EMDB-30844: FMDV capsid in complex with M8 Nab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30844

タイトル

FMDV capsid in complex with M8 Nab

マップデータ

試料

複合体: FMDV capsid in complex with M8 Nab

生物種

Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Dong H / Liu P

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies.
著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo /

履歴

登録	2021年1月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年3月10日	-
マップ公開	2021年3月10日	-
更新	2022年5月25日	-
現状	2022年5月25日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.02 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（高さに従い着色）表面レベル: 0.02 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30844.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30844.map.gz	27.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30844-v30.xml emd-30844.xml	8.3 KB 8.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30844.png	53.4 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30844	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_30844_validation.pdf.gz	368.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_30844_full_validation.pdf.gz	368.5 KB	表示
XML形式データ	emd_30844_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	emd_30844_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30844	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30843C 30845C 30846C 7dssC 7dstC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	22076 6hwy-1 5553 3668 3669 5mcy-d 9308 5li2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.32 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大	-0.03849764 - 0.07893157
平均 (標準偏差)	9.1941125e-05 (±0.0020023137)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	400	400	400
Spacing	400	400	400

セル

A=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.32	1.32	1.32
M x/y/z	400	400	400
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	528.000	528.000	528.000
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	142	131	145
NX/NY/NZ	101	123	89
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	400	400	400
D min/max/mean	-0.038	0.079	0.000

-
全体 : FMDV capsid in complex with M8 Nab

全体	名称: FMDV capsid in complex with M8 Nab
要素	複合体: FMDV capsid in complex with M8 Nab

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超分子 #1: FMDV capsid in complex with M8 Nab

超分子	名称: FMDV capsid in complex with M8 Nab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29444
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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