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- EMDB-30918: SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30918
タイトルSARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody (8D2)-2
マップデータSARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody
試料
  • 複合体: Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody (8D2)-2
    • 複合体: SARS-CoV2 spike protein
    • 複合体: Fab fragment of enhancing antibodyb 8D2
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Liu Y / Soh WT / Kishikawa J / Hirose M / Kato T / Okada M / Arase H
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19fk0108161 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20nf0101623 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20nk0101602 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101108 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP19H04808 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05279 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H03478 日本
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein targeted by antibodies.
著者: Yafei Liu / Wai Tuck Soh / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Emi E Nakayama / Songling Li / Miwa Sasai / Tatsuya Suzuki / Asa Tada / Akemi Arakawa / Sumiko Matsuoka / Kanako Akamatsu / ...著者: Yafei Liu / Wai Tuck Soh / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Emi E Nakayama / Songling Li / Miwa Sasai / Tatsuya Suzuki / Asa Tada / Akemi Arakawa / Sumiko Matsuoka / Kanako Akamatsu / Makoto Matsuda / Chikako Ono / Shiho Torii / Kazuki Kishida / Hui Jin / Wataru Nakai / Noriko Arase / Atsushi Nakagawa / Maki Matsumoto / Yukoh Nakazaki / Yasuhiro Shindo / Masako Kohyama / Keisuke Tomii / Koichiro Ohmura / Shiro Ohshima / Toru Okamoto / Masahiro Yamamoto / Hironori Nakagami / Yoshiharu Matsuura / Atsushi Nakagawa / Takayuki Kato / Masato Okada / Daron M Standley / Tatsuo Shioda / Hisashi Arase /
要旨: Antibodies against the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein prevent SARS-CoV-2 infection. However, the effects of antibodies against other spike protein domains are largely ...Antibodies against the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein prevent SARS-CoV-2 infection. However, the effects of antibodies against other spike protein domains are largely unknown. Here, we screened a series of anti-spike monoclonal antibodies from coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients and found that some of antibodies against the N-terminal domain (NTD) induced the open conformation of RBD and thus enhanced the binding capacity of the spike protein to ACE2 and infectivity of SARS-CoV-2. Mutational analysis revealed that all of the infectivity-enhancing antibodies recognized a specific site on the NTD. Structural analysis demonstrated that all infectivity-enhancing antibodies bound to NTD in a similar manner. The antibodies against this infectivity-enhancing site were detected at high levels in severe patients. Moreover, we identified antibodies against the infectivity-enhancing site in uninfected donors, albeit at a lower frequency. These findings demonstrate that not only neutralizing antibodies but also enhancing antibodies are produced during SARS-CoV-2 infection.
履歴
登録2021年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dzx
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30918.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 440 pix.
= 387.2 Å		0.88 Å/pix.
x 440 pix.
= 387.2 Å		0.88 Å/pix.
x 440 pix.
= 387.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.32470176 - 0.92930824
平均 (標準偏差)-0.0012914182 (±0.026725741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 387.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.880.880.88
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z387.200387.200387.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-210-210-210
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.3250.929-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30918_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing...

ファイルemd_30918_half_map_1.map
注釈SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing...

ファイルemd_30918_half_map_2.map
注釈SARS-CoV2 spike protein with Fab fragment of enhancing antibody half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing ...

全体名称: Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody (8D2)-2
要素
  • 複合体: Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody (8D2)-2
    • 複合体: SARS-CoV2 spike protein
    • 複合体: Fab fragment of enhancing antibodyb 8D2

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超分子 #1: Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing ...

超分子名称: Spike protein trimer of SARS-CoV2 with Fab fragment of enhancing antibody (8D2)-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293F

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超分子 #2: SARS-CoV2 spike protein

超分子名称: SARS-CoV2 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293F

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超分子 #3: Fab fragment of enhancing antibodyb 8D2

超分子名称: Fab fragment of enhancing antibodyb 8D2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.059 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2135
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1) / 使用した粒子像数: 99745
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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