[日本語] English
万見
- EMDB-3128: Structure of a cross-beta amyloid fibril from IGSNVVTWYQQL peptid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3128
タイトルStructure of a cross-beta amyloid fibril from IGSNVVTWYQQL peptide of AL-DIA immunoglobulin light chain by cryo-EM and fiber diffraction
マップデータReconstruction morphology 1 of a left-handed amyloid-like fibril of the IGSNVVTWYQQL fragment of an immunoglobulin light chain
試料
  • 試料: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin Light Chain
キーワードAL amyloidosis / cryo electron microscopy / steric zipper / three dimensional reconstruction
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Schmidt A / Annamalai K / Schmidt M / Grigorieff N / Fandrich M
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM reveals the steric zipper structure of a light chain-derived amyloid fibril.
著者: Andreas Schmidt / Karthikeyan Annamalai / Matthias Schmidt / Nikolaus Grigorieff / Marcus Fändrich /
要旨: Amyloid fibrils are proteinaceous aggregates associated with diseases in humans and animals. The fibrils are defined by intermolecular interactions between the fibril-forming polypeptide chains, but ...Amyloid fibrils are proteinaceous aggregates associated with diseases in humans and animals. The fibrils are defined by intermolecular interactions between the fibril-forming polypeptide chains, but it has so far remained difficult to reveal the assembly of the peptide subunits in a full-scale fibril. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM), we present a reconstruction of a fibril formed from the pathogenic core of an amyloidogenic immunoglobulin (Ig) light chain. The fibril density shows a lattice-like assembly of face-to-face packed peptide dimers that corresponds to the structure of steric zippers in peptide crystals. Interpretation of the density map with a molecular model enabled us to identify the intermolecular interactions between the peptides and rationalize the hierarchical structure of the fibril based on simple chemical principles.
履歴
登録2015年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月16日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2016年6月15日-
現状2016年6月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3128.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction morphology 1 of a left-handed amyloid-like fibril of the IGSNVVTWYQQL fragment of an immunoglobulin light chain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.11 Å/pix.
x 160 pix.
= 337.6 Å		2.11 Å/pix.
x 70 pix.
= 147.7 Å		2.11 Å/pix.
x 70 pix.
= 147.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.85 / ムービー #1: 0.85
最小 - 最大-1968.878540039999962 - 8991.770507810000709
平均 (標準偏差)1234.688354489999938 (±2857.944335940000201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-35-35-80
サイズ7070160
Spacing7070160
セルA: 147.7 Å / B: 147.7 Å / C: 337.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.112.112.11
M x/y/z7070160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z147.700147.700337.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-35-35-80
NC/NR/NS7070160
D min/max/mean-1968.8798991.7711234.688

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...

全体名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient
要素
  • 試料: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin Light Chain

-
超分子 #1000: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...

超分子名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample forms long amyloid-like fibrils. / Number unique components: 1

-
分子 #1: Immunoglobulin Light Chain

分子名称: Immunoglobulin Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood / 細胞: Plasma Cell / 細胞中の位置: extracellular

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-HCL
グリッド詳細: C-flat 1.2/1.3-2C 400 mesh grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: Incubation of 0.014 mg/ml fibril solution on glow discharged holey carbon grid for 30 seconds and backside blotting for 4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
日付2012年11月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
実像数: 10 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66350.7 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.69 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 1.464 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealix
詳細: Final map was calculated from eleven single fibril reconstructions.
CTF補正詳細: Defocus estimated for each helical subunit
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る