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- EMDB-31077: Structure of Rift Valley fever virus RNA-dependent RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31077
タイトルStructure of Rift Valley fever virus RNA-dependent RNA polymerase
マップデータ
試料
  • 複合体: Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery
    • タンパク質・ペプチド: Replicase
キーワードPolymerase / Complex / Replicate / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity ...nucleoside binding / host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, phlebovirus / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) / Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang X / Hu CX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Structure of Rift Valley Fever Virus RNA-Dependent RNA Polymerase.
著者: Xue Wang / Cuixia Hu / Wei Ye / Jia Wang / Xiaofei Dong / Jie Xu / Xiaorong Li / Manfeng Zhang / Hongyun Lu / Fanglin Zhang / Wei Wu / Shaodong Dai / Hong-Wei Wang / Zhongzhou Chen /
要旨: Rift Valley fever virus (RVFV) belongs to the order and is the type species of genus , which accounts for over 50% of family species. RVFV is mosquito-borne and causes severe diseases in both ...Rift Valley fever virus (RVFV) belongs to the order and is the type species of genus , which accounts for over 50% of family species. RVFV is mosquito-borne and causes severe diseases in both humans and livestock, and consists of three segments (S, M, L) in the genome. The L segment encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp, L protein) that is responsible for facilitating the replication and transcription of the virus. It is essential for the virus and has multiple drug targets. Here, we established an expression system and purification procedures for full-length L protein, which is composed of an endonuclease domain, RdRp domain, and cap-binding domain. A cryo-EM L protein structure was reported at 3.6 Å resolution. In this first L protein structure of genus , the priming loop of RVFV L protein is distinctly different from those of other L proteins and undergoes large movements related to its replication role. Structural and biochemical analyses indicate that a single template can induce initiation of RNA synthesis, which is notably enhanced by 5' viral RNA. These findings help advance our understanding of the mechanism of RNA synthesis and provide an important basis for developing antiviral inhibitors. The zoonosis RVF virus (RVFV) is one of the most serious arbovirus threats to both human and animal health. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is a multifunctional enzyme catalyzing genome replication as well as viral transcription, so the RdRp is essential for studying the virus and has multiple drug targets. In our study, we report the structure of RVFV L protein at 3.6 Å resolution by cryo-EM. This is the first L protein structure of genus . Strikingly, a single template can initiate RNA replication. The structure and assays provide a comprehensive and in-depth understanding of the catalytic and substrate recognition mechanism of RdRp.
履歴
登録2021年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eei
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31077.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 172.8 Å		1.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 172.8 Å		1.08 Å/pix.
x 160 pix.
= 172.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.05007629 - 0.097795956
平均 (標準偏差)0.0005041874 (±0.0043277643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 172.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z172.800172.800172.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0500.0980.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery

全体名称: Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery
要素
  • 複合体: Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery
    • タンパク質・ペプチド: Replicase

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超分子 #1: Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery

超分子名称: Structural insights into Rift Valley fever virus replication machinery
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 238 KDa

