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万見
- EMDB-32356: Computational design of a potent Epstein-Barr virus fusion protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32356
タイトルComputational design of a potent Epstein-Barr virus fusion protein gB nanoparticle vaccine
マップデータ
試料
  • 複合体: gB-I53-50 NP
    • Other: glycoprotein B
キーワードVirology / Microbiology / Vaccine / EBV / IMMUNE SYSTEM
生物種Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.33 Å
データ登録者Sun C / Wang AJ / Fang XY / Gao YZ / Liu Z / Zeng MS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: A gB nanoparticle vaccine elicits a protective neutralizing antibody response against EBV
著者: Sun C / Kang YF / Fang XY / Liu YN / Bu GL / Wang AJ / Li Y / Zhu QY / Zhang H / Xie C / Kong XW / Peng YJ / Lin WJ / Zhou L / Chen XC / Lu ZZ / Xu HQ / Hong DC / Zhang X / Zhong L / Feng GK ...著者: Sun C / Kang YF / Fang XY / Liu YN / Bu GL / Wang AJ / Li Y / Zhu QY / Zhang H / Xie C / Kong XW / Peng YJ / Lin WJ / Zhou L / Chen XC / Lu ZZ / Xu HQ / Hong DC / Zhang X / Zhong L / Feng GK / Zeng YX / Xu M / Zhong Q / Liu Z / Zeng MS
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年1月3日-
現状2024年1月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.67 Å/pix.
x 132 pix.
= 352.176 Å		2.67 Å/pix.
x 132 pix.
= 352.176 Å		2.67 Å/pix.
x 132 pix.
= 352.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.668 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.03
最小 - 最大-2.495635 - 20.055810000000001
平均 (標準偏差)0.10924888 (±0.9853499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ132132132
Spacing132132132
セルA=B=C: 352.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : gB-I53-50 NP

全体名称: gB-I53-50 NP
要素
  • 複合体: gB-I53-50 NP
    • Other: glycoprotein B

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超分子 #1: gB-I53-50 NP

超分子名称: gB-I53-50 NP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: glycoprotein B

分子名称: glycoprotein B / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
配列文字列: QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNGH RADSVTNRHE EKFSVESYET DQMDTIYQCY NAVKMTKDGL TRVYVDRDGV NITVNLKPTG GLANGVRRYA SQTELYDAPG ...文字列:
QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNGH RADSVTNRHE EKFSVESYET DQMDTIYQCY NAVKMTKDGL TRVYVDRDGV NITVNLKPTG GLANGVRRYA SQTELYDAPG RVEATYRTRT TVNCLITDMM AKSNSPFDFF VTTTGQTVEM SPFYDGKNTE TFHERADSFH VRTNYKIVDY DNRGTNPQGE RRAFLDKGTY TLSWKLENRT AYCPLQHWQT FDSTIATETG KSIHFVTDEG TSSFVTNTTV GIELPDAFKC IEEQVNKTMH EKYEAVQDRY TKGQEAITYF ITSGGLLLAW LPLTPRSLAT VKNLTELTTP TSSPPSSPSP PAPPAARGST SAAVLRRRRR NAGNATTPVP PAAPGKSLGT LNNPATVQIQ FAYDSLRRQI NRMLGDLARA WCLEQKRQNM VLRELTKINP TTVMSSIYGK AVAAKRLGDV ISVSQCVPVN QATVTLRKSM RVPGSETMCY SRPLVSFSFI NDTKTYEGQL GTDNEIFLTK KMTEVCQATS QYYFQSGNEI HVYNDYHHFK TIELDGIATL QTFISLNTSL IENIDFASLE LYSRDEQRAS NVFDLEGIFR EYNFQAQNIA GLRKDLDNAV S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.44 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 18173
抽出トモグラム数: 78 / 使用した粒子像数: 42640
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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