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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30844 | |||||||||
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タイトル | FMDV capsid in complex with M8 Nab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong H / Liu P | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022 タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies. 著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30844.map.gz | 27.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30844-v30.xml emd-30844.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30844.png | 53.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30844 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30844_validation.pdf.gz | 368.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30844_full_validation.pdf.gz | 368.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30844_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30844_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30844 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FMDV capsid in complex with M8 Nab
全体 | 名称: FMDV capsid in complex with M8 Nab |
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要素 |
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-超分子 #1: FMDV capsid in complex with M8 Nab
超分子 | 名称: FMDV capsid in complex with M8 Nab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29444 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |