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- EMDB-3232: The architecture of the S. pombe CCR4-NOT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3232
タイトルThe architecture of the S. pombe CCR4-NOT complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the CCR4-NOT complex
試料
  • 試料: S. pombe CCR4-NOT complex
  • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT complex
キーワードCCR4-NOT / cryo-electron microscopy / RNA decay / deadenylation / single-particle 3D reconstruction
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ukleja M / Cuellar J / Siwaszek A / Kasprzak JM / Czarnocki-Cieciura M / Bujnicki J / Dziembowski A / Valpuesta JM
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: The architecture of the Schizosaccharomyces pombe CCR4-NOT complex.
著者: Marta Ukleja / Jorge Cuellar / Aleksandra Siwaszek / Joanna M Kasprzak / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Janusz M Bujnicki / Andrzej Dziembowski / Jose M Valpuesta /
要旨: CCR4-NOT is a large protein complex present both in cytoplasm and the nucleus of eukaryotic cells. Although it is involved in a variety of distinct processes related to expression of genetic ...CCR4-NOT is a large protein complex present both in cytoplasm and the nucleus of eukaryotic cells. Although it is involved in a variety of distinct processes related to expression of genetic information such as poly(A) tail shortening, transcription regulation, nuclear export and protein degradation, there is only fragmentary information available on some of its nine subunits. Here we show a comprehensive structural characterization of the native CCR4-NOT complex from Schizosaccharomyces pombe. Our cryo-EM 3D reconstruction of the complex, combined with techniques such as immunomicroscopy, RNA-nanogold labelling, docking of the available high-resolution structures and models of different subunits and domains, allow us to propose its full molecular architecture. We locate all functionally defined domains endowed with deadenylating and ubiquitinating activities, the nucleus-specific RNA-interacting subunit Mmi1, as well as surfaces responsible for protein-protein interactions. This information provides insight into cooperation of the different CCR4-NOT complex functions.
履歴
登録2015年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2016年6月1日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.348
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.348
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3232_ccr...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the CCR4-NOT complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.348 / ムービー #1: 0.348
最小 - 最大-0.00219599 - 10.73409462
平均 (標準偏差)0.09819236 (±0.67935294)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 294.0 Å
α=β=γ: 89.999 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.000294.000294.000
α/β/γ89.99989.99989.999
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-0.00210.7340.098

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. pombe CCR4-NOT complex

全体名称: S. pombe CCR4-NOT complex
要素
  • 試料: S. pombe CCR4-NOT complex
  • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT complex

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超分子 #1000: S. pombe CCR4-NOT complex

超分子名称: S. pombe CCR4-NOT complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 700 MDa

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分子 #1: CCR4-NOT complex

分子名称: CCR4-NOT complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: CCR4-NOT complex purified from the endogenous expression of S. pombe cells. The complex is composed of Not1, Not2, Not3, Not4, Caf1, Caf40, Ccr4, Mmi1 subunits
コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 別称: Fission yeast / 細胞中の位置: nucleus/cytoplasm
分子量理論値: 700 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 500 mM NaCl, ~3% glycerol
グリッド詳細: Quantifoil R 1.2/ R1.3 300 mesh grids; ref. Q09684
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM CPC
手法: Aliquots (5 ul) of purified concentrated CCR4-NOT were incubated (2-5 min) with the grid, blotted and plunged into a liquid ethane chamber.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2014年5月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.2 µm / 実像数: 600 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細single-particle 3D reconstruction was performed using XMIPP 2.4 and EMAN1, CTFFIND3 for the CTF determination
CTF補正詳細: CTFIND3, all micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, 2.4, EMAN1 / 使用した粒子像数: 20500
最終 2次元分類クラス数: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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