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- EMDB-32114: Structure of McrBC (stalkless mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32114
タイトルStructure of McrBC (stalkless mutant)
マップデータThis is the B-factor sharpened map
試料
  • 複合体: McrBC (stalkless mutant)
    • タンパク質・ペプチド: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
    • タンパク質・ペプチド: Protein McrC
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードAAA+ protein / GTPase / endonuclease / McrBC / stalkless mutant / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity ...type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-methylcytosine restriction system component, bacterial / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC / McrBC 5-methylcytosine restriction system component / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Saikrishnan K / Adhav VA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of McrBC (stalkless mutant)
著者: Saikrishnan K / Adhav VA / Bose S / Kutti R V
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure-based mechanism for activation of the AAA+ GTPase McrB by the endonuclease McrC.
著者: Nirwan N / Itoh Y / Singh P / Bandyopadhyay S / Vinothkumar KR / Amunts A / Saikrishnan K
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32114.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the B-factor sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.024994975 - 0.06128802
平均 (標準偏差)-0.0000578434 (±0.0039618844)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: This is the unfiltered half-map 2

ファイルemd_32114_half_map_1.map
注釈This is the unfiltered half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is the unfiltered half-map 1

ファイルemd_32114_half_map_2.map
注釈This is the unfiltered half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : McrBC (stalkless mutant)

全体名称: McrBC (stalkless mutant)
要素
  • 複合体: McrBC (stalkless mutant)
    • タンパク質・ペプチド: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
    • タンパク質・ペプチド: Protein McrC
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: McrBC (stalkless mutant)

超分子名称: McrBC (stalkless mutant) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 720 KDa

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分子 #1: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B

分子名称: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 54.272113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MESIQPWIEK FIKQAQQQRS QSTKDYPTSY RNLRVKLSFG YGNFTSIPWF AFLGEGQEAS NGIYPVILYY KDFDELVLAY GISDTNEPH AQWQFSSDIP KTIAEYFQAT SGVYPKKYGQ SYYACSQKVS QGIDYTRFAS MLDNIINDYK LIFNSGKSVI P PMSKTESY ...文字列:
MESIQPWIEK FIKQAQQQRS QSTKDYPTSY RNLRVKLSFG YGNFTSIPWF AFLGEGQEAS NGIYPVILYY KDFDELVLAY GISDTNEPH AQWQFSSDIP KTIAEYFQAT SGVYPKKYGQ SYYACSQKVS QGIDYTRFAS MLDNIINDYK LIFNSGKSVI P PMSKTESY CLEDALNDLF IPETTIETIL KRLTIKKNII LQGPPGVGKT FVARRLAYLL TGEKAPQRVN MVQFHQSYSY ED FIQGYRP NGVGFRRKDG IFYNFCQQAK EQPEKKYIFI IDEINRANLS KVFGEVMMLM EHDKRGENWS VPLTYSENDE ERF YVPENV YIIGLMNTAD RSLAVVDYAL RRRFSFIDIE PGFDTPQFRN FLLNKKAEPS FVESLCQKMN ELNQEISKEA TILG KGFRI GHSYFCCGLE DGTSPDTQWL NEIVMTDIAP LLEEYFFDDP YKQQKWTNKL LGDSSGSHHH HHH

UniProtKB: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit

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分子 #2: Protein McrC

分子名称: Protein McrC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Residues from 60 to 99 in database P15006 are replaced by GG
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 36.22352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MEQPVIPVRN IYYMLTYAWG YLQEIKQANL EAIPGNNLLD ILGYVLNKGV LQLSRRGLEG GNEDTLANRI IKSTLAILIK HEKLNSTIR DEARSLYRKL PGISTLHLTP QHFSYLNGGK NTRYYKFVIS VCKFIVNNSI PGQNKGHYRF YDFERNEKEM S LLYQKFLY ...文字列:
MEQPVIPVRN IYYMLTYAWG YLQEIKQANL EAIPGNNLLD ILGYVLNKGV LQLSRRGLEG GNEDTLANRI IKSTLAILIK HEKLNSTIR DEARSLYRKL PGISTLHLTP QHFSYLNGGK NTRYYKFVIS VCKFIVNNSI PGQNKGHYRF YDFERNEKEM S LLYQKFLY EFCRRELTSA NTTRSYLKWD ASSISDQSLN LLPRMETDIT IRSSEKILIV DAKYYKSIFS RRMGTEKFHS QN LYQLMNY LWSLKPENGE NIGGLLIYPH VDTAVKHRYK INGFDIGLCT VNLGQEWPCI HQELLDIFDE YLK

UniProtKB: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC, Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrBC

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-ClTris-Cl
50.0 mMKCLPotassium chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The grid was floated with carbon before glow discharge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was blot for 3.0 sec before plunging into liquid ethane.
詳細The McrBC complex was incubated with 2.5mM of GMP-PNP in the presence of 10mM Tris-Cl pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2071 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 27.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 131363
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated using SGD built in Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 60954
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6hz4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7vsr:
Structure of McrBC (stalkless mutant)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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