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分子 #1: Replicase

分子名称: Replicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 202.260734 KDa
組換発現生物種: Pichia aff. alni PL5W1 (菌類)
配列文字列: GKTERELLAM VSSIQINWSV TESVFPPFSR EMFDRFRSSP PDSEYITRIV SRCLINSQEK LINSSFFAEG NDKALRFSKN AEECSLAVE RALNQYRAED NLRDLNDHSS TIQLPPWLSY HDVDGKDLCP LQGLDVRGDH PMCNLWREVV TSANLEEIER M HDDAAAEL ...文字列:
GKTERELLAM VSSIQINWSV TESVFPPFSR EMFDRFRSSP PDSEYITRIV SRCLINSQEK LINSSFFAEG NDKALRFSKN AEECSLAVE RALNQYRAED NLRDLNDHSS TIQLPPWLSY HDVDGKDLCP LQGLDVRGDH PMCNLWREVV TSANLEEIER M HDDAAAEL EFALSGVKDR PDERNRYHRV HLNMGSDDSV YIAALGVNGK KHKADTLVQQ MRDRSKQPFS PDHDVDHISE FL SACSSDL WATDEDLYNP LSCDKELRLA AQRIHQPSLS ERGFNEIITE HYKFMGSRIG SWCQMVSLIG AELSASVKQH VKP NYFVIK RLLGSGIFLL IKPTSSKSHI FVSFAIKRSC WAFDLSTSRV FKPYIDAGDL LVTDFVSYKL SKLTNLCKCV SLME SSFSF WAEAFGIPSW NFVGDLFRSS DSAAMDASYM GKLSLLTLLE DKAATEELQT IARYIIMEGF VSPPEIPKPH KMTSK FPKV LRSELQVYLL NCLCRTIQRI AGEPFILKKK DGSISWGGMF NPFSGRPLLD MQPLISCCYN GYFKNKEEET EPSSLS GMY KKIIELEHLR PQSDAFLGYK DPELPRMHEF SVSYLKEACN HAKLVLRSLY GQNFMEQIDN QIIRELSGLT LERLATL KA TSNFNENWYV YKDVADKNYT RDKLLVKMSK YASEGKSLAI QKFEDCMRQI ESQGCMHICL FKKQQHGGLR EIYVMGAE E RIVQSVVETI ARSIGKFFAS DTLCNPPNKV KIPETHGIRA RKQCKGPVWT CATSDDARKW NQGHFVTKFA LMLCEFTSP KWWPLIIRGC SMFTRKRMMM NLNYLKILDG HRELDIRDDF VMDLFKAYHG EAEVPWAFKG KTYLETTTGM MQGILHYTSS LLHTIHQEY IRSLSFKIFN LKVAPEMSKG LVCDMMQGSD DSSMLISFPA DDEKVLTRCK VAAAICFRMK KELGVYLAIY P SEKSTANT DFVMEYNSEF YFHTQHVRPT IRWIAACCSL PEVETLVARQ EEASNLMTSV TEGGGSFSLA AMIQQAQCTL HY MLMGMGV SELFLEYKKA VLKWNDPGLG FFLLDNPYAC GLGGFRFNLF KAITRTDLQK LYAFFMKKVK GSAARDWADE DVT IPETCS VSPGGALILS SSLKWGSRKK FQKLRDRLNI PENWIELINE NPEVLYRAPR TGPEILLRIA EKVHSPGVVS SLSS GNAVC KVMASAVYFL SATIFEDTGR PEFNFLEDSK YSLLQKMAAY SGFHGFNDME PEDILFLFPN IEELESLDSI VYNKG EIDI IPRVNIRDAT QTRVTIFNEQ KTLRTSPEKL VSDKWFGTQK SRIGKTTFLA EWEKLKKIVK WLEDTPEATL AHTPLN NHI QVRNFFARME SKPRTVRITG APVKKRSGVS KIAMVIRDNF SRMGHLRGVE DLAGFTRSVS AEILKHFLFC ILQGPYS ES YKLQLIYRVL SSVSNVEIKE SDGKTKTNLI GILQRFLDGD HVVPIIEEMG AGTVGGFIKR QQSKVVQNKV VYYGVGIW R GFMDGYQVHL EIENDIGQPP RLRNVTTNCQ SSPWDLSIPI RQWAEDMGVT NNQDYSSKSS RGARYWMHSF RMQGPSKPF GCPVYIIKGD MSDVIRLRKE EVEMKVRGST LNLYTKHHSH QDLHILSYTA SDNDLSPGIF KSISDEGVAQ ALQLFEREPS NCWVRCESV APKFISAILE ICEGKRQIRG INRTRLSEIV RICSESSLRS KVGSMFSFVA NVEEAHDVDY DALMDLMIED A KNNAFSHV VDCIELDV

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 554102
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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