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- EMDB-31223: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31223
タイトルFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGMEN ANTIBODY C4
マップデータ
試料
  • 複合体: FMDV-OTi-C4
    • 複合体: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP1
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP2
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP3
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP4
    • 複合体: C4 scFv
      • タンパク質・ペプチド: Ig heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: Ig lamda chain variable region
キーワードFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig lamda chain variable region / Ig heavy chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者He Y / Li K
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Two Cross-Protective Antigen Sites on Foot-and-Mouth Disease Virus Serotype O Structurally Revealed by Broadly Neutralizing Antibodies from Cattle.
著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Sheng Wang / Pu Sun / Huifang Bao / Yimei Cao / Xuerong Liu / Guoqiang Zhu / Yali Song / Xingwen Bai / Xueqing Ma / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Jing ...著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Sheng Wang / Pu Sun / Huifang Bao / Yimei Cao / Xuerong Liu / Guoqiang Zhu / Yali Song / Xingwen Bai / Xueqing Ma / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Jing Zhang / Jian Wang / Yingli Chen / Dong Li / Zhiyong Lou / Zaixin Liu / Zengjun Lu /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is a highly contagious virus that infects cloven-hoofed animals. Neutralizing antibodies play critical roles in antiviral infection. Although five known antigen ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is a highly contagious virus that infects cloven-hoofed animals. Neutralizing antibodies play critical roles in antiviral infection. Although five known antigen sites that induce neutralizing antibodies have been defined, studies on cross-protective antigen sites are still scarce. We mapped two cross-protective antigen sites using 13 bovine-derived broadly neutralizing monoclonal antibodies (bnAbs) capable of neutralizing 4 lineages within 3 topotypes of FMDV serotype O. One antigen site was formed by a novel cluster of VP3-focused epitopes recognized by bnAb C4 and C4-like antibodies. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the FMDV-OTi (O/Tibet/99)-C4 complex showed close contact with VP3 and a novel interprotomer antigen epitope around the icosahedral 3-fold axis of the FMDV particle, which is far beyond the known antigen site 4. The key determinants of the neutralizing function of C4 and C4-like antibodies on the capsid were βB (T65), the B-C loop (T68), the E-F loop (E131 and K134), and the H-I loop (G196), revealing a novel antigen site on VP3. The other antigen site comprised two group epitopes on VP2 recognized by 9 bnAbs (B57, B73, B77, B82, F28, F145, F150, E46, and E54), which belong to the known antigen site 2 of FMDV serotype O. Notably, bnAb C4 potently promoted FMDV RNA release in response to damage to viral particles, suggesting that the targeted epitope contains a trigger mechanism for particle disassembly. This study revealed two cross-protective antigen sites that can elicit cross-reactive neutralizing antibodies in cattle and provided new structural information for the design of a broad-spectrum molecular vaccine against FMDV serotype O. FMDV is the causative agent of foot-and-mouth disease (FMD), which is one of the most contagious and economically devastating diseases of domestic animals. The antigenic structure of FMDV serotype O is rather complicated, especially for those sites that can elicit a cross-protective neutralizing antibody response. Monoclonal neutralization antibodies provide both crucial defense components against FMDV infection and valuable tools for fine analysis of the antigenic structure. In this study, we found a cluster of novel VP3-focused epitopes using 13 bnAbs against FMDV serotype O from natural host cattle, which revealed two cross-protective antigen sites on VP2 and VP3. Antibody C4 targeting this novel epitope potently promoted viral particle disassembly and RNA release before infection, which may indicate a vulnerable region of FMDV. This study reveals new structural information about cross-protective antigen sites of FMDV serotype O, providing valuable and strong support for future research on broad-spectrum vaccines against FMD.
履歴
登録2021年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eo0
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7eo0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31223.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.08626129 - 0.12984553
平均 (標準偏差)0.0012814581 (±0.008495394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-239-239-239
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 446.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.930.930.93
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z446.400446.400446.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-239-239-239
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0860.1300.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FMDV-OTi-C4

全体名称: FMDV-OTi-C4
要素
  • 複合体: FMDV-OTi-C4
    • 複合体: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP1
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP2
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP3
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP4
    • 複合体: C4 scFv
      • タンパク質・ペプチド: Ig heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: Ig lamda chain variable region

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超分子 #1: FMDV-OTi-C4

超分子名称: FMDV-OTi-C4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99

超分子名称: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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超分子 #3: C4 scFv

超分子名称: C4 scFv / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: O/TIBET/99 VP1

分子名称: O/TIBET/99 VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.524781 KDa
配列文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGNCKYGES PVTNARGDLQ VLAQKAARAL P TSFNYGAI ...文字列:
TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGNCKYGES PVTNARGDLQ VLAQKAARAL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAIHPSE ARHKQKIVAP VKQLL

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分子 #2: O/TIBET/99 VP2

分子名称: O/TIBET/99 VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.338387 KDa
配列文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDPFGRCYQ LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSIDKRGLYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDPFGRCYQ LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSIDKRGLYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY DQYKVHKPWT LVVMVVAPLT VNTEGAPQIK VYANIAPTNV HVAGEFPSKE

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分子 #3: O/TIBET/99 VP3

分子名称: O/TIBET/99 VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.875801 KDa
配列文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLHFEGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列:
GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLHFEGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDAAETT NVQGWVCLFQ ITHGKADGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR TQ

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分子 #4: O/TIBET/99 VP4

分子名称: O/TIBET/99 VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 8.778129 KDa
配列文字列:
GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA

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分子 #5: Ig heavy chain variable region

分子名称: Ig heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.914535 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
QVQLRESGPS LVKPSQTLFL TCTVSGFSLT SYSVNWVRQT PGKMLECLGG IATSGSTGYN PVLKSRLRIT KDNSKSQVSL SVSNVTPED TATYYCAKWS SRGGYDCGVH SSDYSYLDAW GQGLLVTVSS

UniProtKB: Ig heavy chain variable region

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分子 #6: Ig lamda chain variable region

分子名称: Ig lamda chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 12.79488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
WAQAVLTQPS SVSASLGQRV SITCSGSSSN IGRYGATWYQ QVPGSGLRTI IYGSSRRPSG VPDRFSGSKS GNTVTLTISS LQPEDEADY FCAAYDISTN AVFGSGTTLT LLGDYKDDDD KGG

UniProtKB: Ig lamda chain variable region

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14458
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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