDY KDDGKKGSTL SSKQHFMLSL TFILIGLSSL NVWNTALGLN INFKYNTFQI TGLVCSSIVA LFVEIPKIM LPFLLGGLSI LCAGFQISHS FFTDTQFDTY CLVAFIVIGV VAGLAQTIAF NIGSTMEDNM GGYMSAGIGI S GVFIFVIN LLLDQFVSPE KHYGVNKAKL LALYIICELC LILAIVFCVC NLDLTNKNNK KDEENKENNA TLSYMELFKD SY KAILTMF LVNWLTLQLF PGVGHKKWQE SHNISDYNVT IIVGMFQVFD FLSRYPPNLT HIKIFKNFTF SLNKLLVANS LRL LFIPWF ILNACVDHPF FKNIVQQCVC MAMLAFTNGW FNTVPFLVFV KELKKAKKKK EIEIISTFLV IAMFVGLFCG IWTT YIYNL FNIVLPKPDL PPIDVTQ UniProtKB: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter |
-分子 #2: nanobody19
分子 | 名称: nanobody19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
分子量 | 理論値: 13.180519 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
配列 | 文字列: QLQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGSTSN INVMGWYRQA PGKQRELVAT ISSGDALNYA NSVEGRFTIS RDAAKNTVYL QMNSLKPED SAVYICNAYV VSSYGYRASW NDYWGQGTQV TVSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 89264 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |