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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31368 | |||||||||
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タイトル | dense nucleocapsid of Mumps virus | |||||||||
マップデータ | dense nucleocapsid of Mumps virus | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mumps rubulavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen Q / Shan H / Zhang N / Qin Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structural plasticity of mumps virus nucleocapsids with cryo-EM structures. 著者: Hong Shan / Xin Su / Tianhao Li / Yuqi Qin / Na Zhang / Liuyan Yang / Linsha Ma / Yun Bai / Lei Qi / Yunhui Liu / Qing-Tao Shen / 要旨: Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a ...Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a single-stranded negative-sense RNA as its genome, which is enwrapped by viral nucleoproteins into the helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for genome condensation and as a template for RNA replication and transcription. Conformational changes in the MuV nucleocapsid are required to switch between different activities, but the underlying mechanism remains elusive due to the absence of high-resolution structures. Here, we report two MuV nucleoprotein-RNA rings with 13 and 14 protomers, one stacked-ring filament and two nucleocapsids with distinct helical pitches, in dense and hyperdense states, at near-atomic resolutions using cryo-electron microscopy. Structural analysis of these in vitro assemblies indicates that the C-terminal tail of MuV nucleoprotein likely regulates the assembly of helical nucleocapsids, and the C-terminal arm may be relevant for the transition between the dense and hyperdense states of helical nucleocapsids. Our results provide the molecular mechanism for structural plasticity among different MuV nucleocapsids and create a possible link between structural plasticity and genome condensation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31368.map.gz | 275.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31368-v30.xml emd-31368.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31368_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31368.png | 237 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31368 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31368_validation.pdf.gz | 408.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31368_full_validation.pdf.gz | 407.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31368_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31368_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31368 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dense nucleocapsid of Mumps virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Condensed Mumps virus nucleocapsid
全体 | 名称: Condensed Mumps virus nucleocapsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Condensed Mumps virus nucleocapsid
超分子 | 名称: Condensed Mumps virus nucleocapsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mumps rubulavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b |
-分子 #1: mumps virus N protein
分子 | 名称: mumps virus N protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mumps rubulavirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHR VGALITLFSL PSAGMQNHIR LADRSPEAQI ERCEIDGFEP GTYRLIPNAR A NLTANEIA AYALLADDLP PTINNGTPYV HADVEGQPCD EIEQFLDRCY ...文字列: MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHR VGALITLFSL PSAGMQNHIR LADRSPEAQI ERCEIDGFEP GTYRLIPNAR A NLTANEIA AYALLADDLP PTINNGTPYV HADVEGQPCD EIEQFLDRCY SVLIQAWVMV CK CMTAYDQ PAGSADRRFA KYQQQGRLEA RYMLQPEAQR LIQTAIRKSL VVRQYLTFEL QLA RRQGLL SNRYYAMVGD IGKYIENSGL TAFFLTLKYA LGTKWSPLSL AAFTGELTKL RSLM MLYRG LGEQARYLAL LEAPQIMDFA PGGYPLIFSY AMGVGTVLDV QMRNYTYARP FLNGY YFQI GVETARRQQG TVDNRVADDL GLTPEQRTEV TQLVDRLARG RGAGIPGGPV NPFVPP VQQ QQPAAVYEDI PALEESDDDG DEDGGAGFQN GVQLPAVRQG GQTDFRAQPL QDPIQAQ LF MPLYPQVSNM PNNQNHQINR IGGLEHQDLL RYNENGDSQQ DARGEHVNTF PNNPNQNA Q LQVGDWDE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |