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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32535 | |||||||||
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タイトル | Structure of SUR1 in complex with mitiglinide | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SUR1 / KATP / channel / mitiglinide / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / ABC-family proteins mediated transport / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / inward rectifier potassium channel activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport ...ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / ABC-family proteins mediated transport / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / inward rectifier potassium channel activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / ankyrin binding / response to ATP / potassium ion import across plasma membrane / ABC-type transporter activity / negative regulation of insulin secretion / regulation of membrane potential / potassium ion transport / glucose metabolic process / transmembrane transporter binding / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mesocricetus auratus (ネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen L / Wang MM | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022 タイトル: Structural Insights Into the High Selectivity of the Anti-Diabetic Drug Mitiglinide. 著者: Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen / 要旨: Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, ...Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, we show the cryo-EM structure of the SUR1 subunit complexed with mitiglinide. The structure reveals that mitiglinide binds inside the common insulin secretagogue-binding site of SUR1, which is surrounded by TM7, TM8, TM16, and TM17. Mitiglinide locks SUR1 in the NBD-separated inward-facing conformation. The detailed structural analysis of the mitiglinide-binding site uncovers the molecular basis of its high selectivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32535.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32535-v30.xml emd-32535.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32535.png | 3.8 MB | ||
マスクデータ | emd_32535_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-32535.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_32535_half_map_1.map.gz emd_32535_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32535 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32535_validation.pdf.gz | 954.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32535_full_validation.pdf.gz | 954.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32535_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32535_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32535 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7witMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32535_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32535_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32535_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Sulfonylurea receptor 1
全体 | 名称: Sulfonylurea receptor 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfonylurea receptor 1
超分子 | 名称: Sulfonylurea receptor 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
-分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding c...
分子 | 名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Fusion protein of potassium channel, linkers and Abcc8 コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 159.439844 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPLSRKGIIP EEYVLTRLAE DPAEPRYRTR ERRVDGSGSG SGSAAGSGSG SGSGSGAAAE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFI KTAHKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI L ADLLGFAG ...文字列: GPLSRKGIIP EEYVLTRLAE DPAEPRYRTR ERRVDGSGSG SGSAAGSGSG SGSGSGAAAE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFI KTAHKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI L ADLLGFAG PLCIFGIVDH LGKENHVFQP KTQFLGVYFV SSQEFLGNAY VLAVLLFLAL LLQRTFLQAS YYVAIETGIN LR GAIQTKI YNKIMHLSTS NLSMGEMTAG QICNLVAIDT NQLMWFFFLC PNLWAMPVQI IVGVILLYYI LGVSALIGAA VII LLAPVQ YFVATKLSQA QRSTLEHSNE RLKQTNEMLR GMKLLKLYAW ESIFCSRVEV TRRKEMTSLR AFAVYTSISI FMNT AIPIA AVLITFVGHV SFFKESDLSP SVAFASLSLF HILVTPLFLL SSVVRSTVKA LVSVQKLSEF LSSAEIREEQ CAPRE PAPQ GQAGKYQAVP LKVVNRKRPA REEVRDLLGP LQRLAPSMDG DADNFCVQII GGFFTWTPDG IPTLSNITIR IPRGQL TMI VGQVGCGKSS LLLATLGEMQ KVSGAVFWNS NLPDSEGEDP SSPERETAAG SDIRSRGPVA YASQKPWLLN ATVEENI TF ESPFNKQRYK MVIEACSLQP DIDILPHGDQ TQIGERGINL SGGQRQRISV ARALYQQTNV VFLDDPFSAL DVHLSDHL M QAGILELLRD DKRTVVLVTH KLQYLPHADW IIAMKDGTIQ REGTLKDFQR SECQLFEHWK TLMNRQDQEL EKETVMERK ASEPSQGLPR AMSSRDGLLL DEEEEEEEAA ESEEDDNLSS VLHQRAKIPW RACTKYLSSA GILLLSLLVF SQLLKHMVLV AIDYWLAKW TDSALVLSPA ARNCSLSQEC DLDQSVYAMV FTLLCSLGIV LCLVTSVTVE WTGLKVAKRL HRSLLNRIIL A PMRFFETT PLGSILNRFS SDCNTIDQHI PSTLECLSRS TLLCVSALTV ISYVTPVFLV ALLPLAVVCY FIQKYFRVAS RD LQQLDDT TQLPLLSHFA ETVEGLTTIR AFRYEARFQQ KLLEYTDSNN IASLFLTAAN RWLEVRMEYI GACVVLIAAA TSI SNSLHR ELSAGLVGLG LTYALMVSNY LNWMVRNLAD MEIQLGAVKR IHALLKTEAE SYEGLLAPSL IPKNWPDQGK IQIQ NLSVR YDSSLKPVLK HVNALISPGQ KIGICGRTGS GKSSFSLAFF RMVDMFEGRI IIDGIDIAKL PLHTLRSRLS IILQD PVLF SGTIRFNLDP EKKCSDSTLW EALEIAQLKL VVKALPGGLD AIITEGGENF SQGQRQLFCL ARAFVRKTSI FIMDEA TAS IDMATENILQ KVVMTAFADR TVVTIAHRVH TILSADLVMV LKRGAILEFD KPETLLSQKD SVFASFVRAD K UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11, ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #3: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxi...
分子 | 名称: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)butanoic acid タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 9I0 |
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分子量 | 理論値: 315.407 Da |
Chemical component information | ChemComp-9I0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: cryo-sparc |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82717 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |