[日本語] English
万見
- EMDB-32118: Cryo-EM structure of the Cas13bt3-crRNA-target RNA ternary complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32118
タイトルCryo-EM structure of the Cas13bt3-crRNA-target RNA ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cas13bt3-crRNA-target RNA
    • 複合体: crRNA-target RNA
      • RNA: crRNA
      • RNA: target RNA
    • 複合体: Cas13bt3
      • タンパク質・ペプチド: Cas13bt3
キーワードCRISPR-Cas / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Planctomycetes bacterium (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Nakagawa R / Soumya K / Han A / Takeda NS / Tomita A / Hirano H / Kusakizako T / Tomohiro N / Yamashita K / Feng Z ...Nakagawa R / Soumya K / Han A / Takeda NS / Tomita A / Hirano H / Kusakizako T / Tomohiro N / Yamashita K / Feng Z / Nishimasu H / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure and engineering of the minimal type VI CRISPR-Cas13bt3.
著者: Ryoya Nakagawa / Soumya Kannan / Han Altae-Tran / Satoru N Takeda / Atsuhiro Tomita / Hisato Hirano / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Keitaro Yamashita / Feng Zhang / Hiroshi ...著者: Ryoya Nakagawa / Soumya Kannan / Han Altae-Tran / Satoru N Takeda / Atsuhiro Tomita / Hisato Hirano / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Keitaro Yamashita / Feng Zhang / Hiroshi Nishimasu / Osamu Nureki /
要旨: Type VI CRISPR-Cas13 effector enzymes catalyze RNA-guided RNA cleavage and have been harnessed for various technologies, such as RNA detection, targeting, and editing. Recent studies identified ...Type VI CRISPR-Cas13 effector enzymes catalyze RNA-guided RNA cleavage and have been harnessed for various technologies, such as RNA detection, targeting, and editing. Recent studies identified Cas13bt3 (also known as Cas13X.1) as a miniature Cas13 enzyme, which can be used for knockdown and editing of target transcripts in mammalian cells. However, the action mechanism of the compact Cas13bt3 remains unknown. Here, we report the structures of the Cas13bt3-guide RNA complex and the Cas13bt3-guide RNA-target RNA complex. The structures revealed how Cas13bt3 recognizes the guide RNA and its target RNA and provided insights into the activation mechanism of Cas13bt3, which is distinct from those of the other Cas13a/d enzymes. Furthermore, we rationally engineered enhanced Cas13bt3 variants and ultracompact RNA base editors. Overall, this study improves our mechanistic understanding of the CRISPR-Cas13 enzymes and paves the way for the development of efficient Cas13-mediated transcriptome modulation technologies.
履歴
登録2021年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32118.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 136 pix.
= 165.557 Å		1.22 Å/pix.
x 136 pix.
= 165.557 Å		1.22 Å/pix.
x 136 pix.
= 165.557 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21733 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0348
最小 - 最大-0.20375037 - 0.29954737
平均 (標準偏差)0.0005145754 (±0.007485715)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ136136136
Spacing136136136
セルA=B=C: 165.55688 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_32118_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_32118_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_32118_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cas13bt3-crRNA-target RNA

全体名称: Cas13bt3-crRNA-target RNA
要素
  • 複合体: Cas13bt3-crRNA-target RNA
    • 複合体: crRNA-target RNA
      • RNA: crRNA
      • RNA: target RNA
    • 複合体: Cas13bt3
      • タンパク質・ペプチド: Cas13bt3

-
超分子 #1: Cas13bt3-crRNA-target RNA

超分子名称: Cas13bt3-crRNA-target RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
超分子 #2: crRNA-target RNA

超分子名称: crRNA-target RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Planctomycetes bacterium (バクテリア) / Synthetically produced: Yes

-
超分子 #3: Cas13bt3

超分子名称: Cas13bt3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

-
分子 #1: Cas13bt3

分子名称: Cas13bt3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Planctomycetes bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 90.498789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GGMAQVSKQT SKKRELSIDE YQGARKWCFT IAFNKALVNR DKNDGLFVES LLRHEKYSKH DWYDEDTRAL IKCSTQAANA KAEALANYF SAYRHSPGCL TFTAEDELRT IMERAYERAI FECRRRETEV IIEFPSLFEG DRITTAGVVF FVSFFVERRV L DRLYGAVS ...文字列:
GGMAQVSKQT SKKRELSIDE YQGARKWCFT IAFNKALVNR DKNDGLFVES LLRHEKYSKH DWYDEDTRAL IKCSTQAANA KAEALANYF SAYRHSPGCL TFTAEDELRT IMERAYERAI FECRRRETEV IIEFPSLFEG DRITTAGVVF FVSFFVERRV L DRLYGAVS GLKKNEGQYK LTRKALSMYC LKDSRFTKAW DKRVLLFRDI LAQLGRIPAE AYEYYHGEQG DKKRANDNEG TN PKRHKDK FIEFALHYLE AQHSEICFGR RHIVREEAGA GDEHKKHRTK GKVVVDFSKK DEDQSYYISK NNVIVRIDKN AGP RSYRMG LNELKYLVLL SLQGKGDDAI AKLYRYRQHV ENILDVVKVT DKDNHVFLPR FVLEQHGIGR KAFKQRIDGR VKHV RGVWE KKKAATNEMT LHEKARDILQ YVNENCTRSF NPGEYNRLLV CLVGKDVENF QAGLKRLQLA ERIDGRVYSI FAQTS TINE MHQVVCDQIL NRLCRIGDQK LYDYVGLGKK DEIDYKQKVA WFKEHISIRR GFLRKKFWYD SKKGFAKLVE EHLESG GGQ RDVGLDKKYY HIDAIGRFEG ANPALYETLA RDRLCLMMAQ YFLGSVRKEL GNKIVWSNDS IELPVEGSVG NEKSIVF SV SDYGKLYVLD DAEFLGRICE YFMPHEKGKI RYHTVYEKGF RAYNDLQKKC VEAVLAFEEK VVKAKKMSEK EGAHYIDF R EILAQTMCKE AEKTAVNKVA RAFFAHHLKF VIDEFGLFSD VMKKYGIEKE WKFPVK

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 19.603619 KDa
配列文字列:
GCUUGGCAAC CAUUCAAAUA UGUAUGCUGG AGCAGCCCCC GAUUUGUGGG GUGAUUACAG C

-
分子 #3: target RNA

分子名称: target RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.984773 KDa
配列文字列:
AUACAUAUUU GAAUGGUUGC CAAGC

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2380559
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る