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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Sakaniwa K / Ohto U | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction. 著者: Kentaro Sakaniwa / Akiko Fujimura / Takuma Shibata / Hideki Shigematsu / Toru Ekimoto / Masaki Yamamoto / Mitsunori Ikeguchi / Kensuke Miyake / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / ![]() 要旨: Toll-like receptor 3 (TLR3) is a member of the TLR family, which plays an important role in the innate immune system and is responsible for recognizing viral double-stranded RNA (dsRNA). Previous ...Toll-like receptor 3 (TLR3) is a member of the TLR family, which plays an important role in the innate immune system and is responsible for recognizing viral double-stranded RNA (dsRNA). Previous biochemical and structural studies have revealed that a minimum length of approximately 40-50 base pairs of dsRNA is necessary for TLR3 binding and dimerization. However, efficient TLR3 activation requires longer dsRNA and the molecular mechanism underlying its dsRNA length-dependent activation remains unknown. Here, we report cryo-electron microscopy analyses of TLR3 complexed with longer dsRNA. TLR3 dimers laterally form a higher multimeric complex along dsRNA, providing the basis for cooperative binding and efficient signal transduction. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 41.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wm4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
全体 | 名称: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
超分子 | 名称: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Toll-like receptor 3
分子 | 名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 77.365852 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TNQCTVRYNV ADCSHLKLTH IPDDLPSNIT VLNLTHNQLR RLPPTNFTRY SQLAILDAGF NSISKLEPEL CQILPLLKVL NLQHNELSQ ISDQTFVFCT NLTELDLMSN SIHKIKSNPF KNQKNLIKLD LSHNGLSSTK LGTGVQLENL QELLLAKNKI L ALRSEELE ...文字列: TNQCTVRYNV ADCSHLKLTH IPDDLPSNIT VLNLTHNQLR RLPPTNFTRY SQLAILDAGF NSISKLEPEL CQILPLLKVL NLQHNELSQ ISDQTFVFCT NLTELDLMSN SIHKIKSNPF KNQKNLIKLD LSHNGLSSTK LGTGVQLENL QELLLAKNKI L ALRSEELE FLGNSSLRKL DLSSNPLKEF SPGCFQTIGK LFALLLNNAQ LNPHLTEKLC WELSNTSIQN LSLANNQLLA TS ESTFSGL KWTNLTQLDL SYNNLHDVGN GSFSYLPSLR YLSLEYNNIQ RLSPRSFYGL SNLRYLSLKR AFTKQSVSLA SHP NIDDFS FQWLKYLEYL NMDDNNIPST KSNTFTGLVS LKYLSLSKTF TSLQTLTNET FVSLAHSPLL TLNLTKNHIS KIAN GTFSW LGQLRILDLG LNEIEQKLSG QEWRGLRNIF EIYLSYNKYL QLSTSSFALV PSLQRLMLRR VALKNVDISP SPFRP LRNL TILDLSNNNI ANINEDLLEG LENLEILDFQ HNNLARLWKR ANPGGPVNFL KGLSHLHILN LESNGLDEIP VGVFKN LFE LKSINLGLNN LNKLEPFIFD DQTSLRSLNL QKNLITSVEK DVFGPPFQNL NSLDMRFNPF DCTCESISWF VNWINQT HT NISELSTHYL CNTPHHYYGF PLKLFDTSSC KDSAPFEL UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: RNA (81-MER)
分子 | 名称: RNA (81-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 25.699127 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U |
-分子 #3: RNA (81-MER)
分子 | 名称: RNA (81-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 25.676088 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.3 / 詳細: 25 mM MES-NaOH pH 5.3, 0.3 M NaCl |
糖包埋 | 材質: ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274002 |