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- EMDB-32344: Structure of Mammalian NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 quanternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32344
タイトルStructure of Mammalian NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 quanternary complex
マップデータNALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex
試料
  • 複合体: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A膜貫通型タンパク質
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cation channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / voltage-gated sodium channel activity / calcium ion import across plasma membrane ...monoatomic cation homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cation channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / voltage-gated sodium channel activity / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / calcium ion transmembrane transport / 神経繊維 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NALCN channel auxiliary factor 1/2 / UNC79 / Cation channel complex component UNC80, N-terminal / Protein UNC80, central region / UNC80 N-terminal / Protein UNC80 central region / Sodium leak channel NALCN / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein unc-80 homolog / Protein unc-79 homolog / Sodium leak channel NALCN / NALCN channel auxiliary factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen L / Kang Y
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2106YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31622021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870833 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 channel complex.
著者: Yunlu Kang / Lei Chen /
要旨: NALCN channel mediates sodium leak currents and is important for maintaining proper resting membrane potential. NALCN and FAM155A form the core complex of the channel, the activity of which ...NALCN channel mediates sodium leak currents and is important for maintaining proper resting membrane potential. NALCN and FAM155A form the core complex of the channel, the activity of which essentially depends on the presence of both UNC79 and UNC80, two auxiliary proteins. NALCN, FAM155A, UNC79, and UNC80 co-assemble into a large hetero-tetrameric channel complex. Genetic mutations of NALCN channel components lead to neurodevelopmental diseases. However, the structure and mechanism of the intact channel complex remain elusive. Here, we present the cryo-EM structure of the mammalian NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 quaternary complex. The structure shows that UNC79-UNC80 form a large piler-shaped heterodimer which was tethered to the intracellular side of the NALCN channel through tripartite interactions with the cytoplasmic loops of NALCN. Two interactions are essential for proper cell surface localization of NALCN. The other interaction relieves the self-inhibition of NALCN by pulling the auto-inhibitory CTD Interacting Helix (CIH) out of its binding site. Our work defines the structural mechanism of NALCN modulation by UNC79 and UNC80.
履歴
登録2021年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.324 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.95
最小 - 最大-0.1394773 - 8.606241
平均 (標準偏差)0.08691605 (±0.1552146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 370.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex

全体名称: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex
要素
  • 複合体: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A膜貫通型タンパク質
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex

超分子名称: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Protein unc-79 homolog

分子名称: Protein unc-79 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 297.597562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTKAEQFAS KIRYLQEYHN RVLHNIYPVP SGTDIANTLK YFSQTLLSVL RDAPSERGPQ SRDAQLSDYP SLDYQGLYVT LVTLLDLVP LLQHGQHDLG QSIFYTTTCL LPFLNDDVLS TLPYTMISTL ATFPPFLHKD IIEYLSTSFL PMAILGSSGR E GVPAHVNL ...文字列:
MSTKAEQFAS KIRYLQEYHN RVLHNIYPVP SGTDIANTLK YFSQTLLSVL RDAPSERGPQ SRDAQLSDYP SLDYQGLYVT LVTLLDLVP LLQHGQHDLG QSIFYTTTCL LPFLNDDVLS TLPYTMISTL ATFPPFLHKD IIEYLSTSFL PMAILGSSGR E GVPAHVNL SASSMLMIAM QYTSNPVYHC QLLECLMKYK QEVWKDLLYV IAYGPSQVKP PAVQMLFHYW PNLKPPGAIS EY RGLQYTA WNPIHCQHIE CHNAINKPAV KMCIDPSLSV ALGDKPPPLY LCEECSERIS GDHSEWLIDV LLPQAEISAI CQK KNCSSH VRRAVVTCFS AGCCGRHGNR PVRYCKRCHS NHHSNEVGAT AETHLYQTSP PPINTRECGA EELVCAVEAV ISLL KEAEF HAEQREHELN RRRQLGLSSS HHSLDNTDFD NKDDDKHDQR LLSQFGIWFL VSLCTPSENT PTESLARLVA MVFQW FHST AYMMDDEVGS LVEKLKPQFV TKWLKTVCDV RFDVMVMCLL PKPMEFARVG GYWDKSCSTV TQLKEGLNRI LCLIPY NVI SQSVWECIMP EWLEAIRTEV PDNQLKEFRE VLSKMFDIEL CPLPFSMEEM FGFISCRFTG YPSTVQEQAL LWLHVLS EL DITVPLQLLI SMFSDGVNSV KELANQRKSR ANELAGNLAS RRVSVASDPG RRGQHNTLSP FHSPFQSPFR SPMRSPFR S PFKNFGHPGG RTIDFDCEDD DMNLNCFILM FDLLLKQMEL QDDGITMGLE HSLSKDIISI INNVFQAPWG GSHSCQKDK KATECNLCQS SILCYQLACE LLERLAPKEE SRLVEPTDSL EDSLLSSRPE FILGPEGEEE ENPAAKHGEN PGNRTVPSEH AAIKNDTER KFCYQQLPVT LRLIYTIFQE MAKFEEPDIL FNMLNCLKIL CLHGECLYTA RKDHPQFLAY IQDHMLIASL W RVVKSEFS QLSSLAVPLL LHALSLPHGA DIFWTIINGN FNSKDWKMRF EAVEKVAVIC RFLDIHSVTK NHLLKYSLAH AF CCFLTAV EDVNPAVATR AGLLLDTIKR PALQGLCLCL DFQFDTVVKD RPTILSKLLL LHFLKQDIPA LSWEFFVNRF ETL SLEAQL HLDCNKEFPF PTTITAVRTN VANLSDAALW KIKRARFARN RQKSVRSLRD SVKGPAESKR ALSLPETLTS KIPV RLTRH EQSAPALGGT PEQTPGQQSP ENDNTIKDLL PEDAGIDHQT VHQLITVLMK FMARDESSAE SDISSAKAFN TVKRH LYVL LGYDQQEGCF MIAPQKMRLS TCFNAFIAGI AQVMDYNINL GKHLLPLVVQ VLKYCSCPQL RHYFQQPPRC SLWSLK PHI RQMWLKALLV ILYKYPYRDC DVSKTLLHLI HITVNTLNAQ YHSCKPHATA GPLYTDNSNI SRYSEKEKEE DSVFDES DI HDTPTGPCNK ESQTFFARLK RIGGSRMVKG QPVGMNVQRS EIELAEYRET GALQDSVLHC VREESIQKKK LRSLKQKS L DIGNADSLLF TLDEHRRKSC IDRCDIDKPP AQAAYISQRQ NDHHGRSRQN SATRPDNTEI PKNPGTEGFQ EIRRPVIPE VRLNCMETFE VRVDSPGKPA PREDLDLIDL SSDSTSGPEK HSILSTSDSD SLVFEPLPPL RIVESDEEEE MMNQGNGGAL GNNAASSPS IPSQPSVLSL STTPLVQVSV EDCSKDFSSK DSGNHQSASN EDSTIAALDD LTDSEELSKS EELREFASGS P LTLKQKRD LLQKSSAVPE MSVDYNPEPS PAEEKPGQTP TSGVKTVLLK VPEDGENLIE SEKPNTSAES DTEQNPERKV EE DGAEESE FKIQIVPRQR KQRKIAVSAI QREYLDISFN ILDKLGEQKD PDPSAKGLST LEMPRESSSA PTLEAGAPET SSH SSISTQ YRQMKRGSLG VLTMSQLMKR QLEHQSSAPH NISSWDTEQI QPGKRQCNVP MCLNPDLEGQ PLRTRGATKS SLLS APSIA SMFVPAPEEF TEEQPTVMAD KCHDCGAILE EYDEETLGLA IVVLSTFIHL SPDLAAPLLL DIMQSVGRLA SSTTF SNQA ESMMVPGNAA GVAKQFLRCI FHQLAPNGIF PQLFQSAIKD GTFLRTLATS LMDFNELSSI AALSQLLEGL NNKKNL PAG GAMIRCLENI ATFMEALPMD SPSSLWTTIS NQFQTFFAKL PCVLPLKCSL DSSLRIMICL LKIPSTNATR SLLEPFS KL LSFVIQNAVF TLAYLVELCG LCYRAFTKER DKFYLSRSVV LELLQALKLK SPLPDTNLLL LVQFICADAG TKLAESTI L SKQMIASVPG CGTAAMECIR QYVSEVLEFM ADMHTLTKLK SHMKTCSQPL HEDTFGGHLK VGLAQIAAME ISRGNHRDN KAVIRYLPWL YHPPSAMQQG PKEFIECVSH IRLLSWLLLG SLTHNAVCPN ASSPCLPIPL DAGSHIADHL IVILIGFPEQ SKTCVLHMC SLFHAFIFAQ LWTVYCEQSA VATNVQNQNE FSFTAILTAL EFWSRVTPSI LQLMAHNKVM VEMVCLHVIS L MEALQECN STIFVKLIPM WLPMIQSNTK HLSAGLQLRL QAIQNNVNHH SLRTLPGSGQ SSAGLAALRK WLQCTQFKMA QV EIQSSEA ASQFYPL

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分子 #2: Protein unc-80 homolog

分子名称: Protein unc-80 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 371.044062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN DQFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQIENQGSPG Q PCRSSSHD ...文字列:
MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN DQFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQIENQGSPG Q PCRSSSHD EEENNRRKTF QNSMATVELF VFLFAPLVHR IKESDLTFRL ASGLVIWQPM WEHRQPEVSG FTALVKPIRN II TAKRSSP INSQSQTCES PNQDTRQQGE GLQVVSEALQ SDSISPKATI SGCHQGNSFD GSLSSQTSQE RGPSHSRASL VIP PCQRSR YATYFDVAVL RCLLQPHWSE EGTQWSLMYY LQRLRHMLEE KPEKTPDPDI PLLPRPRSSS MVAAAPSLVN THKT QDLTM KCNEEEKSLS PEAFSKVSLT NLRRSAVPDL SSDLGMNIFK KFKSRKEDRE RKGSIPFHHT GKRRPRRMGV PFLLH EDHL DVSPTRSTFS FGSFSGLGED RRGIEKGGWQ TTILGKLTRR GSSDAATEME SLSARHSHSH HTLVSDLPDH SNSHGE NTV KEVRSQISTI TVATFNTTLA SFNVGYADFF SEHMRKLCSQ VPIPEMPHEP LACANLPRSL TDSCINYSYL EDTEHID GT NNFVHKNGML DLSVVLKAVY LVLNHDISSR ICDVALNIVE CLLQLGVVPC VEKNRKKSEN KENESVEKRP SEGAFQFK G VSSSSTSGFG APSASGAGDG GGEEGGGGDG GGGGGGGDGG GGGGGGGGPY EKNEKNQEKD DNIPVSNHRL ALTMLIKIV KSLGCAYGCG EGHRGLSGDR LRHQVFRENA QNCLTKLYKL DKIQFRQTMR DYVNKDSLNN VVDFLHALLG FCMEPVTDNK AGFGNNFTT VDNKSTAQNV EGIIVGAMFK SLITRCASTT HELHSPENLG LYCDIRQLVQ FIKEAHGNVF RRVALSALLD S AEKLAPGK KVEENGQESK PVGSKRSEAG SIADKGQVSS APEECRSFMS GRPSQTPEHD EPMQGGNLGR KDFWRKMFKS QS AASDTSS QSEQDTSECT TAHSGNTSDR RARSRSRRIS LRKKLKLPIG NWLKRSSLSG LADGVEDLLD ISSVDRLSFI RQS SKVKFT SAVKLSEGGP GSGMENGREE EENFFKRLGC HSFDDHLSPN QDGGKSKNVV NLGAIRQGMK RFQFLLNCCE PGTI PDASI LAAALDLEAP VVARAALFLE CARFVHRCNR GNWPEWMKGH HVNITKKGLS RGRSPTVGNK RNQKLQWSAA KLFYQ WGDA IGIRLNELCH GESESPANLL GLIYDEETKR RLRKEDEEED FLDDSTVNPS KCGCPFALKM AACQLLLEIT TFLRET FSC LPRPRTEPLV DLESCRLRLD PELDRHRYER KISFAGVLDE NEDSKDSLHS SSHTIKSDAG AEEKKVPSRK IRIGGSR LL QIKGTRSFQV KKGGSLSSIR RVGSLKSSKL SRQDSESEAE ELQLSQSRDT VTDLEGSPWS ASEPSIEPEG LSNAGTEE N YHRNMSWLHV MILLCNQQSF ICTHVDYCHP HCYLHHSRSC ARLVRAIKLL YGDSVDSLRE SNHISNVALR GKKQKECSD KSCLRTPSLK KRVSDVNLEG KKDSGMLKYI RFQVMSLSPA PLSLLIKAAP ILTEEMYGDI QPAAWELLLS MDEHMAGAAA AMFLLCAVK VPDAVSDMLM SEFHHAETVQ RLNAVLKFHT LWRFRYQVWP RMEEGAQQIF KIPPPSINFT LPSPVLGMPS V PMFDPPWV PQCSGSVQDP INEDQSKSFS ARAVSRSHQR AEHILKNLQQ EEEKKRLGRE ASLITAIPIT QEACYEPTCT PN SEPEEEE EVANLTSRRL SVSPSCTSST SHRNYSFRRG SVWSVRSAVS AEDEEHATEH TPNHHVPQPP QAVFPACICA AVL PIVHLM EDGEVREDGV AVSAVAQQVL WNCLIEDPST VLRHFLEKLT ISNRQDELMY MLRKLLLNIG DFPAQTSHIL FNYL VGLIM YFVRTPCEWG MDAISATLTF LWEVVGYVEG LFFKDLKQTM KKEQCEVKLL VTASMPGTKT LVVHGQNECD IPTQL PVHE DTQFEALLKE CLEFFNIPES QSTHYFLMDK RWNLIHYNKT YVRDIYPFRR SVSPQLNLVH MHPEKGQELI QKQVFT RKL EEVGRVLFLI SLTQKIPTAH KQSHVSMLQE DLLRLPSFPR SAIDAEFSLF SDPQAGKELF GLDTLQKSLW IQLLEEM FL GMPSEFPWGD EIMLFLNVFN GALILHPEDS ALLRQYAATV INTAVHFNHL FSLSGYQWIL PTMLQVYSDY ESNPQLRR A IEFACHQFYI LHRKPFVLQL FASVAPLLEF PDAANTGSSK GVSAQCLFDL LQSLEGETTD ILDILELVKA EKPLKSLDF CYGNEDLTFS ISEAIKLCVT VVAYAPESFR SLQMLMVLEA LVPCYLQKMK RQTSQVETVP AAREEIAATA ALATSLQALL YSVEVLTRP MTAPQMSRSD QGHKGTTTAN HTMSSGVNTR YPEQGAKLHF IRENLHLLEE GQGLPREELD ERISREEFRR P RESLLNIC TEFYKHCGPR LKILQNLAGE PRVTALELLD VKSHMRLAEI AHSLLKLAPY DTQTMESRGL RRYIMEMLPI TD WSAEAVR PALILILKRL DRMFNKIHKM PTLRRQVEWE PASSLIEGVC LTLQRQPIIS FLPHLRSLIN VCVNLVMGVV GPS SVADGL PLLHLSPYLS PPLPFSTAVV RLVALQIQAL KEDFPLSHVI SPFTNQERRE GMLLNLLIPF VLTVGSGSKD SPWL EQPEV QLLLQTVINV LLPPRIISTS RSKNFMLESS PAHCSTPGDA GKDLRKEGLA ESTSQAAYLA LKVILVCFER QLGSQ WYWL SLQVKEMALR KVGGLALWDF LDFIVRTRIP IFVLLRPFIQ CKLLAQPAEN HEELSARQHI SDQLERRFIP RPLCKS SLI AEFNSELKIL KEAVHSGSAY QGKTSISTVG TSTSAYRLSL ATMSRSNTGT GTVWEQDSEP SQQASQDTLS RTDEEDE EN DSVSMPSVVS EQEACLLSTI GRRRFSSHVS SMSAPQAEVG MLPSQSEPNV LDDSQGLAAE GSLSRVASIQ SEPGQQNV L LQQPLGRKRG LRQLRRPLLS RQKTQTEPRN RHGARLSTTR RSIQPKTKPS VDQKRSVTFI EAQPEPTAAP TDIFPATGQ PQSCSPGRAR KPEGTEKPVL TSSPAIIIAD LHSLSPKQSE PLLAEEGEKK EDEEIQGATA HCPLSTQLSD PDDFTGLETS SLLQHGDTV LHISEENGTE NPLLSSQFTF TPPELGDTDS ALDESHV

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分子 #3: Sodium leak channel non-selective protein

分子名称: Sodium leak channel non-selective protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 200.682031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT ...文字列:
MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT NILKRSGEQI WSVSIFLLFF LLLYGILGVQ MFGTFTYHCV VNDTKPGNVT WNSLAIPDTH CSPELEEGYQ CP PGFKCMD LEDLGLSRQE LGYSGFNEIG TSIFTVYEAS SQEGWVFLMY RAIDSFPRWR SYFYFITLIF FLAWLVKNVF IAV IIETFA EIRVQFQQMW GTRSSTTSTA TTQMFHEDAA GGWQLVAVDV NKPQGRAPAC LQKMMRSSVF HMFILSMVTV DVIV AASNY YKGENFRRQY DEFYLAEVAF TVLFDLEALL KIWCLGFTGY ISSSLHKFEL LLVIGTTLHV YPDLYHSQFT YFQVL RVVR LIKISPALED FVYKIFGPGK KLGSLVVFTA SLLIVMSAIS LQMFCFVEEL DRFTTFPRAF MSMFQILTQE GWVDVM DQT LNAVGHMWAP LVAIYFILYH LFATLILLSL FVAVILDNLE LDEDLKKLKQ LKQSEANADT KEKLPLRLRI FEKFPNR PQ MVKISKLPSD FTVPKIRESF MKQFIDRQQQ DTCCLFRILP STSSSSCDNP KRPTVEDNKY IDQKLRKSVF SIRARNLL E KETAVTKILR ACTRQRMLSG SFEGQPAKER SILSVQHHIR QERRSLRHGS NSQRISRGKS LETLTQDHSN TVRYRNAQR EDSEIKMIQE KKEQAEMKRK VQEEELRENH PYFDKPLFIV GREHRFRNFC RVVVRARFNA SKTDPVTGAV KNTKYHQLYD LLGLVTYLD WVMITVTICS CISMMFESPF RRVMHAPTLQ IAEYVFVIFM SIELNLKIMA DGLFFTPTAV IRDFGGVMDI F IYLVSLIF LCWMPQNVPA ESGAQLLMVL RCLRPLRIFK LVPQMRKVVR ELFSGFKEIF LVSILLLTLM LVFASFGVQL FA GKLAKCN DPNIIRREDC NGIFRINVSV SKNLNLKLRP GEKKPGFWVP RVWANPRNFN FDNVGNAMLA LFEVLSLKGW VEV RDVIIH RVGPIHGIYI HVFVFLGCMI GLTLFVGVVI ANFNENKGTA LLTVDQRRWE DLKSRLKIAQ PLHLPPRPDN DGFR AKMYD ITQHPFFKRT IALLVLAQSV LLSVKWDVED PVTVPLATMS VVFTFIFVLE VTMKIIAMSP AGFWQSRRNR YDLLV TSLG VVWVVLHFAL LNAYTYMMGA CVIVFRFFSI CGKHVTLKML LLTVVVSMYK SFFIIVGMFL LLLCYAFAGV VLFGTV KYG ENINRHANFS SAGKAITVLF RIVTGEDWNK IMHDCMVQPP FCTPDEFTYW ATDCGNYAGA LMYFCSFYVI IAYIMLN LL VAIIVENFSL FYSTEEDQLL SYNDLRHFQI IWNMVDDKRE GVIPTFRVKF LLRLLRGRLE VDLDKDKLLF KHMCYEME R LHNGGDVTFH DVLSMLSYRS VDIRKSLQLE ELLAREQLEY TIEEEVAKQT IRMWLKKCLK RIRAKQQQSC SIIHSLRES QQQELSRFLN PPSIETTQPS EDTNANSQDH NTQPESSSQQ QLLSPTLSDR GGSRQDAADT GKPQRKIGQW RLPSAPKPIS HSVSSVNLR FGGRTTMKSV VCKMNPMPDT ASCGSEVKKW WTRQLTVESD ESGDDLLDI

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分子 #4: Transmembrane protein FAM155A

分子名称: Transmembrane protein FAM155A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.795801 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRTRDK EHHQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQRQQQ RQRQQQRQRQ QEPSWPALLA SMGESSPAAQ AHRLLSASSS PTLPPSPGGG GGSKGNRGKN N RSRALFLG ...文字列:
MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRTRDK EHHQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQRQQQ RQRQQQRQRQ QEPSWPALLA SMGESSPAAQ AHRLLSASSS PTLPPSPGGG GGSKGNRGKN N RSRALFLG NSAKPVWRLE TCYPQGASSG QCFTVESADA VCARNWSRGA AAGEEQSSRG SRPTPLWNLS DFYLSFCNSY TL WELFSGL SSPSTLNCSL DVVLTEGGEM TTCRQCIEAY QDYDHHAQEK YEEFESVLHK YLQSDEYSVK SCPEDCKIVY KAW LCSQYF EVTQFNCRKT IPCKQYCLEV QTRCPFILPD NDEVIYGGLS SFICTGLYET FLTNDEPECC DIRSEEQTAP RPKG TVDRR DSCPRTSLTV SSATRLCPGR LKLCVLVLIL LHTVLTASAA QNSTGLGLGG LPTLEDNSTR ED

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 275170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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