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万見
- EMDB-3144: Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3144
タイトルElectron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab CHK265
マップデータReconstruction of chikungunya virus in complex with Fab
試料
  • 試料: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex with murine neutralizing antibody Fab CHK265
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab CHK265
キーワードchikungunya virus / neutralizing antibody Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.9 Å
データ登録者Fox JM / Long F / Edeling MA / Lin H / Duijl-Richter M / Fong RH / Kahle KM / Smit JM / Jin J / Simmons G ...Fox JM / Long F / Edeling MA / Lin H / Duijl-Richter M / Fong RH / Kahle KM / Smit JM / Jin J / Simmons G / Doranz BJ / Crowe JE / Fremont DH / Rossmann MG / Diamond MS
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Broadly Neutralizing Alphavirus Antibodies Bind an Epitope on E2 and Inhibit Entry and Egress.
著者: Julie M Fox / Feng Long / Melissa A Edeling / Hueylie Lin / Mareike K S van Duijl-Richter / Rachel H Fong / Kristen M Kahle / Jolanda M Smit / Jing Jin / Graham Simmons / Benjamin J Doranz / ...著者: Julie M Fox / Feng Long / Melissa A Edeling / Hueylie Lin / Mareike K S van Duijl-Richter / Rachel H Fong / Kristen M Kahle / Jolanda M Smit / Jing Jin / Graham Simmons / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael G Rossmann / Michael S Diamond /
要旨: We screened a panel of mouse and human monoclonal antibodies (MAbs) against chikungunya virus and identified several with inhibitory activity against multiple alphaviruses. Passive transfer of ...We screened a panel of mouse and human monoclonal antibodies (MAbs) against chikungunya virus and identified several with inhibitory activity against multiple alphaviruses. Passive transfer of broadly neutralizing MAbs protected mice against infection by chikungunya, Mayaro, and O'nyong'nyong alphaviruses. Using alanine-scanning mutagenesis, loss-of-function recombinant proteins and viruses, and multiple functional assays, we determined that broadly neutralizing MAbs block multiple steps in the viral lifecycle, including entry and egress, and bind to a conserved epitope on the B domain of the E2 glycoprotein. A 16 Å resolution cryo-electron microscopy structure of a Fab fragment bound to CHIKV E2 B domain provided an explanation for its neutralizing activity. Binding to the B domain was associated with repositioning of the A domain of E2 that enabled cross-linking of neighboring spikes. Our results suggest that B domain antigenic determinants could be targeted for vaccine or antibody therapeutic development against multiple alphaviruses of global concern.
履歴
登録2015年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年11月25日-
更新2015年12月16日-
現状2015年12月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5any
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5any
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-3144-CHI...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of chikungunya virus in complex with Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 1177.6 Å		3.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 1177.6 Å		3.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 1177.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-21.542182919999998 - 16.402292249999999
平均 (標準偏差)0.05213591 (±1.78904963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-166-166-166
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1177.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.683.683.68
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1177.6001177.6001177.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-166-166-166
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-21.54216.4020.052

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex w...

全体名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex with murine neutralizing antibody Fab CHK265
要素
  • 試料: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex with murine neutralizing antibody Fab CHK265
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab CHK265

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超分子 #1000: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex w...

超分子名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya virus 181/25 in complex with murine neutralizing antibody Fab CHK265
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one Fab binds to one envelope protein on the surface of virus
Number unique components: 2

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Chikungunya virus strain TSI-GSD-218 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus
Sci species strain: strain TSI-GSD-218 or vaccine strain 181/25
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Chikungunya virus strain TSI-GSD-218
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: Vero cells
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Fab CHK265

分子名称: Fab CHK265 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 240 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞: hybridoma
分子量実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 400 mesh ultrathin holey carbon copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 10 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2015年3月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 500 / 平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 78354 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were mannually selected using the program EMAN2.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: JSPR / 使用した粒子像数: 5828

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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