+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31998 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Double deletion S-2P trimer(1 Up) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Cui Z | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Double deletion S-2P trimer(1 Up) 著者: Wang X | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31998.map.gz | 116.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31998-v30.xml emd-31998.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31998.png | 39.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31998 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31998_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31998_full_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31998_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31998_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31998 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vhlMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Spike protein of SARS-CoV-2 B.1.617.2 strain with one RBD in open...
全体 | 名称: Spike protein of SARS-CoV-2 B.1.617.2 strain with one RBD in open state |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Spike protein of SARS-CoV-2 B.1.617.2 strain with one RBD in open...
超分子 | 名称: Spike protein of SARS-CoV-2 B.1.617.2 strain with one RBD in open state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 123.83532 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QCVNFTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAKRFANP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG K QGNFKNLR ...文字列: QCVNFTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAKRFANP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG K QGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRGLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GA AAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFG EVF NATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGNI ADYN YKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS TPCNGVKGFN CYFPLQSYGF QPTYG VGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL TGTGVLTESN KKFLPFQQFG RDIADTTDAV RDPQTL EIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQDV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEH VNNSYEC DI PIGAGICASY QTQTSVASQS IIAYTMSLGA ENSVAYSNNS IAIPTNFTIS VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTEC S NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALLA GTITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTASALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE A EVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KRVDFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VP AQEKNFT TAPAICHDGK AHFPREGVFV SNGTHWFVTQ RNFYEPQIIT TDNTFVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 1.875 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 191107 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |