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- EMDB-31914: Human TOM complex with cross-linking -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31914
タイトルHuman TOM complex with cross-linking
マップデータ
試料
  • 複合体: Human TOM complex with cross-linking
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
キーワードTom22 N-terminal domain / Cryo-EM / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 ...Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Liu DS / Sui SF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Tom20 and Tom22 cytosolic domains as the human TOM complex receptors.
著者: Jiayue Su / Desheng Liu / Fan Yang / Mei-Qing Zuo / Chang Li / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui /
要旨: Mitochondrial preproteins synthesized in cytosol are imported into mitochondria by a multisubunit translocase of the outer membrane (TOM) complex. Functioned as the receptor, the TOM complex ...Mitochondrial preproteins synthesized in cytosol are imported into mitochondria by a multisubunit translocase of the outer membrane (TOM) complex. Functioned as the receptor, the TOM complex components, Tom 20, Tom22, and Tom70, recognize the presequence and further guide the protein translocation. Their deficiency has been linked with neurodegenerative diseases and cardiac pathology. Although several structures of the TOM complex have been reported by cryoelectron microscopy (cryo-EM), how Tom22 and Tom20 function as TOM receptors remains elusive. Here we determined the structure of TOM core complex at 2.53 Å and captured the structure of the TOM complex containing Tom22 and Tom20 cytosolic domains at 3.74 Å. Structural analysis indicates that Tom20 and Tom22 share a similar three-helix bundle structural feature in the cytosolic domain. Further structure-guided biochemical analysis reveals that the Tom22 cytosolic domain is responsible for binding to the presequence, and the helix H1 is critical for this binding. Altogether, our results provide insights into the functional mechanism of the TOM complex recognizing and transferring preproteins across the mitochondrial membrane.
履歴
登録2021年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31914.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0111
最小 - 最大-0.006351583 - 0.028208856
平均 (標準偏差)0.000058887377 (±0.0018435512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human TOM complex with cross-linking

全体名称: Human TOM complex with cross-linking
要素
  • 複合体: Human TOM complex with cross-linking
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

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超分子 #1: Human TOM complex with cross-linking

超分子名称: Human TOM complex with cross-linking / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.007988 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

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分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.532528 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

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分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.045318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

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分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.256473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

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分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.926926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列:
MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: Digitonin
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 340000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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