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- EMDB-3153: Cryo-EM structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex at near-atomic res... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3153
タイトルCryo-EM structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex at near-atomic resolution
マップデータCryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex at near-atomic resolution
試料
  • 試料: 60S-Arx1-Rei1 complex
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Arx1
  • タンパク質・ペプチド: Rei1
キーワードeukaryotic ribosome / 60S subunit / ribosome biogenesis / Rei1 / Arx1 / cytoplasmic maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis => GO:0042254 / budding cell bud growth / 加水分解酵素 / nucleocytoplasmic transport / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / ribosomal large subunit biogenesis / metallopeptidase activity / mitotic cell cycle ...ribosome biogenesis => GO:0042254 / budding cell bud growth / 加水分解酵素 / nucleocytoplasmic transport / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / ribosomal large subunit biogenesis / metallopeptidase activity / mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / nucleolus / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger protein 622/Rei1/Reh1 / ZN622/Rei1/Reh1, zinc finger C2H2-type / C2H2 type zinc-finger (2 copies) / : / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Creatinase/aminopeptidase-like / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...Zinc finger protein 622/Rei1/Reh1 / ZN622/Rei1/Reh1, zinc finger C2H2-type / C2H2 type zinc-finger (2 copies) / : / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Creatinase/aminopeptidase-like / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic 60S subunit biogenesis factor REI1 / Probable metalloprotease ARX1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Greber BJ / Gerhardy S / Leitner A / Leibundgut M / Salem M / Boehringer D / Leulliot N / Aebersold R / Panse VG / Ban N
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Insertion of the Biogenesis Factor Rei1 Probes the Ribosomal Tunnel during 60S Maturation.
著者: Basil Johannes Greber / Stefan Gerhardy / Alexander Leitner / Marc Leibundgut / Michèle Salem / Daniel Boehringer / Nicolas Leulliot / Ruedi Aebersold / Vikram Govind Panse / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis depends on several hundred assembly factors to produce functional 40S and 60S ribosomal subunits. The final phase of 60S subunit biogenesis is cytoplasmic maturation, ...Eukaryotic ribosome biogenesis depends on several hundred assembly factors to produce functional 40S and 60S ribosomal subunits. The final phase of 60S subunit biogenesis is cytoplasmic maturation, which includes the proofreading of functional centers of the 60S subunit and the release of several ribosome biogenesis factors. We report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the yeast 60S subunit in complex with the biogenesis factors Rei1, Arx1, and Alb1 at 3.4 Å resolution. In addition to the network of interactions formed by Alb1, the structure reveals a mechanism for ensuring the integrity of the ribosomal polypeptide exit tunnel. Arx1 probes the entire set of inner-ring proteins surrounding the tunnel exit, and the C terminus of Rei1 is deeply inserted into the ribosomal tunnel, where it forms specific contacts along almost its entire length. We provide genetic and biochemical evidence that failure to insert the C terminus of Rei1 precludes subsequent steps of 60S maturation.
履歴
登録2015年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月30日-
マップ公開2015年12月16日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_3153_500...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex at near-atomic resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.51979357 - 0.87405241
平均 (標準偏差)0.00580786 (±0.05011464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 300.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.240300.240300.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.5200.8740.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 60S-Arx1-Rei1 complex

全体名称: 60S-Arx1-Rei1 complex
要素
  • 試料: 60S-Arx1-Rei1 complex
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Arx1
  • タンパク質・ペプチド: Rei1

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超分子 #1000: 60S-Arx1-Rei1 complex

超分子名称: 60S-Arx1-Rei1 complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 1:1:1 stoichiometry of 60S subunit and associated factors
Number unique components: 3
分子量理論値: 2.3 MDa

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S
Ref GO0: GO:0022625
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol / 細胞中の位置: Cytosol
分子量理論値: 2.2 MDa

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分子 #1: Arx1

分子名称: Arx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol and nucleus / 細胞中の位置: Cytosol and nucleus
分子量理論値: 65 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: Codon Plus / 組換プラスミド: pET-47
配列UniProtKB: Probable metalloprotease ARX1 / GO: ribosome biogenesis => GO:0042254

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分子 #2: Rei1

分子名称: Rei1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal His6-tag / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol / 細胞中の位置: Cytosol
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET-24a
配列UniProtKB: Cytoplasmic 60S subunit biogenesis factor REI1 / GO: ribosome biogenesis => GO:0042254

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 8, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon R2/1, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Manual blotting from the back before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Data collected using 4 exposures per ice hole (2 x 2 pattern). Movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exosure
日付2014年6月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1534 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected semi-automatically using BATCHBOXER (EMAN). CTF correction using CTFFIND3. Reconstruction using RELION.
CTF補正詳細: per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION1.3 / 詳細: Particles selected in BATCHBOXER (EMAN1.9). / 使用した粒子像数: 54775

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4v8t

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細The coordinate model of the lower-resolution structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex was fitted into the cryo-EM density using UCSF CHIMERA. The model was then adjusted using COOT (RNA) and O (proteins).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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