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万見
- EMDB-31455: Cryo-EM Structure of primitive cyanobacterium photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31455
タイトルCryo-EM Structure of primitive cyanobacterium photosystem I
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI trimer
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
キーワードPhotosystem I / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein, bacterial / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Outer membrane protein, bacterial / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit Z / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) / Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Kato K / Hamaguchi T
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the absence of low-energy chlorophylls responsible for photoprotection from a primitive cyanobacterial PSI
著者: Kato K / Hamaguchi T / Nagao R / Kawakami K / Ueno Y / Suzuki T / Uchida H / Murakami A / Nakajima Y / Yokono M / Akimoto S / Dohmae N / Yonekura K / Shen JR
履歴
登録2021年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.2 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.2 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.823 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.23874322 - 0.46545348
平均 (標準偏差)0.00047807692 (±0.008708103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 329.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI trimer

全体名称: PSI trimer
要素
  • 複合体: PSI trimer
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit Z
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Menaquinone-4
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSI trimer

超分子名称: PSI trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 1.1 MDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 86.505219 KDa
配列文字列: MSTTPQEREK PVRVLVDNDP VPTSTEKWGK PGWFERNLAR GPKTTTWIWD LHALAHDFET HTSDKEEISR KIFSAHFGHL AVVCVWLSG MFWHGAYFSN FTAWMENPLG LKPSAQTVWP VFGQEILNDP STVAKGFEQG GIVITSGLFH LWRAVGFTTT G QLAAMSIA ...文字列:
MSTTPQEREK PVRVLVDNDP VPTSTEKWGK PGWFERNLAR GPKTTTWIWD LHALAHDFET HTSDKEEISR KIFSAHFGHL AVVCVWLSG MFWHGAYFSN FTAWMENPLG LKPSAQTVWP VFGQEILNDP STVAKGFEQG GIVITSGLFH LWRAVGFTTT G QLAAMSIA MLIIAALFLF AGWFHYHKRA PKLEWFQNVE SMLNHHLAGL FGLGSLFWTG HLIHVALPVK AQLDAGIAPA QV NPFAGLD YGLMGQYFPK GFGPNGGLGA FFTLNWGQFT DFLTFKGGLE PATGALYLTD IAHHHLAIAT LFIIAGHMYR TNW GIGHSI KEMLEAHKGP LTGEGHRGLY EVLTTSWHAQ LAINLAMAGS ITIIVAHHMY AMNPYPYMGT DYATQISLFT HHMW IGGFL IVGAGAHAAI FMVRDYDPVT NQNNLLDRVL RHRDAIISHL NWVTLFLGFH SFGLYVHNDT MQALGRPRDM FADFA IPLQ PVFAQWIQNI HAAAPGGATA PWVGGTSPTW YTGALSSAAT LQANQVLALA NDKISISPIH LGTADFMVHH IFALCI HVT VLILLKGVLF ARSSRLIPDK ANLGFRFPCD GPGRGGTCQS SAWDHVFLGL FWMYNTISVV IFHFSWKMQS DVWGTVD RS TGAVNHIIGN TDVLLGGQTV ALSQYAASSI NINGWLRDFL WAQSSAVINS YGGPLSAYGL MFLGAHFIWA FSLMFLFS G RGYWQELIES IVWAHNKLKV APAIQPRALS ITQGRAVGVA HYLLGGIATT WAFFLARFLA LP

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 96.166758 KDa
配列文字列: MATRFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE SLYQKLFATH FGHLAIIFLW SSGNLFHIAW QGNFEQWVSN PTGVVPIAH AIWDPHFGKG AVEAFTPEGG AGPVNAAYSG LYYLYYTLGM RFNSDLYQGS IFLMVLATVF LIAGWLHLQP R FRPSLAWF ...文字列:
MATRFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE SLYQKLFATH FGHLAIIFLW SSGNLFHIAW QGNFEQWVSN PTGVVPIAH AIWDPHFGKG AVEAFTPEGG AGPVNAAYSG LYYLYYTLGM RFNSDLYQGS IFLMVLATVF LIAGWLHLQP R FRPSLAWF KNAESRLNHH LSALFGVSSL AFAGHMIHVA IPAARGQRVD WSNFLNTLPH PAGLAPFFTG NWGVYADPQA GP PILTFIG GLNPATGTLW LTDIAHHHLA IAVIFIIAGH MYRTNFGIGH SIKEILDAHK GPLTGEGHRG LYDTINNSLH FQL GLALAS LGVVTSLVAQ HTYALPAYFY MPQDHTTMAA LYTHHQYIAG FLMVGAFAHG AIFFVRDYDP KANENNVLAR MLEH KEALI SHLSWVSLFL GFHTLGLYVH NDVMLAFGRP EDQLLIEPVF AQFVQVQSGK IIEGIPALFG GPGVTAPGEF LTGWL GSVN ANNSPIFLPI GPGDFLVHHA IALGLHTTTL ILVKGALDAR GSKLMPDKKD FGFAFPCDGP GRGGTCDISA WDAFYL AVF WMLNTIGWVT FYWHWKWISI WGDNVAQFNA SSTYLMGWLR DYLWANSAPL IGGYSPSGGT NALSVWAWMF LFGHLVW AT GFMFLIAWRG YWQELIETLV WAHERTPLAN LVRWKDKPVA MSIVQGRLVG LAHFTIGYIL TYAAFLIAST AALYPNGP A AFTPAISAEQ AKGVLSEFKA KPVPGGVMLL LPENIVFDFD KSSVKLDADP ALNRVVGVIQ FYGSEPVEIL GHTDSLGED AYNQKLSEER ASAVKAFFEK KGIEAERLTA KGYGETKPVA PNAKPDGSDN PDGRQQNRRV EILIKTEVVP VS

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 8.80717 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGNKAGTIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 15.952242 KDa
配列文字列:
MADVKELPFG GSTPLFGGST GGLLRKAQIE EKYLIVWNSK EEQVFEMPTG GAATMVAGTN VLYLARKEQC HALHRQLVST FKIRDSKIY RVYPNGEQVL IFPMDGVPSE KSNPGREVVG YVPRKIGDNP NPVDVKFTGK ETFDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 7.468415 KDa
配列文字列:
MAIERGAKVR ILRKESYWYR EVGTVASVDK SEKTIYPVTV RFEKVNYSGI NTNNFGVSEL EEVEA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 19.931127 KDa
配列文字列:
MSNKQSRVPF GAALLGILTL LLLFETGAFA QTQVKDPLKL CKDVPAYQEL KTQRLEAAQK AQADGKPVTF NEAGTKQKFE RYDTAYCGQ DGYPHLITSG QLDRAGDFLI PSVLFLWIAG ALGWAGRLYL AESKGPEDEI IIDLPKAIKC LLLGLIWPVQ A IPELISGK IRVPEDRVTI SPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit Z

分子名称: Photosystem I reaction center subunit Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 3.853611 KDa
配列文字列:
MQSYNVFPAL VIITTLVVPF MAAAALLFII ERDPS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit Z

+
分子 #8: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 2.826475 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 15.806324 KDa
配列文字列:
MTLARYVYTP DPQEGTLLTP VNNSTAIRWF IDNLPINRVG MDEFTRGLEI GMAHGYWLIG PFALLGPLRN TELGLVAGLV STIGLLLIS TIGLSGYASL VEDVPTEFDR KGWSRLAGGF LVGGVGGAIF AFAILQFFPL VSAIARIP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
株: ATCC 29082 / PCC 7421
分子量理論値: 3.212907 KDa
配列文字列:
MAATVVSGAQ VAIAFVVALI AGIAALLLST ALGK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #11: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 264 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #13: Menaquinone-4

分子名称: Menaquinone-4 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: 1L3
分子量理論値: 444.648 Da
Chemical component information

ChemComp-1L3:
Menaquinone-4 / メナテトレノン

+
分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 60 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 9 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #17: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 402 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.68 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMMES-NaOH
0.03 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 70.22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated de novo from 2D classification.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 261743
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7f4v:
Cryo-EM structure of a primordial cyanobacterial photosystem I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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