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- EMDB-31803: LolCDE with bound RcsF in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31803
タイトルLolCDE with bound RcsF in nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: LolCDE-RcsF complex in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein RcsF
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
  • リガンド: (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE
キーワードmembrane protein / ABC transporter / lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phosphorelay signal transduction system / periplasmic side of cell outer membrane / outer membrane protein complex / lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / cellular response to cell envelope stress ...positive regulation of phosphorelay signal transduction system / periplasmic side of cell outer membrane / outer membrane protein complex / lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / cellular response to cell envelope stress / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell outer membrane / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular signal transduction / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein RcsF / RcsF lipoprotein / Lipoprotein releasing system, ATP-binding protein / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE, gammaproteobacteria type / Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD ...Outer membrane lipoprotein RcsF / RcsF lipoprotein / Lipoprotein releasing system, ATP-binding protein / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE, gammaproteobacteria type / Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC / Outer membrane lipoprotein RcsF / Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bei WW / Luo QS / Shi HG / Zhang XZ / Huang YH
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500404 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625009 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of LolCDE reveal the molecular mechanism of bacterial lipoprotein sorting in Escherichia coli.
著者: Weiwei Bei / Qingshan Luo / Huigang Shi / Haizhen Zhou / Min Zhou / Xinzheng Zhang / Yihua Huang /
要旨: Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer ...Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer membrane (OM) via the localization of lipoproteins (Lol) export pathway. The ATP-binding cassette (ABC) transporter LolCDE initiates the Lol pathway by selectively extracting and transporting lipoproteins for trafficking. Here, we report cryo-EM structures of LolCDE in apo, lipoprotein-bound, and AMPPNP-bound states at a resolution of 3.5 to 4.2 Å. Structure-based disulfide crosslinking, photo-crosslinking, and functional complementation assay verify the apo-state structure and reveal the molecular details regarding substrate selectivity and substrate entry route. Our studies snapshot 3 functional states of LolCDE in a transport cycle, providing deep insights into the mechanisms that underlie LolCDE-mediated lipoprotein sorting in E. coli.
履歴
登録2021年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31803.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å		1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å		1.04 Å/pix.
x 192 pix.
= 199.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.62
最小 - 最大-1.5247846 - 2.8564568
平均 (標準偏差)0.004956227 (±0.10027764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 199.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LolCDE-RcsF complex in nanodiscs

全体名称: LolCDE-RcsF complex in nanodiscs
要素
  • 複合体: LolCDE-RcsF complex in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein RcsF
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
  • リガンド: (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE

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超分子 #1: LolCDE-RcsF complex in nanodiscs

超分子名称: LolCDE-RcsF complex in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12

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分子 #1: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

分子名称: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 45.385977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAMPLSLLIG LRFSRGRRRG GMVSLISVIS TIGIALGVAV LIVGLSAMNG FERELNNRIL AVVPHGEIEA VDQPWTNWQE ALDHVQKVP GIAAAAPYIN FTGLVESGAN LRAIQVKGVN PQQEQRLSAL PSFVQGDAWR NFKAGEQQII IGKGVADALK V KQGDWVSI ...文字列:
MAMPLSLLIG LRFSRGRRRG GMVSLISVIS TIGIALGVAV LIVGLSAMNG FERELNNRIL AVVPHGEIEA VDQPWTNWQE ALDHVQKVP GIAAAAPYIN FTGLVESGAN LRAIQVKGVN PQQEQRLSAL PSFVQGDAWR NFKAGEQQII IGKGVADALK V KQGDWVSI MIPNSNPEHK LMQPKRVRLH VAGILQLSGQ LDHSFAMIPL ADAQQYLDMG SSVSGIALKM TDVFNANKLV RD AGEVTNS YVYIKSWIGT YGYMYRDIQM IRAIMYLAMV LVIGVACFNI VSTLVMAVKD KSGDIAVLRT LGAKDGLIRA IFV WYGLLA GLFGSLCGVI IGVVVSLQLT PIIEWIEKLI GHQFLSSDIY FIDFLPSELH WLDVFYVLVT ALLLSLLASW YPAR RASNI DPARVLSGQ

UniProtKB: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

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分子 #2: Outer membrane lipoprotein RcsF

分子名称: Outer membrane lipoprotein RcsF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.506281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SMLSRSPVEP VQSTAPQPKA EPAKPKAPRA TPVRIYTNAE ELVGKPFRDL GEVSGDSCQA SNQDSPPSIP TARKRMQINA SKMKANAVL LHSCEVTSGT PGCYRQAVCI GSALNITAK

UniProtKB: Outer membrane lipoprotein RcsF

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分子 #3: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

分子名称: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 43.295516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MYQPVALFIG LRYMRGRAAD RFGRFVSWLS TIGITLGVMA LVTVLSVMNG FERELQNNIL GLMPQAILSS EHGSLNPQQL PETAVKLDG VNRVAPITTG DVVLQSARSV AVGVMLGIDP AQKDPLTPYL VNVKQTDLEP GKYNVILGEQ LASQLGVNRG D QIRVMVPS ...文字列:
MYQPVALFIG LRYMRGRAAD RFGRFVSWLS TIGITLGVMA LVTVLSVMNG FERELQNNIL GLMPQAILSS EHGSLNPQQL PETAVKLDG VNRVAPITTG DVVLQSARSV AVGVMLGIDP AQKDPLTPYL VNVKQTDLEP GKYNVILGEQ LASQLGVNRG D QIRVMVPS ASQFTPMGRI PSQRLFNVIG TFAANSEVDG YEMLVNIEDA SRLMRYPAGN ITGWRLWLDE PLKVDSLSQQ KL PEGSKWQ DWRDRKGELF QAVRMEKNMM GLLLSLIVAV AAFNIITSLG LMVMEKQGEV AILQTQGLTP RQIMMVFMVQ GAS AGIIGA ILGAALGALL ASQLNNLMPI IGVLLDGAAL PVAIEPLQVI VIALVAMAIA LLSTLYPSWR AAATQPAEAL RYE

UniProtKB: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

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分子 #4: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

分子名称: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 25.471291 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNKILLQCDN LCKRYQEGSV QTDVLHNVSF SVGEGEMMAI VGSSGSGKST LLHLLGGLDT PTSGDVIFNG QPMSKLSSAA KAELRNQKL GFIYQFHHLL PDFTALENVA MPLLIGKKKP AEINSRALEM LKAVGLDHRA NHRPSELSGG ERQRVAIARA L VNNPRLVL ...文字列:
MNKILLQCDN LCKRYQEGSV QTDVLHNVSF SVGEGEMMAI VGSSGSGKST LLHLLGGLDT PTSGDVIFNG QPMSKLSSAA KAELRNQKL GFIYQFHHLL PDFTALENVA MPLLIGKKKP AEINSRALEM LKAVGLDHRA NHRPSELSGG ERQRVAIARA L VNNPRLVL ADEPTGNLDA RNADSIFQLL GELNRLQGTA FLVVTHDLQL AKRMSRQLEM RDGRLTAELS LMGAE

UniProtKB: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

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分子 #5: (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2...

分子名称: (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PCJ
分子量理論値: 896.48 Da
Chemical component information

ChemComp-PCJ:
(2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5naa


詳細: 5NAA/5UDF/2PCJ
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225933
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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