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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31446 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of Rhizobium etli MprF with the improved density of the aa-PGS domain | |||||||||
マップデータ | 3.3 A Refine3D map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Nishimura M / Hirano H / Kobayashi K / Gill CP / Phan CNK / Kise Y / Kusakizako T / Yamashita K / Ito Y / Roy H ...Nishimura M / Hirano H / Kobayashi K / Gill CP / Phan CNK / Kise Y / Kusakizako T / Yamashita K / Ito Y / Roy H / Nishizawa T / Nureki O | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: to be published 著者: Nishimura M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31446.map.gz | 23.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31446-v30.xml emd-31446.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31446_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31446.png | 144 KB | ||
マスクデータ | emd_31446_msk_1.map | 28.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31446_half_map_1.map.gz emd_31446_half_map_2.map.gz | 24.1 MB 24.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31446 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31446 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3.3 A Refine3D map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.996 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31446_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31446_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31446_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MprF
全体 | 名称: MprF |
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要素 |
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-超分子 #1: MprF
超分子 | 名称: MprF / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌) |
分子量 | 理論値: 187 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: DE3 / 組換プラスミド: pTSP1 |
-分子 #1: MprF
分子 | 名称: MprF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGHGNLEEM EATDGFSFRT LFRRYRTPLT AAATLIVFCL VGYAIMQLTN EVRYDDVVAA LAATGPSAIL LALFFTALSF LSLVFYDLNA IEYIGKKLPF PHVALTAFSA YAVGNTAGFG ALSGGAIRYR AYTRLGLSPE DIGRIIAFVT LSFGLGLAAV ASIALIIIAS ...文字列: MSGHGNLEEM EATDGFSFRT LFRRYRTPLT AAATLIVFCL VGYAIMQLTN EVRYDDVVAA LAATGPSAIL LALFFTALSF LSLVFYDLNA IEYIGKKLPF PHVALTAFSA YAVGNTAGFG ALSGGAIRYR AYTRLGLSPE DIGRIIAFVT LSFGLGLAAV ASIALIIIAS EIGPLIGVSP FLLRLIAGSI IAILGAVMII GREGRVLNFG AVAIRLPDSR TWSRQFLVTA FDIAASASVL YVLLPQTAIG WPVFLAVYAI AVGLGVLSHV PAGLGVFETV IIASLGSAVN IDAVLGSLVL YRLIYHVLPL LIAVLAVSAA ELRRFVDHPA ASSVRRIGGR LMPQLLSTLA LLLGVMLVFS SVTPTPDQNL EFLSNYLPLP MVEGAHFLSS LLGLALVVAA RGLGQRLDGA WWVAVFSAVA ALTLSLLKAI ALVEAAFLAF LIFGLFVSRR LFTRHASLLN QAMTASWLMA IAVIVVGAVV ILLFVYRDVE YSNELWWQFE FTAEAPRGLR ALLGITIISS AIAIFSLLRP ATFRPEPATE EALTRAVEIV RKQGNADANL VRMGDKSIMF SEKGDAFIMY GRQGRSWIAL FDPVGDHGAV QELVWRFVEA ARAAGCRAVF YQISPALLSH CADAGLRAFK LGELAVADLR TFEMKGGKWA NLRQTASRAQ RDGLEFAVVE PENVPDIIDE LAAVSTAWLE HHNAKEKGFS LGSFDPDYVS AQPVGILKKD GKIVAFANIL VTESKEEGTI DLMRFSPDAP KGSMDFLFVQ IMEYLRNQGF THFNLGMAPL SGMSKREAAP VWDRIGSTVF EHGERFYNFK GLRAFKSKFH PHWQPRYLAV SGGGNPMIAL MDATFLIGGG LKGVVRK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: a waiting time of 10 s and a blotting time of 4 s | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: waiting time of 10 s and blotting time of 4 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
詳細 | CDS mode |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3159 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |