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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31336 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM map of U2 snRNP in PRP5 alpha2 region | |||||||||
マップデータ | The EM map of U2 snRNP in Prp5 alpha2 region | |||||||||
試料 |
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キーワード | U2 snRNP / PRP5 / SF3B1 / Splicing | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Zhan X / Shi Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome 著者: Zhang X / Zhan X / Bian T / Yang F / Li P / Lu Y / Xing Z / Fan R / Zhang QC / Shi Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31336.map.gz | 116.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31336-v30.xml emd-31336.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31336.png | 51.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31336.cif.gz | 3.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31336 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31336_validation.pdf.gz | 527 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31336_full_validation.pdf.gz | 526.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31336_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31336_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The EM map of U2 snRNP in Prp5 alpha2 region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The human U2 snRNP
全体 | 名称: The human U2 snRNP |
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要素 |
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-超分子 #1: The human U2 snRNP
超分子 | 名称: The human U2 snRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model from CryoSparc |
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最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 204105 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |