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- EMDB-30886: Cryo-EM map of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30886
タイトルCryo-EM map of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab at 40 deg C
マップデータCryoEM map of DENV2 strain PVP94/07 in complex with Fab 1C19 at 40 deg C
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab
    • 複合体: Dengue virus 2
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 membrane protein
    • 複合体: human antibody 1C19 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Fibriansah G / Ng TS / Kostyuchenko VA / Shi J / Lok SM
資金援助 シンガポール, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2017NRF-CRP001-027 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI 057157 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: Antibody affinity versus dengue morphology influences neutralization.
著者: Guntur Fibriansah / Elisa X Y Lim / Jan K Marzinek / Thiam-Seng Ng / Joanne L Tan / Roland G Huber / Xin-Ni Lim / Valerie S Y Chew / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Ganesh S Anand / Peter ...著者: Guntur Fibriansah / Elisa X Y Lim / Jan K Marzinek / Thiam-Seng Ng / Joanne L Tan / Roland G Huber / Xin-Ni Lim / Valerie S Y Chew / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Ganesh S Anand / Peter J Bond / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the ...Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the neutralizing properties of a serotype cross-reactive human monoclonal antibody (HMAb) 1C19 for strains with differing morphologies within the DENV1 and DENV2 serotypes. We mapped the 1C19 epitope to E protein domain II by hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, cryoEM and molecular dynamics simulations, revealing that this epitope is likely partially hidden on the virus surface. We showed the antibody has high affinity for binding to recombinant DENV1 E proteins compared to those of DENV2, consistent with its strong neutralizing activities for all DENV1 strains tested regardless of their morphologies. This finding suggests that the antibody could out-compete E-to-E interaction for binding to its epitope. In contrast, for DENV2, HMAb 1C19 can only neutralize when the epitope becomes exposed on the bumpy-surfaced particle. Although HMAb 1C19 is not a suitable therapeutic candidate, this study with HMAb 1C19 shows the importance of choosing a high-affinity antibody that could neutralize diverse dengue virus morphologies for therapeutic purposes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30886.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of DENV2 strain PVP94/07 in complex with Fab 1C19 at 40 deg C
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.7 / ムービー #1: 1.7
最小 - 最大-5.8288817 - 7.0135083
平均 (標準偏差)4.3742387e-09 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 875.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z875.520875.520875.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-5.8297.0140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human ant...

全体名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab
    • 複合体: Dengue virus 2
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 membrane protein
    • 複合体: human antibody 1C19 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain

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超分子 #1: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human ant...

超分子名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 was grown in Aedes albopictus C6/36 cells.
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 株: PVP94/07

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超分子 #2: Dengue virus 2

超分子名称: Dengue virus 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07

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超分子 #3: human antibody 1C19 Fab

超分子名称: human antibody 1C19 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 / 詳細: human antibody

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分子 #1: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 envelope protein

分子名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 envelope protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 株: PVP94/07
配列文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKRF VCKHSMVDRG WGNGCGLFGK GGIVTCAMFT CKKNMEGKVV QPENLEYTIV ITPHSGEENA VGNDTGKHGK EIKVTPQSSI ...文字列:
MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKRF VCKHSMVDRG WGNGCGLFGK GGIVTCAMFT CKKNMEGKVV QPENLEYTIV ITPHSGEENA VGNDTGKHGK EIKVTPQSSI TEAELTGYGT VTMECSPRTG LDFNEMVLLQ MENKAWLVHR QWFLDLPLPW LPGADTQGSN WIQKETLVTF KNPHAKKQDV VVLGSQEGAM HTALTGATEI QMSSGNLLFT GHLKCRLRMD KLQLKGMSYS MCTGKFKVVK EIAETQHGTI VIRVQYEGDG SPCKIPFEIM DLEKRHVLGR LITVNPIVTE KDSPVNIEAE PPFGDSYIII GVEPGQLKLS WFKKGSSIGQ MFETTMRGAK RMAILGDTAW DFGSLGGVFT SIGKALHQVF GAIYGAAFSG VSWTMKILIG VVITWIGMNS RSTSLSVSLV LVGVVTLYLG VMVQA

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分子 #2: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 membrane protein

分子名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 membrane protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 株: PVP94/07
配列文字列:
SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHAQ RIETWILRHP GFTIMAAILA YTIGTTYFQR VLIFILLTAV TP

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分子 #3: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain

分子名称: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFIFS NYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSDKRY ADSVRGRFT ISRDNSKNTL FLQVTSLRAE DTAVYYCAKE LSGYDPGFEY WGQGTPVTVS S

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分子 #4: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain

分子名称: Anti-dengue virus human monoclonal antibody 1C19 Fab light chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIN TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGT EFTLTISSLQ PDDFATYYCQ QYESYATFGQ GTKVDIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The purified virus was incubated with Fab 1C19 at 40 deg C for 30 min with a molar ratio of one Fab for every E-protein and followed by incubation at 4 deg C for 2 h.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 37568
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: CryoEM map of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 at 29 deg C
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA / 使用した粒子像数: 15360
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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