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万見
- EMDB-32229: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32229
タイトルStructure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c (the smaller form)
マップデータ
試料
  • 複合体: CabRC complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 12種
キーワードmembrane protein / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c domain-containing protein / Cytochrome c, mono-and diheme variants / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア) / Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Huang GQ / Dong SS / Qin XC / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c
著者: Dong S / Huang G / Wang C / Wang J / Sui SF / Qin X
履歴
登録2021年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32229.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.48
最小 - 最大-2.8086092 - 5.660906
平均 (標準偏差)0.008958789 (±0.16378304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 238.15 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CabRC complex

全体名称: CabRC complex
要素
  • 複合体: CabRC complex
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center subunit M
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c, mono-and diheme variants
    • タンパク質・ペプチド: PscE
    • タンパク質・ペプチド: PscF
    • タンパク質・ペプチド: PscG
    • タンパク質・ペプチド: undefined polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c domain-containing protein
  • リガンド: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: LYCOPENE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: CabRC complex

超分子名称: CabRC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center subunit M

分子名称: Photosynthetic reaction center subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 99.311414 KDa
配列文字列: MASFSSYANG VKRWYQKLEL PMPPERIFGA HMMLIGGLAC LIGTYFFASM TMWNDGYVNL TLRPRLISLG IYDPYDTEQI QRVWLPLIG EFSTSKLPFF GQYPLTMTDF RLFGWGCFHI GLGLWLVYAG AAHYYGARGG ATIGEIFWLL PYVPGLKGLC Q IKWFTPEG ...文字列:
MASFSSYANG VKRWYQKLEL PMPPERIFGA HMMLIGGLAC LIGTYFFASM TMWNDGYVNL TLRPRLISLG IYDPYDTEQI QRVWLPLIG EFSTSKLPFF GQYPLTMTDF RLFGWGCFHI GLGLWLVYAG AAHYYGARGG ATIGEIFWLL PYVPGLKGLC Q IKWFTPEG PWYKVGLPWG SFANTPWPIL RRTYADALSP HTIYIGLLFF IWGFVLWFVL DKPPVPLQPA QVMTPNGLMP LE QAPFPYG WFDPYLNQVM HPMNTINGET TMCFVWGVLF VALGAYWWYR PPRSINITHL EDTKAVFHVH LTAIGYVSFA LAI VGFLAL RNHPSYLMLN DMNVIIYGKK IVNPGRMIHN MITFNHVQVG LLYVAAGVFH GGQYLHGLNI SGAYKQARSK FITW FQNPD LQTKIVGTTM FVSFVTVVFG YGMICWNTGA ELDLNFGIYQ FRSFRAIQMD GEAGNIGYRV FRPKNPWDPT AGGDW VKNP DGTAKLVKAR NLQVGDRILN EELGIGSSPT YSFTTIEEIN YKPEWGQPKL YAVQWGSWTH FLRKVNPLFW VDKGIW YLQ NQKTFEATRK ADEAYLAAHL KAVSLLNQID DAQTEEAKQK AQAELDKFRP ELEKAHANML EWNERLASTP AVLYSNL RD QHRDGEINDA IFFWLMIGGW LFGFIPLLRI AFHNYQSPWY RDFEWRKQSP DFPCIGPVKG GTCGVSIQDQ LWFCILFS I KPLSAIAWYL DGGWIATMMA RGNEAYYLTH NISHTGGVFL YMWNETTWIW TDNHLTAMLL LGHLIWFVSF ALWFKDRGS RAEGGDIQSR WVRLMGKRLG IKTLQEVRFP VSNLATAKLW GTVFFYTGTF VLVFLYFADG FFQNR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Cytochrome c, mono-and diheme variants

分子名称: Cytochrome c, mono-and diheme variants / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 24.138053 KDa
配列文字列: MKSIKIIVLG SALALLVGGC FVGSRDPNET RYPKAPMPLQ NQTSTLKTAE EIRRESVAQN TPGAREAAAL RDRVTPLNLQ QVNEQDVAG NDPLGSPARV VLDEGEMYRD PVEIYREGRA LFQNNCVGCH GHNGCGNVPR STNFTDPGWQ ENNSDGGIYS S IYNGKGIG ...文字列:
MKSIKIIVLG SALALLVGGC FVGSRDPNET RYPKAPMPLQ NQTSTLKTAE EIRRESVAQN TPGAREAAAL RDRVTPLNLQ QVNEQDVAG NDPLGSPARV VLDEGEMYRD PVEIYREGRA LFQNNCVGCH GHNGCGNVPR STNFTDPGWQ ENNSDGGIYS S IYNGKGIG NGGGAMPAYY NQLSPQQIRY LVAYLRAFKG RQCNGLPTLS DVERMVAERQ NKP

UniProtKB: Cytochrome c, mono-and diheme variants

+
分子 #3: PscE

分子名称: PscE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 3.684458 KDa
配列文字列:
MTAILLACLF VLGGYAALWG IIKFVVANTK DIAAN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: PscF

分子名称: PscF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 3.885684 KDa
配列文字列:
MWNVVGQIIS VLCFFILTVG TLFGIVYVSH LLSRG

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: PscG

分子名称: PscG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 5.041152 KDa
配列文字列:
MEGVAMEDIS KVAWAWFGVL LAICLIGAFG NYVPKLFVKM LMFLN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: undefined polypeptide

分子名称: undefined polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 1.635006 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #7: Cytochrome c domain-containing protein

分子名称: Cytochrome c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum B (バクテリア)
分子量理論値: 15.664669 KDa
配列文字列:
VMATGCFVGA RNASEPRLGS SSIAASRTAP AYLREAQVLY EGSTDGLPKD TPADEIAHYK AMLAELQTRN YAACAGCHQV NGGGNKAIN ATNFQDAGWQ ANNSSPGMVT SIVNGKGKVM PAYKDKLTLQ QINYLVEYIR RFEKKR

UniProtKB: Cytochrome c domain-containing protein

+
分子 #8: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-o...

分子名称: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: 2GO
分子量理論値: 948.576 Da
Chemical component information

ChemComp-2GO:
[methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc

+
分子 #9: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 16 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #10: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 10 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #11: LYCOPENE

分子名称: LYCOPENE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: LYC
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-LYC:
LYCOPENE

+
分子 #12: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #13: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-m...

分子名称: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: 85I
分子量理論値: 663.906 Da
Chemical component information

ChemComp-85I:
[(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate

+
分子 #14: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 32 / 式: UNL
分子量理論値: 671.023 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #15: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]met...

分子名称: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: 85N
分子量理論値: 671.023 Da
Chemical component information

ChemComp-85N:
[(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium

+
分子 #16: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #17: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetra...

分子名称: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: 84Q
分子量理論値: 649.879 Da
Chemical component information

ChemComp-84Q:
[(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate

+
分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #19: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 490075
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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