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万見
- EMDB-32130: Cryo-EM structure of a class A orphan GPCR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32130
タイトルCryo-EM structure of a class A orphan GPCR
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein
    • 複合体: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
        • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
          • 複合体: Nanobody 35
            • 複合体: Chimera Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
              • タンパク質・ペプチド: chimera of Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
            • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
          • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
        • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl]benzamide
キーワードOrphan G protein coupled-receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide receptor activity / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...neuropeptide receptor activity / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein-coupled receptor GPR139 / : / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. ...G-protein-coupled receptor GPR139 / : / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Probable G-protein coupled receptor 139
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bacillus circulans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu ZJ / Hua T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into ligand recognition and G protein coupling of the neuromodulatory orphan receptor GPR139.
著者: Yali Zhou / Henrik Daver / Boris Trapkov / Lijie Wu / Meng Wu / Kasper Harpsøe / Patrick R Gentry / Kaiwen Liu / Marina Larionova / Junlin Liu / Na Chen / Hans Bräuner-Osborne / David E ...著者: Yali Zhou / Henrik Daver / Boris Trapkov / Lijie Wu / Meng Wu / Kasper Harpsøe / Patrick R Gentry / Kaiwen Liu / Marina Larionova / Junlin Liu / Na Chen / Hans Bräuner-Osborne / David E Gloriam / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
履歴
登録2021年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vuj
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32130.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-0.0016954114 - 1.98566
平均 (標準偏差)0.0013467862 (±0.024551084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0021.9860.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of ligand, GPCR and G protein

全体名称: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein
要素
  • 複合体: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein
    • 複合体: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
        • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
          • 複合体: Nanobody 35
            • 複合体: Chimera Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
              • タンパク質・ペプチド: chimera of Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
            • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
          • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
        • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl]benzamide

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超分子 #1: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein

超分子名称: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #2: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

超分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: Nanobody 35

超分子名称: Nanobody 35 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 4 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Bacillus circulans (バクテリア)

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超分子 #6: Chimera Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled rec...

超分子名称: Chimera Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #5

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分子 #1: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.464314 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHENLY FQGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV ...文字列:
HHHHHHENLY FQGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV LAGKSKIEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRVTRAKYFI RDEFLRISTA SGDGRHYCYP HFTCAVDTEN AR RIFNDCK DIILQMNLRE YNLV

UniProtKB: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.045629 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: IGRARGFSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG ...文字列:
IGRARGFSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CF FPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADRAGVLAGH DNR VSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.057271 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAMQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSNYKMNWV RQAPGKGLEW VSDISQSGAS ISYTGSVKG RFTISRDNAK NTLYLQMNSL KPEDTAVYYC ARCPAPFTRD CFDVTSTTYA YRGQGTQVTV SSHHHHHH

+
分子 #5: chimera of Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled ...

分子名称: chimera of Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled receptor 139
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endo-1,4-beta-xylanase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.890133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHHHHH DYKDDDDKEN LYFQSGAPAS TDYWQNWTFG GGIVNAVNGS GGNYSVNWSN TGNFVVGKGW TTGSPFRTIN YNAGVWAPN GNGYLTLYGW TRSPLIEYYV VDSWGTYRPT GTYKGTVKSD GGTYDIYTTT RYNAPSIDGD DTTFTQYWSV R QSKRPTGS ...文字列:
HHHHHHHHHH DYKDDDDKEN LYFQSGAPAS TDYWQNWTFG GGIVNAVNGS GGNYSVNWSN TGNFVVGKGW TTGSPFRTIN YNAGVWAPN GNGYLTLYGW TRSPLIEYYV VDSWGTYRPT GTYKGTVKSD GGTYDIYTTT RYNAPSIDGD DTTFTQYWSV R QSKRPTGS NATITFTNHV NAWKSHGMNL GSNWAYQVMA TEGYQSSGSS NVTVWEHTHA HLAANSSLSW WSPGSACGLG FV PVVYYSL LLCLGLPANI LTVIILSQLV ARRQKSVYNY LLALAAADIL VLFFIVFVDF LLEDFILNMQ MPQVPDKIIE VLE FSSIHT SIWITVPLTI DRYIAVCHPL KYHTVSYPAR TRKVIVSVYI TCFLTSIPYY WWPNIWTEDY ISTSVHHVLI WIHC FTVYL VPCSIFFILN SIIVYKLRRK SNFRLRGYST GKTTAILFTI TSIFATLWAP RIIMILYHLY GAPIQNRWLV HIMSD IANM LALLNTAINF FLYCFISKRF RTMAAATLKA FFKCQKQPVQ FYTNHNFSI

UniProtKB: Endo-1,4-beta-xylanase, Probable G-protein coupled receptor 139

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #8: 3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl...

分子名称: 3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl]benzamide
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: 7ZQ
分子量理論値: 316.782 Da
Chemical component information

ChemComp-7ZQ:
3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl]benzamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 実像数: 7908 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kpf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129015
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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