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- EMDB-32346: Cryo-EM structure of gMCM8/9 helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32346
タイトルCryo-EM structure of gMCM8/9 helicase
マップデータcryo-EM structure of gMCM8/9 NTD
試料
  • 複合体: Minichromosome maintenance 8 and 9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8
キーワードMCM8/9 / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of ATR in response to replication stress / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / MCM8-MCM9 complex / MCM complex / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / DNA helicase ...Activation of ATR in response to replication stress / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / MCM8-MCM9 complex / MCM complex / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MCM8 winged helix domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins ...: / MCM8 winged helix domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase MCM8 / DNA helicase MCM9
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Zheng JF / Weng ZF / Liu YF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530015 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into the MCM8/9 helicase complex.
著者: Zhuangfeng Weng / Jiefu Zheng / Yiyi Zhou / Zuer Lu / Yixi Wu / Dongyi Xu / Huanhuan Li / Huanhuan Liang / Yingfang Liu /
要旨: MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of ...MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of MCM8/9 for DNA binding/unwinding remains unclear. Here, we report structures of the MCM8/9 complex using cryo-electron microscopy single particle analysis. The structures reveal that MCM8/9 is arranged into a heterohexamer through a threefold symmetry axis, creating a central channel that accommodates DNA. Multiple characteristic hairpins from the N-terminal oligosaccharide/oligonucleotide (OB) domains of MCM8/9 protrude into the central channel and serve to unwind the duplex DNA. When activated by HROB, the structure of MCM8/9's N-tier ring converts its symmetry from to with a conformational change that expands the MCM8/9's trimer interface. Moreover, our structural dynamic analyses revealed that the flexible C-tier ring exhibited rotary motions relative to the N-tier ring, which is required for the unwinding ability of MCM8/9. In summary, our structural and biochemistry study provides a basis for understanding the DNA unwinding mechanism of MCM8/9 helicase in homologous recombination.
履歴
登録2021年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32346.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM structure of gMCM8/9 NTD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.43287212 - 0.7642674
平均 (標準偏差)0.00041799556 (±0.01752547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Minichromosome maintenance 8 and 9

全体名称: Minichromosome maintenance 8 and 9
要素
  • 複合体: Minichromosome maintenance 8 and 9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8

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超分子 #1: Minichromosome maintenance 8 and 9

超分子名称: Minichromosome maintenance 8 and 9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: DNA helicase MCM9

分子名称: DNA helicase MCM9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 30.774307 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MALRADQVSL IGQVFESYLL QHHRDDILGI LRQGDDEAHY PVLVDALTLF ETNMEIGEYF NAFPSQVLPI FDGALRRAAM AVLQAATPS PELRMKPNLH ARISGLPICP ELTREHIPKT RDVGHFLSVT GTVIRTSLVK VLEFERSYIC NKCKHVFVAK A DFEQYYAF ...文字列:
MALRADQVSL IGQVFESYLL QHHRDDILGI LRQGDDEAHY PVLVDALTLF ETNMEIGEYF NAFPSQVLPI FDGALRRAAM AVLQAATPS PELRMKPNLH ARISGLPICP ELTREHIPKT RDVGHFLSVT GTVIRTSLVK VLEFERSYIC NKCKHVFVAK A DFEQYYAF CRPSACLNEE GCNSTKFTCL SGTSSSPSSC RDYQEIKIQE QVQRLSVGSI PRCMVVVLED DLVDSCKSGD DI TVYGVVM QRWKPFHQDA RCDLELVLKA NYVKVN

UniProtKB: DNA helicase MCM9

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分子 #2: DNA helicase MCM8

分子名称: DNA helicase MCM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 34.714797 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ASSRLVQSTL DQFIPYKGWK LYFSEAYADK SPFVQKTQAF EKFFMQRIEL YDKDEIERKG SILVDYKELI EDRELTKSIP NISTELRDM PQKILQCMGL AIHQVLTKDL ERHAAELQVQ EGLPLDGEPI INVPLIHARL YNYEPLTQLK NVRANCYGKY I ALRGTVVR ...文字列:
ASSRLVQSTL DQFIPYKGWK LYFSEAYADK SPFVQKTQAF EKFFMQRIEL YDKDEIERKG SILVDYKELI EDRELTKSIP NISTELRDM PQKILQCMGL AIHQVLTKDL ERHAAELQVQ EGLPLDGEPI INVPLIHARL YNYEPLTQLK NVRANCYGKY I ALRGTVVR VSNIKPLCTK LAFVCGTCGD VQSVPLPDGK YTLPTKCLVP ECRGRSFTPD RSSPLTATVD WQSVKVQELM SD DQREAGR IPRTIECELV QDLVDSCVPG DVVTITGVVK VSSTEEGASK NKNDKCVFLL YIEANSVSNS K

UniProtKB: DNA helicase MCM8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dp3


詳細: 7DP3 and 7DPD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 190119
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7w7p:
Cryo-EM structure of gMCM8/9 helicase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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