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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30939 | |||||||||
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タイトル | Lamprey serum virus-like lectin-LSVL | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / carbohydrate binding / Serum lectin 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lethenteron camtschaticum (魚類) / Japanese lamprey (魚類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Peng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of lamprey serum virus-like lectin with high binding capacity, involved in initiation and regulation of innate immunity 著者: Qingwei L / Peng Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30939.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30939-v30.xml emd-30939.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30939.png | 57.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30939 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30939_validation.pdf.gz | 411.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30939_full_validation.pdf.gz | 410.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30939_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30939_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30939 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7e1eMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : lamprey serum virus-like lectin-LSVL
全体 | 名称: lamprey serum virus-like lectin-LSVL |
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要素 |
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-超分子 #1: lamprey serum virus-like lectin-LSVL
超分子 | 名称: lamprey serum virus-like lectin-LSVL / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Lethenteron camtschaticum (魚類) |
-分子 #1: Serum lectin
分子 | 名称: Serum lectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Japanese lamprey (魚類) |
分子量 | 理論値: 36.481047 KDa |
配列 | 文字列: MEASRLLLLL LLPLLLLFCN SVAAACSCTD SCSDAKESES KCGCKHEEET KQLPRSCKEI KLKTKTKEDG VYCLQTKSGQ FYQAFCDMN TNGGGWTLVA SVHENNIAAK CAIGDRWSSQ LGSNPAVGFV DGDRSWANLN TFGRVESATD DDYKNPGYFD V DAEDISVW ...文字列: MEASRLLLLL LLPLLLLFCN SVAAACSCTD SCSDAKESES KCGCKHEEET KQLPRSCKEI KLKTKTKEDG VYCLQTKSGQ FYQAFCDMN TNGGGWTLVA SVHENNIAAK CAIGDRWSSQ LGSNPAVGFV DGDRSWANLN TFGRVESATD DDYKNPGYFD V DAEDISVW HVPNGTPLAQ WKISSIFRYH TATEFLTPLG GNLYFLYKIF YPLVYGSGTC PASNGPAIPI VYDFGNTISV AS QVCPACL GGTLQGYVHL RVFNNERAPF ALCSGLRVLD NCNTEHYCIG GAGYVPEQTP RQCGDFSAFD WSGIGTHVEW SAS KSLLEA AVFIFYR |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225296 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |