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万見
- EMDB-30851: Voltage-gated sodium channel Nav1.1 and beta4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30851
タイトルVoltage-gated sodium channel Nav1.1 and beta4
マップデータvoltage-gated sodium channel
試料
  • 複合体: Voltage-gated sodium channel
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 1 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / membrane depolarization during action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex ...AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / membrane depolarization during action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / sodium channel regulator activity / monoatomic cation channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / establishment of localization in cell / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Z disc / transmembrane transporter binding / nuclear body / axon / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage gated sodium channel, alpha-1 subunit / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain ...Voltage gated sodium channel, alpha-1 subunit / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 1 subunit alpha / Sodium channel subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yan N / Pan X / Li Z / Huang G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500402 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Comparative structural analysis of human Na1.1 and Na1.5 reveals mutational hotspots for sodium channelopathies.
著者: Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Xueqin Jin / Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Xiaoshuang Huang / Zilin Shen / Yong Cao / Mengqiu Dong / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: Among the nine subtypes of human voltage-gated sodium (Na) channels, the brain and cardiac isoforms, Na1.1 and Na1.5, each carry more than 400 missense mutations respectively associated with epilepsy ...Among the nine subtypes of human voltage-gated sodium (Na) channels, the brain and cardiac isoforms, Na1.1 and Na1.5, each carry more than 400 missense mutations respectively associated with epilepsy and cardiac disorders. High-resolution structures are required for structure-function relationship dissection of the disease variants. We report the cryo-EM structures of the full-length human Na1.1-β4 complex at 3.3 Å resolution here and the Na1.5-E1784K variant in the accompanying paper. Up to 341 and 261 disease-related missense mutations in Na1.1 and Na1.5, respectively, are resolved. Comparative structural analysis reveals several clusters of disease mutations that are common to both Na1.1 and Na1.5. Among these, the majority of mutations on the extracellular loops above the pore domain and the supporting segments for the selectivity filter may impair structural integrity, while those on the pore domain and the voltage-sensing domains mostly interfere with electromechanical coupling and fast inactivation. Our systematic structural delineation of these mutations provides important insight into their pathogenic mechanism, which will facilitate the development of precise therapeutic interventions against various sodium channelopathies.
履歴
登録2021年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月7日-
マップ公開2021年4月7日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dtd
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈voltage-gated sodium channel
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08521426 - 0.16246283
平均 (標準偏差)0.0005779475 (±0.005417547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 219.58 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.09791.09791.0979
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z219.580219.580219.580
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0850.1620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Voltage-gated sodium channel

全体名称: Voltage-gated sodium channel
要素
  • 複合体: Voltage-gated sodium channel
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 1 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en

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超分子 #1: Voltage-gated sodium channel

超分子名称: Voltage-gated sodium channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel subunit beta-4

分子名称: Sodium channel subunit beta-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.00098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGAGDGGKA PARWLGTGLL GLFLLPVTLS LEVSVGKATD IYAVNGTEIL LPCTFSSCFG FEDLHFRWTY NSSDAFKILI EGTVKNEKS DPKVTLKDDD RITLVGSTKE KMNNISIVLR DLEFSDTGKY TCHVKNPKEN NLQHHATIFL QVVDRLEEVD N TVTLIILA ...文字列:
MPGAGDGGKA PARWLGTGLL GLFLLPVTLS LEVSVGKATD IYAVNGTEIL LPCTFSSCFG FEDLHFRWTY NSSDAFKILI EGTVKNEKS DPKVTLKDDD RITLVGSTKE KMNNISIVLR DLEFSDTGKY TCHVKNPKEN NLQHHATIFL QVVDRLEEVD N TVTLIILA VVGGVIGLLI LILLIKKLII FILKKTREKK KECLVSSSGN DNTENGLPGS KAEEKPPSKV

