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万見
- EMDB-3117: A Spiral Scaffold Underlies Cytoadherent Knobs in Plasmodium falc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3117
タイトルA Spiral Scaffold Underlies Cytoadherent Knobs in Plasmodium falciparum-Infected Erythrocytes
マップデータCryo-tomogram of uninfected erythrocyte skeleton
試料
  • 試料: Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte
  • 細胞器官・細胞要素: cytoskeleton
キーワードmalaria / Plasmodium / knobs / cytoadherence / KAHRP / erythrocyte / skeleton / schizont / blood
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Watermeyer JM / Hale VL / Hackett F / Clare DK / Cutts EE / Vakonakis I / Fleck RA / Blackman MJ / Saibil HR
引用ジャーナル: Blood / 年: 2016
タイトル: A spiral scaffold underlies cytoadherent knobs in Plasmodium falciparum-infected erythrocytes.
著者: Jean M Watermeyer / Victoria L Hale / Fiona Hackett / Daniel K Clare / Erin E Cutts / Ioannis Vakonakis / Roland A Fleck / Michael J Blackman / Helen R Saibil /
要旨: Much of the virulence of Plasmodium falciparum malaria is caused by cytoadherence of infected erythrocytes, which promotes parasite survival by preventing clearance in the spleen. Adherence is ...Much of the virulence of Plasmodium falciparum malaria is caused by cytoadherence of infected erythrocytes, which promotes parasite survival by preventing clearance in the spleen. Adherence is mediated by membrane protrusions known as knobs, whose formation depends on the parasite-derived, knob-associated histidine-rich protein (KAHRP). Knobs are required for cytoadherence under flow conditions, and they contain both KAHRP and the parasite-derived erythrocyte membrane protein PfEMP1. Using electron tomography, we have examined the 3-dimensional structure of knobs in detergent-insoluble skeletons of P falciparum 3D7 schizonts. We describe a highly organized knob skeleton composed of a spiral structure coated by an electron-dense layer underlying the knob membrane. This knob skeleton is connected by multiple links to the erythrocyte cytoskeleton. We used immuno-electron microscopy (EM) to locate KAHRP in these structures. The arrangement of membrane proteins in the knobs, visualized by high-resolution freeze-fracture scanning EM, is distinct from that in the surrounding erythrocyte membrane, with a structure at the apex that likely represents the adhesion site. Thus, erythrocyte knobs in P falciparum infection contain a highly organized skeleton structure underlying a specialized region of membrane. We propose that the spiral and dense coat organize the cytoadherence structures in the knob, and anchor them into the erythrocyte cytoskeleton. The high density of knobs and their extensive mechanical linkage suggest an explanation for the rigidification of the cytoskeleton in infected cells, and for the transmission to the cytoskeleton of shear forces experienced by adhering cells.
履歴
登録2015年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月26日-
マップ公開2015年12月23日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3117.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-tomogram of uninfected erythrocyte skeleton
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.78 Å/pix.
x 157 pix.
= 1692.46 Å		10.78 Å/pix.
x 1920 pix.
= 20697.6 Å		10.78 Å/pix.
x 1856 pix.
= 20007.68 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大128.0 - 31482.0
平均 (標準偏差)17113.0859375 (±1126.851928710000038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0065
サイズ19201856157
Spacing19201856157
セルA: 20007.68 Å / B: 20697.6 Å / C: 1692.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z10.7810.7810.78
M x/y/z18561920157
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z20007.68020697.6001692.460
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0065
NC/NR/NS18561920157
D min/max/mean128.00031482.00017113.086

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte

全体名称: Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte
要素
  • 試料: Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte
  • 細胞器官・細胞要素: cytoskeleton

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超分子 #1000: Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte

超分子名称: Detergent-insoluble skeleton of human erythrocyte / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: cytoskeleton

超分子名称: cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: blood / 細胞: erythrocyte / 細胞中の位置: cytoskeleton

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: 300 mesh gold Quantifoil grid R3.5/1
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum
詳細counting mode
日付2015年5月5日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 110 e/Å2
詳細: Images were the average of 20 subframes recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61
CTF補正詳細: each image

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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