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万見
- EMDB-31248: recombinant Alfalfa Mosaic virus coat protein virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31248
タイトルrecombinant Alfalfa Mosaic virus coat protein virus-like particle (rAMV-CP VLP)
マップデータAlfafa Mosaic virus-like protein T=1
試料Alfalfa mosaic virus != Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison)

Alfalfa mosaic virus

  • ウイルス: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: water
キーワードalfalfa mosaic virus / virus-like particle / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Coat protein, Ilarvirus / Ilarvirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jeong H / Lee S
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021
タイトル: Characterization of alfalfa mosaic virus capsid protein using Cryo-EM.
著者: Hyeongseop Jeong / Youngmin Park / Sooji Song / Kyungmin Min / Jae-Sung Woo / Young-Ho Lee / Eun-Ju Sohn / Sangmin Lee /
要旨: VLPs are virus-like particles that comprise viral capsid proteins that can self-assemble and mimic the shape and size of real viral particles; however, because they do not contain genetic material ...VLPs are virus-like particles that comprise viral capsid proteins that can self-assemble and mimic the shape and size of real viral particles; however, because they do not contain genetic material they cannot infect host cells. VLPs have great potential as safe drug/vehicle candidates; therefore, they are gaining popularity in the field of preventive medicine and therapeutics. Indeed, extensive studies are underway to examine their role as carriers for immunization and as vehicles for delivery of therapeutic agents. Here, we examined the possibility of developing VLP-utilizing technology based on an efficient VLP production process and high-resolution structural analysis. Nicotiana benthamiana was used as an expression platform to produce the coat protein of the alfalfa mosaic virus (AMV-CP). About 250 mg/kg of rAMV-CP was produced from Nicotiana benthamiana leaves. Structural analysis revealed that the oligomeric status of rAMV-CP changed according to the composition and pH of the buffer. Size exclusion chromatography and electron microscopy analysis confirmed the optimal conditions for rAMV-CP VLP formation, and a 2.4 Å resolution structure was confirmed by cryo-EM analysis. Based on the efficient protein production, VLP manufacturing technology, and high-resolution structure presented herein, we suggest that rAMV-CP VLP is a useful platform for development of various new drugs.
履歴
登録2021年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7epp
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7epp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Alfafa Mosaic virus-like protein T=1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 512 pix.
= 442.88 Å		0.87 Å/pix.
x 512 pix.
= 442.88 Å		0.87 Å/pix.
x 512 pix.
= 442.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.865 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-5.93979 - 10.806115
平均 (標準偏差)-0.0022667055 (±0.27979898)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 442.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8650.8650.865
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z442.880442.880442.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-5.94010.806-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Alfalfa mosaic virus

全体名称: Alfalfa mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison)

超分子名称: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12323
生物種: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison)
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alfalfa mosaic virus (strain 425 / isolate Madison) (ウイルス)
分子量理論値: 28.373334 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: CMQVWPPIGK KKFETLSYLP DLTGSMSSSQ KKAGGKAGKP TKRSQNYAAL RKAQLPKPPA LKVPVVKPTN TILPQTGCVW QSLGTPLSL SSFNGLGVRF LYSFLKDFAG PRILEEDLIY RMVFSITPSY AGTFCLTDDV TTEDGRAVAH GNPMQEFPHG A FHANEKFG ...文字列:
CMQVWPPIGK KKFETLSYLP DLTGSMSSSQ KKAGGKAGKP TKRSQNYAAL RKAQLPKPPA LKVPVVKPTN TILPQTGCVW QSLGTPLSL SSFNGLGVRF LYSFLKDFAG PRILEEDLIY RMVFSITPSY AGTFCLTDDV TTEDGRAVAH GNPMQEFPHG A FHANEKFG FELVFTAPTH AGMQNQNFKH SYAVALCLDF DAQPEGSKNP SYRFNEVWVE RKAFPRAGPL RSLITVGLLD EA DDLDRHP RGHHHHHH

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 279755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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