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万見
- EMDB-32048: Streptomyces coelicolor zinc uptake regulator complexed with zinc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32048
タイトルStreptomyces coelicolor zinc uptake regulator complexed with zinc and DNA (trimer of dimers)
マップデータ
試料
  • 複合体: Zur-DNA
    • DNA: DNA_NT (84-MER)
    • DNA: DNA_T (84-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Putative metal uptake regulation protein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) / Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yang X / Zheng J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770068, 32070040
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Streptomyces transcription activation by zinc uptake regulator.
著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Guiyang Liu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng /
要旨: Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both ...Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both processes by controlling zinc homeostasis. It activates transcription by binding to palindromic Zur-box sequences upstream of -35 elements. Here we deciphered the molecular mechanism by which ScZur interacts with promoter DNA and Sc RNA polymerase (RNAP) by cryo-EM structures and biochemical assays. The ScZur-DNA structures reveal a sequential and cooperative binding of three ScZur dimers surrounding a Zur-box spaced 8 nt upstream from a -35 element. The ScRNAPσHrdB-Zur-DNA structures define protein-protein and protein-DNA interactions involved in the principal housekeeping σHrdB-dependent transcription initiation from a noncanonical promoter with a -10 element lacking the critical adenine residue at position -11 and a TTGCCC -35 element deviating from the canonical TTGACA motif. ScZur interacts with the C-terminal domain of ScRNAP α subunit (αCTD) in a complex structure trapped in an active conformation. Key ScZur-αCTD interfacial residues accounting for ScZur-dependent transcription activation were confirmed by mutational studies. Together, our structural and biochemical results provide a comprehensive model for transcription activation of Zur family regulators.
履歴
登録2021年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32048.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.621353 - 6.3487015
平均 (標準偏差)0.0020257658 (±0.057557516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32048_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32048_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32048_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zur-DNA

全体名称: Zur-DNA
要素
  • 複合体: Zur-DNA
    • DNA: DNA_NT (84-MER)
    • DNA: DNA_T (84-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Putative metal uptake regulation protein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Zur-DNA

超分子名称: Zur-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 250 kDa/nm

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分子 #1: DNA_NT (84-MER)

分子名称: DNA_NT (84-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 25.808424 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DC)(DC)

GENBANK: GENBANK: AL939129.1

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分子 #2: DNA_T (84-MER)

分子名称: DNA_T (84-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 26.008541 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG) (DG)(DG)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG) (DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)

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分子 #3: Putative metal uptake regulation protein

分子名称: Putative metal uptake regulation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145
分子量理論値: 16.90484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTTAGPPVKG RATRQRAAVS AALQEVEEFR SAQELHDMLK HKGDAVGLTT VYRTLQSLAD AGEVDVLRT AEGESVYRRC STGDHHHHLV CRACGKAVEV EGPAVEKWAE AIAAEHGYVN VAHTVEIFGT CADCAGASGG

UniProtKB: Metal uptake regulation protein

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
100.0 mMKCl
2.0 mMDTT
5.0 mMMgCl2
20.0 ?MZnSO4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84622
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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