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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3128 | |||||||||
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タイトル | Structure of a cross-beta amyloid fibril from IGSNVVTWYQQL peptide of AL-DIA immunoglobulin light chain by cryo-EM and fiber diffraction | |||||||||
マップデータ | Reconstruction morphology 1 of a left-handed amyloid-like fibril of the IGSNVVTWYQQL fragment of an immunoglobulin light chain | |||||||||
試料 |
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キーワード | AL amyloidosis / cryo electron microscopy / steric zipper / three dimensional reconstruction | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmidt A / Annamalai K / Schmidt M / Grigorieff N / Fandrich M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM reveals the steric zipper structure of a light chain-derived amyloid fibril. 著者: Andreas Schmidt / Karthikeyan Annamalai / Matthias Schmidt / Nikolaus Grigorieff / Marcus Fändrich / 要旨: Amyloid fibrils are proteinaceous aggregates associated with diseases in humans and animals. The fibrils are defined by intermolecular interactions between the fibril-forming polypeptide chains, but ...Amyloid fibrils are proteinaceous aggregates associated with diseases in humans and animals. The fibrils are defined by intermolecular interactions between the fibril-forming polypeptide chains, but it has so far remained difficult to reveal the assembly of the peptide subunits in a full-scale fibril. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM), we present a reconstruction of a fibril formed from the pathogenic core of an amyloidogenic immunoglobulin (Ig) light chain. The fibril density shows a lattice-like assembly of face-to-face packed peptide dimers that corresponds to the structure of steric zippers in peptide crystals. Interpretation of the density map with a molecular model enabled us to identify the intermolecular interactions between the peptides and rationalize the hierarchical structure of the fibril based on simple chemical principles. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3128.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3128-v30.xml emd-3128.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3128_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3128.png | 16.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3128 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3128_validation.pdf.gz | 219.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3128_full_validation.pdf.gz | 218.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3128_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3128 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction morphology 1 of a left-handed amyloid-like fibril of the IGSNVVTWYQQL fragment of an immunoglobulin light chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...
全体 | 名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient |
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要素 |
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-超分子 #1000: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...
超分子 | 名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of Human AL Patient タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample forms long amyloid-like fibrils. / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Immunoglobulin Light Chain
分子 | 名称: Immunoglobulin Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood / 細胞: Plasma Cell / 細胞中の位置: extracellular |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 5.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-HCL |
グリッド | 詳細: C-flat 1.2/1.3-2C 400 mesh grids, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 手法: Incubation of 0.014 mg/ml fibril solution on glow discharged holey carbon grid for 30 seconds and backside blotting for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 100 K |
日付 | 2012年11月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 実像数: 10 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 66350.7 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |