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- EMDB-31618: Cryo-EM structure of a membrane protein(WT) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31618
タイトルCryo-EM structure of a membrane protein(WT)
マップデータ
試料
  • 複合体: immune system
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor alpha variable 12-3,Possible J 11 gene segment,T cell receptor alpha chain constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor beta variable 6-5,M1-specific T cell receptor beta chain,T cell receptor beta constant 2
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway / T cell activation involved in immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway / T cell activation involved in immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / cerebellum development / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / complement activation, classical pathway / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / response to bacterium / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / transmembrane signaling receptor activity / peptide antigen binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / signaling receptor complex adaptor activity / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / protein complex oligomerization / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cell body / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 12-3 / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor beta variable 6-5 / Possible J 11 gene segment / T cell receptor alpha chain constant / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / M1-specific T cell receptor beta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen Y / Zhu Y / Gao W / Zhang A / Guo C / Huang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31825008 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Cholesterol inhibits TCR signaling by directly restricting TCR-CD3 core tunnel motility.
著者: Yan Chen / Yuwei Zhu / Xiang Li / Wenbo Gao / Ziqi Zhen / De Dong / Buliao Huang / Zhuo Ma / Anqi Zhang / Xiaocui Song / Yan Ma / Changyou Guo / Fan Zhang / Zhiwei Huang /
要旨: Cholesterol molecules specifically bind to the resting αβTCR to inhibit cytoplasmic CD3ζ ITAM phosphorylation through sequestering the TCR-CD3 complex in an inactive conformation. The mechanisms ...Cholesterol molecules specifically bind to the resting αβTCR to inhibit cytoplasmic CD3ζ ITAM phosphorylation through sequestering the TCR-CD3 complex in an inactive conformation. The mechanisms of cholesterol-mediated inhibition of TCR-CD3 and its activation remain unclear. Here, we present cryoelectron microscopy structures of cholesterol- and cholesterol sulfate (CS)-inhibited TCR-CD3 complexes and an auto-active TCR-CD3 variant. The structures reveal that cholesterol molecules act like a latch to lock CD3ζ into an inactive conformation in the membrane. Mutations impairing binding of cholesterol molecules to the tunnel result in the movement of the proximal C terminus of the CD3ζ transmembrane helix, thereby activating the TCR-CD3 complex in human cells. Together, our data reveal the structural basis of TCR inhibition by cholesterol, illustrate how the cholesterol-binding tunnel is allosterically coupled to TCR triggering, and lay a foundation for the development of immunotherapies through directly targeting the TCR-CD3 complex.
履歴
登録2021年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年7月27日-
現状2022年7月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31618.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0462
最小 - 最大-0.16072492 - 0.2668755
平均 (標準偏差)-0.00011173577 (±0.0063981386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : immune system

全体名称: immune system
要素
  • 複合体: immune system
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor alpha variable 12-3,Possible J 11 gene segment,T cell receptor alpha chain constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor beta variable 6-5,M1-specific T cell receptor beta chain,T cell receptor beta constant 2
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: immune system

超分子名称: immune system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.81052 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKWKALFTAA ILQAQLPITE AQSFGLLDPK LCYLLDGILF IYGVILTALF LRVKFSRSAD APAYQQGQNQ LYNELNLGRR EEYDVLDKR RGRDPEMGGK PQRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ A LPPRS

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分子 #2: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.949537 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEHSTFLSGL VLATLLSQVS PFKIPIEELE DRVFVNCNTS ITWVEGTVGT LLSDITRLDL GKRILDPRGI YRCNGTDIYK DKESTVQVH YRMCQSCVEL DPATVAGIIV TDVIATLLLA LGVFCFAGHE TGRLSGAADT QALLRNDQVY QPLRDRDDAQ Y SHLGGNWA RNK

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.174227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA ...文字列:
MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA GGRQRGQNKE RPPPVPNPDY EPIRKGQRDL YSGLNQRRI

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.493457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEQGKGLAVL ILAIILLQGT LAQSIKGNHL VKVYDYQEDG SVLLTCDAEA KNITWFKDGK MIGFLTEDKK KWNLGSNAKD PRGMYQCKG SQNKSKPLQV YYRMCQNCIE LNAATISGFL FAEIVSIFVL AVGVYFIAGQ DGVRQSRASD KQTLLPNDQL Y QPLKDRED DQYSHLQGNQ LRRN

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分子 #5: T cell receptor alpha variable 12-3,Possible J 11 gene segment,T ...

分子名称: T cell receptor alpha variable 12-3,Possible J 11 gene segment,T cell receptor alpha chain constant
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.763717 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKSLRVLLVI LWLQLSWVWS QQKEVEQDPG PLSVPEGAIV SLNCTYSNSA FQYFMWYRQY SRKGPELLMY TYSSGNKEDG RFTAQVDKS SKYISLFIRD SQPSDSATYL CAMSKGYSTL TFGKGTMLLV SPDIQNPDPA VYQLRDSKSS DKSVCLFTDF D SQTNVSQS ...文字列:
MKSLRVLLVI LWLQLSWVWS QQKEVEQDPG PLSVPEGAIV SLNCTYSNSA FQYFMWYRQY SRKGPELLMY TYSSGNKEDG RFTAQVDKS SKYISLFIRD SQPSDSATYL CAMSKGYSTL TFGKGTMLLV SPDIQNPDPA VYQLRDSKSS DKSVCLFTDF D SQTNVSQS KDSDVYITDK TVLDMRSMDF KSNSAVAWSN KSDFACANAF NNSIIPEDTF FPSPESSCDV KLVEKSFETD TN LNFQNLS VIGFRILLLK VAGFNLLMTL RLWSS

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分子 #6: T cell receptor beta variable 6-5,M1-specific T cell receptor bet...

分子名称: T cell receptor beta variable 6-5,M1-specific T cell receptor beta chain,T cell receptor beta constant 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.614051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSISLLCCAA LSLLWAGPVN AGVTQTPKFQ VLKTGQSMTL QCAQDMNHEY MSWYRQDPGM GLRLIHYSVG AGITDQGEVP NGYNVSRST TEDFPLRLLS AAPSQTSVYF CASRRRQGAS GEQYFGPGTR LTVTEDLKNV FPPEVAVFEP SEAEISHTQK A TLVCLATG ...文字列:
MSISLLCCAA LSLLWAGPVN AGVTQTPKFQ VLKTGQSMTL QCAQDMNHEY MSWYRQDPGM GLRLIHYSVG AGITDQGEVP NGYNVSRST TEDFPLRLLS AAPSQTSVYF CASRRRQGAS GEQYFGPGTR LTVTEDLKNV FPPEVAVFEP SEAEISHTQK A TLVCLATG FYPDHVELSW WVNGKEVHSG VSTDPQPLKE QPALNDSRYC LSSRLRVSAT FWQNPRNHFR CQVQFYGLSE ND EWTQDRA KPVTQIVSAE AWGRADCGFT SESYQQGVLS ATILYEILLG KATLYAVLVS ALVLMAMVKR KDSRG

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 550597
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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