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万見
- EMDB-31818: Negative staining (NS)-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31818
タイトルNegative staining (NS)-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb-15 and RBD-chAb45
マップデータNSEM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb-15 and RBD-chAb45
試料
  • 細胞器官・細胞要素: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Yu PY / Yang TJ / Chang YC / Wu HC / Hsu STD
資金援助 台湾, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-3114-Y-001-001 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109-L08 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CFII-108-110 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CFII108-111 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Negative staining (NS)-EM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb-15 and RBD-chAb45
著者: Yu PY / Yang TJ / Chang YC / Wu HC / Hsu STD
履歴
登録2021年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NSEM structure of SARS-CoV-2 S-Gamma variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb-15 and RBD-chAb45
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-0.9045302 - 2.2426598
平均 (標準偏差)-0.0077689434 (±0.18148953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies

全体名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies
要素
  • 細胞器官・細胞要素: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibodies
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: S-Gamma variant, two neutralizing antibodies RBD-chAb-15 and RBD-chAb-45
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量実験値: 540 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris
150.0 mMNaCl
0.02 %sodium azide
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: generated by ab-initio reconstruction in cryoSparc v2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 22898
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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