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- EMDB-32617: Structure of human SGLT1-MAP17 complex bound with LX2761 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32617
タイトルStructure of human SGLT1-MAP17 complex bound with LX2761
マップデータSharpened map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
試料
  • 複合体: human SGLT1-MAP17 complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/glucose cotransporter 1
    • タンパク質・ペプチド: PDZK1-interacting protein 1
  • リガンド: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-methylsulfanyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]phenyl]methyl]phenyl]butanoylamino]propanamide
キーワードglucose transporter / SGLT / sodium glucose transporter / membrane protein / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / myo-inositol transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport / fucose transmembrane transporter activity ...myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / myo-inositol transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport / fucose transmembrane transporter activity / intestinal D-glucose absorption / galactose transmembrane transporter activity / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / D-glucose:sodium symporter activity / galactose transmembrane transport / intracellular organelle / water transmembrane transporter activity / renal D-glucose absorption / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / transepithelial water transport / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transport / intracellular vesicle / transport across blood-brain barrier / brush border membrane / nuclear membrane / early endosome / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PDZK1-interacting protein 1/SMIM24 / Membrane-associated protein 117 kDa, PDZK1-interacting protein 1 / Sodium:solute symporter family signature 2. / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/glucose cotransporter 1 / PDZK1-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen L / Niu Y / Cui W
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91957201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870833 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of SGLT1 inhibitors.
著者: Yange Niu / Wenhao Cui / Rui Liu / Sanshan Wang / Han Ke / Xiaoguang Lei / Lei Chen /
要旨: Sodium glucose co-transporters (SGLT) harness the electrochemical gradient of sodium to drive the uphill transport of glucose across the plasma membrane. Human SGLT1 (hSGLT1) plays a key role in ...Sodium glucose co-transporters (SGLT) harness the electrochemical gradient of sodium to drive the uphill transport of glucose across the plasma membrane. Human SGLT1 (hSGLT1) plays a key role in sugar uptake from food and its inhibitors show promise in the treatment of several diseases. However, the inhibition mechanism for hSGLT1 remains elusive. Here, we present the cryo-EM structure of the hSGLT1-MAP17 hetero-dimeric complex in the presence of the high-affinity inhibitor LX2761. LX2761 locks the transporter in an outward-open conformation by wedging inside the substrate-binding site and the extracellular vestibule of hSGLT1. LX2761 blocks the putative water permeation pathway of hSGLT1. The structure also uncovers the conformational changes of hSGLT1 during transitions from outward-open to inward-open states.
履歴
登録2022年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32617.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.88 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.88 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.821 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.9103718 - 5.549981
平均 (標準偏差)-0.00009520257 (±0.15477586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 229.87999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-A map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.

ファイルemd_32617_half_map_1.map
注釈Half-A map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-B map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.

ファイルemd_32617_half_map_2.map
注釈Half-B map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human SGLT1-MAP17 complex

全体名称: human SGLT1-MAP17 complex
要素
  • 複合体: human SGLT1-MAP17 complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/glucose cotransporter 1
    • タンパク質・ペプチド: PDZK1-interacting protein 1
  • リガンド: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-methylsulfanyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]phenyl]methyl]phenyl]butanoylamino]propanamide

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超分子 #1: human SGLT1-MAP17 complex

超分子名称: human SGLT1-MAP17 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium/glucose cotransporter 1

分子名称: Sodium/glucose cotransporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.557703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF ...文字列:
MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF INLALGLNLY LAIFLLLAIT ALYTITGGLA AVIYTDTLQT VIMLVGSLIL TGFAFHEVGG YDAFMEKYMK AI PTIVSDG NTTFQEKCYT PRADSFHIFR DPLTGDLPWP GFIFGMSILT LWYWCTDQVI VQRCLSAKNM SHVKGGCILC GYL KLMPMF IMVMPGMISR ILYTEKIACV VPSECEKYCG TKVGCTNIAY PTLVVELMPN GLRGLMLSVM LASLMSSLTS IFNS ASTLF TMDIYAKVRK RASEKELMIA GRLFILVLIG ISIAWVPIVQ SAQSGQLFDY IQSITSYLGP PIAAVFLLAI FWKRV NEPG AFWGLILGLL IGISRMITEF AYGTGSCMEP SNCPTIICGV HYLYFAIILF AISFITIVVI SLLTKPIPDV HLYRLC WSL RNSKEERIDL DAEEENIQEG PKETIEIETQ VPEKKKGIFR RAYDLFCGLE QHGAPKMTEE EEKAMKMKMT DTSEKPL WR TVLNVNGIIL VTVAVFCHAY FA

UniProtKB: Sodium/glucose cotransporter 1

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分子 #2: PDZK1-interacting protein 1

分子名称: PDZK1-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.265092 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSALSLLILG LLMAVPPASC QQGLGNLQPW MQGLIAVAVF LVLVAIAFAV NHFWCQEEPE PAHMILTVGN KADGVLVGTD GRYSSMAAS FRSSEHENAY ENVPEEEGKV RSTPM

UniProtKB: PDZK1-interacting protein 1

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分子 #3: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,...

分子名称: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-methylsulfanyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]phenyl]methyl]phenyl]butanoylamino]propanamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 1YI
分子量理論値: 601.797 Da
Chemical component information

ChemComp-1YI:
N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-methylsulfanyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]phenyl]methyl]phenyl]butanoylamino]propanamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) / 使用した粒子像数: 12133
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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