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万見
- EMDB-32052: Induced alpha-2-macroglobulin monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32052
タイトルInduced alpha-2-macroglobulin monomer
マップデータ
試料
  • 組織: macroglobulin family protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードprotease inhibitor / BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / interleukin-8 binding / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / platelet alpha granule lumen ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / interleukin-8 binding / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / stem cell differentiation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / : / protease binding / blood microparticle / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Huang X / Wang Y / Ping Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures reveal the dynamic transformation of human alpha-2-macroglobulin working as a protease inhibitor.
著者: Xiaoxing Huang / Youwang Wang / Cong Yu / Hui Zhang / Qiang Ru / Xinxin Li / Kai Song / Min Zhou / Ping Zhu /
要旨: Human alpha-2-macroglobulin is a well-known inhibitor of a broad spectrum of proteases and plays important roles in immunity, inflammation, and infections. Here, we report the cryo-EM structures of ...Human alpha-2-macroglobulin is a well-known inhibitor of a broad spectrum of proteases and plays important roles in immunity, inflammation, and infections. Here, we report the cryo-EM structures of human alpha-2-macroglobulin in its native state, induced state transformed by its authentic substrate, human trypsin, and serial intermediate states between the native and fully induced states. These structures exhibit distinct conformations, which reveal the dynamic transformation of alpha-2-macro-globulin that acts as a protease inhibitor. The results shed light on the molecular mechanism of alpha-2-macroglobulin in entrapping substrates.
履歴
登録2021年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32052.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.3281463 - 2.244146
平均 (標準偏差)0.0072624963 (±0.08848741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : macroglobulin family protein

全体名称: macroglobulin family protein
要素
  • 組織: macroglobulin family protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: macroglobulin family protein

超分子名称: macroglobulin family protein / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Alpha-2-macroglobulin

分子名称: Alpha-2-macroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 145.243297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GKPQYMVLVP SLLHTETTEK GCVLLSYLNE TVTVSASLES VRGNRSLFTD LEAENDVLHC VAFAVPKSSS NEEVMFLTVQ VKGPTQEFK KRTTVMVKNE DSLVFVQTDK SIYKPGQTVK FRVVSMDENF HPLNELIPLV YIQDPKGNRI AQWQSFQLEG G LKQFSFPL ...文字列:
GKPQYMVLVP SLLHTETTEK GCVLLSYLNE TVTVSASLES VRGNRSLFTD LEAENDVLHC VAFAVPKSSS NEEVMFLTVQ VKGPTQEFK KRTTVMVKNE DSLVFVQTDK SIYKPGQTVK FRVVSMDENF HPLNELIPLV YIQDPKGNRI AQWQSFQLEG G LKQFSFPL SSEPFQGSYK VVVQKKSGGR TEHPFTVEEF VLPKFEVQVT VPKIITILEE EMNVSVCGLY TYGKPVPGHV TV SICRKYS DASDCHGEDS QAFCEKFSGQ LNSHGCFYQQ VKTKVFQLKR KEYEMKLHTE AQIQEEGTVV ELTGRQSSEI TRT ITKLSF VKVDSHFRQG IPFFGQVRLV DGKGVPIPNK VIFIRGNEAN YYSNATTDEH GLVQFSINTT NVMGTSLTVR VNYK DRSPC YGYQWVSEEH EEAHHTAYLV FSPSKSFVHL EPMSHELPCG HTQTVQAHYI LNGGTLLGLK KLSFYYLIMA KGGIV RTGT HGLLVKQEDM KGHFSISIPV KSDIAPVARL LIYAVLPTGD VIGDSAKYDV ENCLANKVDL SFSPSQSLPA SHAHLR VTA APQSVCALRA VDQSVLLMKP DAELSASSVY NLLPEKDLTG FPGPLNDQDN EDCINRHNVY INGITYTPVS STNEKDM YS FLEDMGLKAF TNSKIRKPKM CPQLQQYEMH GPEGLRVGFY ESDVMGRGHA RLVHVEEPHT ETVRKYFPET WIWDLVVV N SAGVAEVGVT VPDTITEWKA GAFCLSEDAG LGISSTASLR AFQPFFVELT MPYSVIRGEA FTLKATVLNY LPKCIRVSV QLEASPAFLA VPVEKEQAPH CICANGRQTV SWAVTPKSLG NVNFTVSAEA LESQELCGTE VPSVPEHGRK DTVIKPLLVE PEGLEKETT FNSLLCPSGG EVSEELSLKL PPNVVEESAR ASVSVLGDIL GSAMQNTQNL LQMPYGCGE(MEQ) NMVLFAP NI YVLDYLNETQ QLTPEIKSKA IGYLNTGYQR QLNYKHYDGS YSTFGERYGR NQGNTWLTAF VLKTFAQARA YIFIDEAH I TQALIWLSQR QKDNGCFRSS GSLLNNAIKG GVEDEVTLSA YITIALLEIP LTVTHPVVRN ALFCLESAWK TAQEGDHGS HVYTKALLAY AFALAGNQDK RKEVLKSLNE EAVKKDNSVH WERPQKPKAP VGHFYEPQAP SAEVEMTSYV LLAYLTAQPA PTSEDLTSA TNIVKWITKQ QNAQGGFSST QDTVVALHAL SKYGAATFTR TGKAAQVTIQ SSGTFSSKFQ VDNNNRLLLQ Q VSLPELPG EYSMKVTGEG CVYLQTSLKY NILPE

UniProtKB: Alpha-2-macroglobulin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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