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万見
- EMDB-32357: Dimethylformamidase, 2x(A2B2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32357
タイトルDimethylformamidase, 2x(A2B2)
マップデータB-factor sharpened map from post processing step in Relion
試料
  • 複合体: DMFase, an amidohydrolase
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase small subunit
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water水
機能・相同性N,N-dimethylformamidase / N,N-dimethylformamidase activity / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / N,N-dimethylformamidase large subunit / N,N-dimethylformamidase small subunit
機能・相同性情報
生物種Paracoccus sp. (バクテリア) / Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vinothkumar KR / Subramanian R / Arya C / Ramanathan G
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimethylformamidase with a Unique Iron Center
著者: Arya C / Ramanathan G / Vinothkumar KR / Subramanian R
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map from post processing step in Relion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.19257833 - 0.39406684
平均 (標準偏差)2.74257e-05 (±0.017593727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: One of the half maps from final refinement

ファイルemd_32357_half_map_1.map
注釈One of the half maps from final refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the half maps from final refinement

ファイルemd_32357_half_map_2.map
注釈One of the half maps from final refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DMFase, an amidohydrolase

全体名称: DMFase, an amidohydrolase
要素
  • 複合体: DMFase, an amidohydrolase
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase small subunit
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: DMFase, an amidohydrolase

超分子名称: DMFase, an amidohydrolase / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. (バクテリア) / 株: SSG05
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3)
分子量実験値: 400 KDa

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分子 #1: N,N-dimethylformamidase large subunit

分子名称: N,N-dimethylformamidase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: N,N-dimethylformamidase
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
分子量理論値: 86.341758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDIAIRGYC DRPSVATGET IRFYVSANET RGTFDAELVR LIHGDSNPAG PGYKEEAIKS DLEGQYPARF QRTQFGSYVE VADPDAGLQ PDGAFSVHLF LWSTTPSRGR QGIASRWNDE RQSGWNLAIE DGRVVFTIGD GSGATSSVVS DRPLFQQIWY S ITGVYDPE ...文字列:
MKDIAIRGYC DRPSVATGET IRFYVSANET RGTFDAELVR LIHGDSNPAG PGYKEEAIKS DLEGQYPARF QRTQFGSYVE VADPDAGLQ PDGAFSVHLF LWSTTPSRGR QGIASRWNDE RQSGWNLAIE DGRVVFTIGD GSGATSSVVS DRPLFQQIWY S ITGVYDPE KKQLRLYQKS VVNRTNSRFG LVVPLDSDCA VSADATVKAA DSETSLLIAG LGEAAAQDGR TWCIAHYNGK VD APKIYGC ALGQDDAEKL SRGEIVRPIS RLAHWDFSAG IGLNGIPTDH VVDASGYGHH GRCMNQPSRG STGWNWDGHE ENF IHCPEQ YGALWFHEDC LDDCRWEKDF EFTVPEGLKS DFYAVKIRYE DTEDYIPFFV LPPRGTATAP ILVIASTLSY LAYA NEQIM HKADIGQAVA GHTPVLNEND VELHKNLSYY GLSTYDGHID GRGVQYTSWR RPIMNLRPKH RQGFGSIWEL PADLH LIDW LNHNGFEYDV ATEHDLNDQG AELLRRYKVV LTGSHPEYQT WANADAWEDY LADGGRGMYL AANGMYWIVE VHPEKP WVM EVRKELGVTA WEAPPGEYHY STNGRRGGRF RGRARATQKI WGTGMSSFGF DHSGYFVQMP DSQDERVAWI MEGIDPE ER IGDGGLVGGG AGGYELDRYD LALGTPPNTL LLASSVEHSV VYTVIPDDKA FPHPGMNGGE HPFVRADITY FSTANGGG M FATSSISWLG SLSWNDYDNN VSKMTKNVLN QFIKDEPAPR VKLAAALEHH HHHH

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分子 #2: N,N-dimethylformamidase small subunit

分子名称: N,N-dimethylformamidase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: N,N-dimethylformamidase
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
分子量理論値: 16.083823 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MTEASESCVR DPSNYRDRSA DWYAFYDERR RKEIIDIIDE HPEIVEEHAA NPFGYRKHPS PYLQRVHNYF RMQPTFGRYY IYSEREWDA YRIATIREFG ELPELGDERF KTEEEAMHAV FLRRIEDVRA ELA

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分子 #3: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 290 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHepes
200.0 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: wait time - 10 seconds and 3.5 seconds blot.
詳細Enzyme after gel filtration was used for cryoEM grid prep. Sample was held at 37 degrees before application on the grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130841 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.85 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 79.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 548 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 28.3 e/Å2
詳細: One image was collected per hole. Total of 25 frames was saved and each frame has ~1.13 e/A2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 114182
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Previous EM map (obtained from 2D classes and angular reconstitution with EMAN2) was low pass filtered to 60A.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Resolution was limited to 6A and T=4. One good class with predominant number of particles were taken to the next step of refinement and reconstruction.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: The final reconstruction was from a single 3D class after B-factor weighting and aberration correction in Relion 3.1
使用した粒子像数: 28964
詳細From the 548 images, MotionCor2 was used for full frame alignment. After CTF estimation, 528 micrographs were selected and used for further extraction. Two rounds of 2D classification of extracted particles resulted in 30689 particles and used for refinement.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6lvb

chain_id: A

6lvb

chain_id: B
詳細Servalcat was used along with Refmac to calculate fofc maps and extensively used for modelling.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 73.98
得られたモデル

PDB-7w8j:
Dimethylformamidase, 2x(A2B2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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