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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32440 | |||||||||
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タイトル | Structure of Csy-AcrIF24-dsDNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang L / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Insights into the inhibition of type I-F CRISPR-Cas system by a multifunctional anti-CRISPR protein AcrIF24. 著者: Lingguang Yang / Laixing Zhang / Peipei Yin / Hao Ding / Yu Xiao / Jianwei Zeng / Wenhe Wang / Huan Zhou / Qisheng Wang / Yi Zhang / Zeliang Chen / Maojun Yang / Yue Feng / 要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. The HTH motif of AcrIF24 can bind the Acr promoter region and repress its transcription, suggesting its role as an Aca gene in self-regulation. AcrIF24 forms a homodimer and further induces dimerization of the Csy complex. Apart from blocking the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF24 also induces the binding of non-sequence-specific dsDNA to the Csy complex, similar to AcrIF9, although this binding seems to play a minor role in AcrIF24 inhibitory capacity. Further structural and biochemical studies of the Csy-AcrIF24-dsDNA complexes and of AcrIF24 mutants reveal that the HTH motif of AcrIF24 and the PAM recognition loop of the Csy complex are structural elements essential for this non-specific dsDNA binding. Moreover, AcrIF24 and AcrIF9 display distinct characteristics in inducing non-specific DNA binding. Together, our findings highlight a multifunctional Acr and suggest potential wide distribution of Acr-induced non-specific DNA binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32440.map.gz | 9.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32440-v30.xml emd-32440.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32440_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32440.png | 91.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32440.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32440 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32440 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Csy-AcrIF24
全体 | 名称: Csy-AcrIF24 |
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要素 |
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-超分子 #1: Csy-AcrIF24
超分子 | 名称: Csy-AcrIF24 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-分子 #1: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 36.244074 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: CRISPR-associated protein Csy3
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 37.623324 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARTWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3 |
-分子 #3: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 21.429477 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARTL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQATA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF UniProtKB: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 |
-分子 #4: AcrIF24
分子 | 名称: AcrIF24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 24.995271 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR ...文字列: MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR HVVGEGSFTG VSGAAAAALL GMSATNFRKY TAGDSAANRQ KISFAAWHYL LDRLGVKRAS |
-分子 #6: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 49.313254 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA ...文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNSE RYGENWLLPS LPPHWQRQDQ RAPIRHSSVF EHDFGRSPEV SRLTRTLQRL LAKTRHNNFT IRR YRAQLV GQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #5: RNA (60-MER)
分子 | 名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 19.265404 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG GENBANK: GENBANK: HQ326201.1 |
-分子 #7: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*CP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 16.574561 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG) ...文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC) GENBANK: GENBANK: CP061850.1 |
-分子 #8: DNA-r
分子 | 名称: DNA-r / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 16.708691 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DA)(DA)(DG)(DG)(DT) ...文字列: (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) GENBANK: GENBANK: CP061850.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |