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万見
- EMDB-32540: Cryo-EM structure of human TPH2 tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32540
タイトルCryo-EM structure of human TPH2 tetramer
マップデータhalf map 2
試料
  • 複合体: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole
    • タンパク質・ペプチド: Tryptophan 5-hydroxylase 2
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: IMIDAZOLE
キーワードHuman / Tryptophan 5-hydroxylase 2 / tetramer / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan 5-hydroxylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Zhu KF / Liu C / Zhang HW / Wang DP
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900046 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81972085 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172465 中国
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure and Activator Screening of Human Tryptophan Hydroxylase 2.
著者: Kongfu Zhu / Chao Liu / Yuanzhu Gao / Jianping Lu / Daping Wang / Huawei Zhang /
要旨: Human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) is the rate-limiting enzyme in the synthesis of serotonin. Its dysfunction has been implicated in various psychiatric disorders such as depression, autism, and ...Human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) is the rate-limiting enzyme in the synthesis of serotonin. Its dysfunction has been implicated in various psychiatric disorders such as depression, autism, and bipolar disorder. TPH2 is typically decreased in stability and catalytic activity in patients; thus, screening of molecules capable of binding and stabilizing the structure of TPH2 in activated conformation is desired for drug development in mental disorder treatment. Here, we solved the 3.0 Å cryo-EM structure of the TPH2 tetramer. Then, based on the structure, we conducted allosteric site prediction and small-molecule activator screening to the obtained cavity. ZINC000068568685 was successfully selected as the best candidate with highest binding affinity. To better understand the driving forces and binding stability of the complex, we performed molecular dynamics simulation, which indicates that ZINC000068568685 has great potential to stabilize the folding of the TPH2 tetramer to facilitate its activity. The research might shed light on the development of novel drugs targeting TPH2 for the treatment of psychological disorders.
履歴
登録2022年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32540.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half map 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.552 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.552 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.9167008 - 4.7845745
平均 (標準偏差)0.0014280446 (±0.13637945)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_32540_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_32540_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole

全体名称: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole
要素
  • 複合体: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole
    • タンパク質・ペプチド: Tryptophan 5-hydroxylase 2
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: IMIDAZOLE

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超分子 #1: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole

超分子名称: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tryptophan 5-hydroxylase 2

分子名称: Tryptophan 5-hydroxylase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tryptophan 5-monooxygenase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.129609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQPAMMMFSS KYWARRGFSL DSAVPEEHQL LGSSTLNKPN SGKNDDKGNK GSSKREAATE SGKTAVVFSL KNEVGGLVKA LRLFQEKRV NMVHIESRKS RRRSSEVEIF VDCECGKTEF NELIQLLKFQ TTIVTLNPPE NIWTEEEELE DVPWFPRKIS E LDKCSHRV ...文字列:
MQPAMMMFSS KYWARRGFSL DSAVPEEHQL LGSSTLNKPN SGKNDDKGNK GSSKREAATE SGKTAVVFSL KNEVGGLVKA LRLFQEKRV NMVHIESRKS RRRSSEVEIF VDCECGKTEF NELIQLLKFQ TTIVTLNPPE NIWTEEEELE DVPWFPRKIS E LDKCSHRV LMYGSELDAD HPGFKDNVYR QRRKYFVDVA MGYKYGQPIP RVEYTEEETK TWGVVFRELS KLYPTHACRE YL KNFPLLT KYCGYREDNV PQLEDVSMFL KERSGFTVRP VAGYLSPRDF LAGLAYRVFH CTQYIRHGSD PLYTPEPDTC HEL LGHVPL LADPKFAQFS QEIGLASLGA SDEDVQKLAT CYFFTIEFGL CKQEGQLRAY GAGLLSSIGE LKHALSDKAC VKAF DPKTT CLQECLITTF QEAYFVSESF EEAKEKMRDF AKSITRPFSV YFNPYTQSIE ILKDTRSIEN VVQDLRSDLN TVCDA LNKM NQYLGI

UniProtKB: Tryptophan 5-hydroxylase 2

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #3: IMIDAZOLE

分子名称: IMIDAZOLE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: IMD
分子量理論値: 69.085 Da
Chemical component information

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5den

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 318441
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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