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分子 #2: Sodium channel protein type 1 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 233.796141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMEQTVLV PPGPDSFNFF TRESLAAIER RIAEEKAKNP KPDKKDDDE NGPKPNSDLE AGKNLPFIYG DIPPEMVSEP LEDLDPYYIN KKTFIVLNKG KAIFRFSATS ALYILTPFNP L RKIAIKIL ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMEQTVLV PPGPDSFNFF TRESLAAIER RIAEEKAKNP KPDKKDDDE NGPKPNSDLE AGKNLPFIYG DIPPEMVSEP LEDLDPYYIN KKTFIVLNKG KAIFRFSATS ALYILTPFNP L RKIAIKIL VHSLFSMLIM CTILTNCVFM TMSNPPDWTK NVEYTFTGIY TFESLIKIIA RGFCLEDFTF LRDPWNWLDF TV ITFAYVT EFVDLGNVSA LRTFRVLRAL KTISVIPGLK TIVGALIQSV KKLSDVMILT VFCLSVFALI GLQLFMGNLR NKC IQWPPT NASLEEHSIE KNITVNYNGT LINETVFEFD WKSYIQDSRY HYFLEGFLDA LLCGNSSDAG QCPEGYMCVK AGRN PNYGY TSFDTFSWAF LSLFRLMTQD FWENLYQLTL RAAGKTYMIF FVLVIFLGSF YLINLILAVV AMAYEEQNQA TLEEA EQKE AEFQQMIEQL KKQQEAAQQA ATATASEHSR EPSAAGRLSD SSSEASKLSS KSAKERRNRR KKRKQKEQSG GEEKDE DEF QKSESEDSIR RKGFRFSIEG NRLTYEKRYS SPHQSLLSIR GSLFSPRRNS RTSLFSFRGR AKDVGSENDF ADDEHST FE DNESRRDSLF VPRRHGERRN SNLSQTSRSS RMLAVFPANG KMHSTVDCNG VVSLVGGPSV PTSPVGQLLP EVIIDKPA T DDNGTTTETE MRKRRSSSFH VSMDFLEDPS QRQRAMSIAS ILTNTVEELE ESRQKCPPCW YKFSNIFLIW DCSPYWLKV KHVVNLVVMD PFVDLAITIC IVLNTLFMAM EHYPMTDHFN NVLTVGNLVF TGIFTAEMFL KIIAMDPYYY FQEGWNIFDG FIVTLSLVE LGLANVEGLS VLRSFRLLRV FKLAKSWPTL NMLIKIIGNS VGALGNLTLV LAIIVFIFAV VGMQLFGKSY K DCVCKIAS DCQLPRWHMN DFFHSFLIVF RVLCGEWIET MWDCMEVAGQ AMCLTVFMMV MVIGNLVVLN LFLALLLSSF SA DNLAATD DDNEMNNLQI AVDRMHKGVA YVKRKIYEFI QQSFIRKQKI LDEIKPLDDL NNKKDSCMSN HTAEIGKDLD YLK DVNGTT SGIGTGSSVE KYIIDESDYM SFINNPSLTV TVPIAVGESD FENLNTEDFS SESDLEESKE KLNESSSSSE GSTV DIGAP VEEQPVVEPE ETLEPEACFT EGCVQRFKCC QINVEEGRGK QWWNLRRTCF RIVEHNWFET FIVFMILLSS GALAF EDIY IDQRKTIKTM LEYADKVFTY IFILEMLLKW VAYGYQTYFT NAWCWLDFLI VDVSLVSLTA NALGYSELGA IKSLRT LRA LRPLRALSRF EGMRVVVNAL LGAIPSIMNV LLVCLIFWLI FSIMGVNLFA GKFYHCINTT TGDRFDIEDV NNHTDCL KL IERNETARWK NVKVNFDNVG FGYLSLLQVA TFKGWMDIMY AAVDSRNVEL QPKYEESLYM YLYFVIFIIF GSFFTLNL F IGVIIDNFNQ QKKKFGGQDI FMTEEQKKYY NAMKKLGSKK PQKPIPRPGN KFQGMVFDFV TRQVFDISIM ILICLNMVT MMVETDDQSE YVTTILSRIN LVFIVLFTGE CVLKLISLRH YYFTIGWNIF DFVVVILSIV GMFLAELIEK YFVSPTLFRV IRLARIGRI LRLIKGAKGI RTLLFALMMS LPALFNIGLL LFLVMFIYAI FGMSNFAYVK REVGIDDMFN FETFGNSMIC L FQITTSAG WDGLLAPILN SKPPDCDPNK VNPGSSVKGD CGNPSVGIFF FVSYIIISFL VVVNMYIAVI LENFSVATEE SA EPLSEDD FEMFYEVWEK FDPDATQFME FEKLSQFAAA LEPPLNLPQP NKLQLIAMDL PMVSGDRIHC LDILFAFTKR VLG ESGEMD ALRIQMEERF MASNPSKVSY QPITTTLKRK QEEVSAVIIQ RAYRRHLLKR TVKQASFTYN KNKIKGGANL LIKE DMIID RINENSITEK TDLTMSTAAC PPSYDRVTKP IVEKHEQEGK DEKAKGK

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133127
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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