[日本語] English
万見
- EMDB-31445: Cryo-EM structure of Rhizobium etli MprF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31445
タイトルCryo-EM structure of Rhizobium etli MprF
マップデータ3.0 A "Best map" by EMDA
試料
  • 細胞器官・細胞要素: MprF
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical conserved protein
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: water
キーワードflippase / aminoacyl-tRNA / phosphatidylglycerol / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / phospholipid homeostasis / Acyl-CoA N-acyltransferase / plasma membrane / Hypothetical conserved protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌) / Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Nishimura M / Hirano H
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Rhizobium etli MprF
著者: Nishimura M
履歴
登録2021年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_31445.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.0 A "Best map" by EMDA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 194 pix.
= 193.224 Å		1 Å/pix.
x 194 pix.
= 193.224 Å		1 Å/pix.
x 194 pix.
= 193.224 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.996 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.000299
最小 - 最大-0.0021232832 - 0.0032375494
平均 (標準偏差)0.00000054811767 (±0.00010953165)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ194194194
Spacing194194194
セルA=B=C: 193.224 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_31445_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31445_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31445_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : MprF

全体名称: MprF
要素
  • 細胞器官・細胞要素: MprF
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical conserved protein
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: water

-
超分子 #1: MprF

超分子名称: MprF / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌)
分子量理論値: 187 KDa

-
分子 #1: Hypothetical conserved protein

分子名称: Hypothetical conserved protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
分子量理論値: 93.918508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSGHGNLEEM EATDGFSFRT LFRRYRTPLT AAATLIVFCL VGYAIMQLTN EVRYDDVVAA LAATGPSAIL LALFFTALSF LSLVFYDLN AIEYIGKKLP FPHVALTAFS AYAVGNTAGF GALSGGAIRY RAYTRLGLSP EDIGRIIAFV TLSFGLGLAA V ASIALIII ...文字列:
MSGHGNLEEM EATDGFSFRT LFRRYRTPLT AAATLIVFCL VGYAIMQLTN EVRYDDVVAA LAATGPSAIL LALFFTALSF LSLVFYDLN AIEYIGKKLP FPHVALTAFS AYAVGNTAGF GALSGGAIRY RAYTRLGLSP EDIGRIIAFV TLSFGLGLAA V ASIALIII ASEIGPLIGV SPFLLRLIAG SIIAILGAVM IIGREGRVLN FGAVAIRLPD SRTWSRQFLV TAFDIAASAS VL YVLLPQT AIGWPVFLAV YAIAVGLGVL SHVPAGLGVF ETVIIASLGS AVNIDAVLGS LVLYRLIYHV LPLLIAVLAV SAA ELRRFV DHPAASSVRR IGGRLMPQLL STLALLLGVM LVFSSVTPTP DQNLEFLSNY LPLPMVEGAH FLSSLLGLAL VVAA RGLGQ RLDGAWWVAV FSAVAALTLS LLKAIALVEA AFLAFLIFGL FVSRRLFTRH ASLLNQAMTA SWLMAIAVIV VGAVV ILLF VYRDVEYSNE LWWQFEFTAE APRGLRALLG ITIISSAIAI FSLLRPATFR PEPATEEALT RAVEIVRKQG NADANL VRM GDKSIMFSEK GDAFIMYGRQ GRSWIALFDP VGDHGAVQEL VWRFVEAARA AGCRAVFYQI SPALLSHCAD AGLRAFK LG ELAVADLRTF EMKGGKWANL RQTASRAQRD GLEFAVVEPE NVPDIIDELA AVSTAWLEHH NAKEKGFSLG SFDPDYVS A QPVGILKKDG KIVAFANILV TESKEEGTID LMRFSPDAPK GSMDFLFVQI MEYLRNQGFT HFNLGMAPLS GMSKREAAP VWDRIGSTVF EHGERFYNFK GLRAFKSKFH PHWQPRYLAV SGGGNPMIAL MDATFLIGGG LKGVVRK

UniProtKB: Hypothetical conserved protein

-
分子 #2: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

-
分子 #3: [(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-pro...

分子名称: [(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 1K1
分子量理論値: 877.179 Da
Chemical component information

ChemComp-1K1:
[(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (E)-octadec-9-enoate

-
分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3-HClTris-HCl
150.0 mMNaClsodium chloride
0.06 %C56H92O25GDN
100.0 uMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: a waiting time of 10 s and a blotting time of 4 s.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
詳細CDS mode
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3159 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 307241
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5vrv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-7f47:
Cryo-EM structure of Rhizobium etli MprF

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る