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- EMDB-30676: Activity optimized complex I (closed form) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30676
タイトルActivity optimized complex I (closed form)
マップデータ
試料
  • 複合体: supercomplex of electron transport chain complexes
    • タンパク質・ペプチド: x 44種
  • リガンド: x 8種
キーワードrespiratory / electron transport / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly ...Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / Neutrophil degranulation / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitochondrial protein degradation / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / response to cAMP / neurogenesis / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / fatty acid binding / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / brain development / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family ...Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Jeon TJ / Lee SG
引用ジャーナル: Antioxid Redox Signal / 年: 2022
タイトル: A Dynamic Substrate Pool Revealed by cryo-EM of a Lipid-Preserved Respiratory Supercomplex.
著者: Tae Jin Jeon / Seong-Gyu Lee / Suk Hyun Yoo / Myeongbin Kim / Dabin Song / Joonghyun Ryu / Hwangseo Park / Deok-Soo Kim / Jaekyung Hyun / Ho Min Kim / Seong Eon Ryu /
要旨: Mitochondrial respiratory supercomplexes mediate redox electron transfer, generating a proton gradient for ATP synthesis. To provide structural information on the function of supercomplexes in ... Mitochondrial respiratory supercomplexes mediate redox electron transfer, generating a proton gradient for ATP synthesis. To provide structural information on the function of supercomplexes in physiologically relevant conditions, we conducted cryoelectron microscopy studies with supercomplexes in a lipid-preserving state. Here, we present cryoelectron microscopy structures of bovine respiratory supercomplex IIIIIV by using a lipid-preserving sample preparation. The preparation greatly enhances the intercomplex quinone transfer activity. The structures reveal large intercomplex motions that result in different shapes and sizes of the intercomplex space between complexes I and III, forming a dynamic substrate pool. Biochemical and structural analyses indicated that intercomplex phospholipids mediate the intercomplex motions. An analysis of the different classes of focus-refined complex I showed that structural switches due to quinone reduction led to the formation of a novel channel that could transfer reduced quinones to the intercomplex substrate pool. Our results indicate potential mechanism for the facilitated electron transfer involving a dynamic substrate pool and intercomplex movement by which supercomplexes play an active role in the regulation of metabolic flux and reactive oxygen species.
履歴
登録2020年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_30676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 391.244 Å		1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 391.244 Å		1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 391.244 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3973 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.111
最小 - 最大-0.27393278 - 1.1427308
平均 (標準偏差)0.0025842756 (±0.01712313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 391.244 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : supercomplex of electron transport chain complexes

全体名称: supercomplex of electron transport chain complexes
要素
  • 複合体: supercomplex of electron transport chain complexes
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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超分子 #1: supercomplex of electron transport chain complexes

超分子名称: supercomplex of electron transport chain complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 39.27493 KDa
配列文字列: MNPIIFIIIL LTIMLGTIIV MISSHWLLVW IGFEMNMLAI IPIMMKNHNP RATEASTKYF LTQSTASMLL MMAVIINLMF SGQWTVMKL FNPMASMLMT MALAMKLGMA PFHFWVPEVT QGIPLSSGLI LLTWQKLAPM SVLYQIFPSI NLNLILTLSV L SILIGGWG ...文字列:
MNPIIFIIIL LTIMLGTIIV MISSHWLLVW IGFEMNMLAI IPIMMKNHNP RATEASTKYF LTQSTASMLL MMAVIINLMF SGQWTVMKL FNPMASMLMT MALAMKLGMA PFHFWVPEVT QGIPLSSGLI LLTWQKLAPM SVLYQIFPSI NLNLILTLSV L SILIGGWG GLNQTQLRKI MAYSSIAHMG WMTAVLPYNP TMTLLNLIIY IIMTSTMFTM FMANSTTTTL SLSHTWNKTP IM TVLILAT LLSMGGLPPL SGFMPKWMII QEMTKNNSII LPTFMAITAL LNLYFYMRLT YSTTLTMFPS TNNMKMKWQF PLM KKMTFL PTMVVLSTMM LPLTPMLSVL E

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

+
分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.058521 KDa
配列文字列:
MNLMLALLTN FTLATLLVII AFWLPQLNVY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLPWASQ TANLNTMLT MALFLIILLA VSLAYEWTQK GLEWTE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

+
分子 #3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 52.13075 KDa
配列文字列: MLKYIIPTIM LMPLTWLSKN NMIWVNSTAH SLLISFTSLL LMNQFGDNSL NFSLLFFSDS LSTPLLILTM WLLPLMLMAS QHHLSKENL TRKKLFITML ISLQLFLIMT FTAMELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALIYIQ ...文字列:
MLKYIIPTIM LMPLTWLSKN NMIWVNSTAH SLLISFTSLL LMNQFGDNSL NFSLLFFSDS LSTPLLILTM WLLPLMLMAS QHHLSKENL TRKKLFITML ISLQLFLIMT FTAMELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALIYIQ NTVGSLNFLM LQYWVQPVHN SWSNVFMWLA CMMAFMVKMP LYGLHLWLPK AHVEAPIAGS MVLAAVLLKL GG YGMLRIT LILNPMTDFM AYPFIMLSLW GMIMTSSICL RQTDLKSLIA YSSVSHMALV IVAILIQTPW SYMGATALMI AHG LTSSML FCLANSNYER IHSRTMILAR GLQTLLPLMA TWWLLASLTN LALPPTINLI GELFVVMSTF SWSNITIILM GVNM VITAL YSLYMLIMTQ RGKYTYHINN ISPSFTRENA LMSLHILPLL LLTLNPKIIL GPLY

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

+
分子 #4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 10.800186 KDa
配列文字列:
MSMVYMNIMM AFTVSLVGLL MYRSHLMSSL LCLEGMMLSL FVMAALTILN SHFTLASMMP IILLVFAACE AALGLSLLVM VSNTYGTDY VQNLNLLQC

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

+
分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 19.082479 KDa
配列文字列:
MMLYIVFILS VIFVMGFVGF SSKPSPIYGG LGLIVSGGVG CGIVLNFGGS FLGLMVFLIY LGGMMVVFGY TTAMATEQYP EIWLSNKAV LGAFVTGLLM EFFMVYYVLK DKEVEVVFEF NGLGDWVIYD TGDSGFFSEE AMGIAALYSY GTWLVIVTGW S LLIGVVVI MEITRGN

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

+
分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 48.562137 KDa
配列文字列: SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRGG AGFPTGLKWS FMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR GEFYNEASNL QVAIREAYEA G LIGKNACG ...文字列:
SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRGG AGFPTGLKWS FMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR GEFYNEASNL QVAIREAYEA G LIGKNACG SGYDFDVFVV RGAGAYICGE ETALIESIEG KQGKPRLKPP FPADVGVFGC PTTVANVETV AVSPTICRRG GA WFASFGR ERNSGTKLFN ISGHVNNPCT VEEEMSVPLK ELIEKHAGGV TGGWDNLLAV IPGGSSTPLI PKSVCETVLM DFD ALIQAQ TGLGTAAVIV MDRSTDIVKA IARLIEFYKH ESCGQCTPCR EGVDWMNKVM ARFVRGDARP AEIDSLWEIS KQIE GHTIC ALGDGAAWPV QGLIRHFRPE LEERMQQFAQ QHQARQAAF

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 23.840361 KDa
配列文字列: GAGGALFVHR DTPENNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD ...文字列:
GAGGALFVHR DTPENNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD IEEIIDELKA GKIPKPGPRS GRFSCEPAGG LTSLTEPPKG PGFGVQAGL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 77.044078 KDa
配列文字列: TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG ...文字列:
TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG VDDLGTTGRG NDMQVGTYIE KMFMSELSGN IIDICPVGAL TSKPYAFTAR PWETRKTESI DVMDAVGSNI VV STRTGEV MRILPRMHED INEEWISDKT RFAYDGLKRQ RLTEPMVRNE KGLLTHTTWE DALSRVAGML QSFQGNDVAA IAG GLVDAE ALIALKDLLN RVDSDTLCTE EVFPTAGAGT DLRSNYLLNT TIAGVEEADV VLLVGTNPRF EAPLFNARIR KSWL HNDLK VALIGSPVDL TYRYDHLGDS PKILQDIASG SHPFSQVLQE AKKPMVILGS SALQRNDGAA ILAAVSNIAQ KIRTS SGVT GDWKVMNILH RIASQVAALD LGYKPGVEAI QKNPPKMLFL LGADGGCITR QDLPKDCFIV YQGHHGDVGA PIADVI LPG AAYTEKSATY VNTEGRAQQT KVAVTPPGLA REDWKIIRAL SEIAGMTLPY DTLDQVRNRL EEVSPNLVRY DDVEGAN YF QQASELSKLV NQQLLADPLV PPQLTIKDFY MTDSISRASQ TMAKCVKAVT EGAHAVEEPS IC

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.207301 KDa
配列文字列: ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF ...文字列:
ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF WMFEEREKMF EFYERVSGAR MHAAYVRPGG VHQDLPLGLM DDIYEFSKNF SLRIDELEEM LTNNRIWRNR TV DIGIVTA EDALNYGFSG VMLRGSGIQW DLRKTQPYDV YDQVEFDVPI GSRGDCYDRY LCRVEEMRQS IRIISQCLNK MPP GEIKVD DAKVSPPKRA EMKTSMESLI HHFKLYTEGY QVPPGATYTA IEAPKGEFGV YLVSDGSSRP YRCKIKAPGF AHLA GLDKM SKGHMLADVV AIIGTQDIVF GEVDR

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

+
分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 26.464807 KDa
配列文字列: ESSAADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFNELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPIES SVPVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL ...文字列:
ESSAADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFNELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPIES SVPVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL SGYVELRYDD EVKRVVAEPV ELAQEFRKFD LNSPWEAFPA YRQPPESLKL EAGDTKPEAK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 20.104531 KDa
配列文字列:
PSSTQPAVSQ ARAVVPKPAA LPSSRGEYVV AKLDDLINWA RRSSLWPMTF GLACCAVEMM HMAAPRYDMD RFGVVFRASP RQSDVMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVVSMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG I LQLQKKIK REKRLRIWYR R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 20.219947 KDa
配列文字列:
TYKYVNLREP SMDMKSVTDR AAQTLLWTEL IRGLGMTLSY LFREPATINY PFEKGPLSPR FRGEHALRRY PSGEERCIAC KLCEAVCPA QAITIEAEPR ADGSRRTTRY DIDMTKCIYC GFCQEACPVD AIVEGPNFEF STETHEELLY NKEKLLNNGD K WEAEIAAN IQADYLYR

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.451367 KDa
配列文字列:
SAESGKNEKG LPPNPKKQSP PKKPVSAAPT EPFDNTTYKN LQHHDYSTYT FLDLNLDLSK FRMPQPSSGR ESPRH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

+
分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 15.361272 KDa
配列文字列:
AQDQTRDTQL ITVDEKLDIT TITGVPEEHI KTRKARIFVP ARNNMQSGVN NTKKWKMEFD TRERWENPLM GWASTADPLS NLVLTFSTK EDAVAFAEKN GWSYDVEERK VPKPKSKSYG ANFSWNKRTR VSTK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 12.563475 KDa
配列文字列:
PFFDVQKRLG VDLDRWMTIQ SAEQPHKIPS RCHAFEKEWI ECAHGIGSIR AEKECKIEFE DFRECLLRQK TMKRLHAIRR QREKLIKEG KYTPPPHHSG QEEPRS

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 10.55172 KDa
配列文字列:
GVRTSPTGEK VTHTGQVYDD GDYRKVRFVG RQKEVNENFA IDLIAEQPVS QVGSRVISCD GGGGALGHPR VYINLDKETK TGTCGYCGL QFRQQHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.117445 KDa
配列文字列:
MWFEVLPGIA VMGVCLFIPG MATARIHRFS NGGKEKRVAH YPYQWYLMER DRRVSGVNRS YVSKGLENID

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 10.966627 KDa
配列文字列:
AAAAAIRGVR GKLGLREIRI HLCQRSPGSQ GVRDFIEKRY VELKKANPDL PILIRECSDV QPKLWARYAF GQEKNVSLNN FSADQVTRA LENVLSSKA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

+
分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.226654 KDa
配列文字列:
AERVAAFLKN VWAKEPVLVA SFAIAGLAVI LPTLSPYTKY SLMINRATPY NYPVPLRDDG NMPDVPSHPQ DPQGPSLEWL KRL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

+
分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.203414 KDa
配列文字列:
AGLLKKTTGL VGLAVCETPH ERLKILYTKI LDVLGHIPKN AAYRKYTEQI TNEKLSMVKA EPDVKKLEER LQGGQIEEVI LQAENELSL ARKMIQWKPW EPLVEEPPAS QWKWPI

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

+
分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 14.952349 KDa
配列文字列:
AASGLRQAAV AASTSVKPIF SRDMNEAKRR VRELYRAWYR EVPNTVHLFQ LDISVKQGRD KVREMFKKNA HITDPRVVDL LVIKGKMEL EETIKVWKQR THVMRFFHET EAPRPKDFLS KFYVGHDP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 12.564387 KDa
配列文字列:
ASATRFIQWL RNWASGRDLQ AKLQLRYQEI SKRTQPPPKL PVGPSHKLSN NYYCTRDGRR EAMPPSIVMS SQKVLVAGKP AESSAVAAS EKKAVSPAPP IKRWELSQDE PYL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

+
分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 19.992936 KDa
配列文字列:
PGIVELPSLE DLKVQEVKVS SSVLKAAAHH YGAQCDKPNK EFMLCRWEEK DPRRCLEEGK LVNQCALEFF RQIKRHCAEP FTEYWTCID YSGLQLFRRC RKQQAQFDEC VLDKLGWVRP DLGDLSKVTK VKTDRPLPEN PYHSRARPEP NPEVEGDLKP A RHGSRLFF WTM

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 39.174031 KDa
配列文字列: LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYVVNHLGR MGSQVIVPHR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSS VVINLVGREW ETQNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRSK AVGEKEVRET F PEATIIKP ...文字列:
LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYVVNHLGR MGSQVIVPHR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSS VVINLVGREW ETQNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRSK AVGEKEVRET F PEATIIKP AEIFGREDRF LNYFANIRWF GGVPLISLGK KTVKQPVYIV DVTKGIINAI KDPDARGKTF AFVGPSRYLL FD LVQYVFA VAHRPFLPYP LPHFAYRWIG RLFEISPFEP WTTRDKVERI HTTDKILPHL PGLEDLGVEA TPLELKAIEV LRR HRTYRW LSSEIEDVQP AKTIPTSGP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial

+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 36.739734 KDa
配列文字列: LQYGPLAYIL GEKATKKMTE KSKLITVDGN ICSGKSKLAK EIAEKLGLKH FPEAGIHYVD STTGDGKPLP VQFSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQAW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV DHYNQVKKVT I CEYLPPHV ...文字列:
LQYGPLAYIL GEKATKKMTE KSKLITVDGN ICSGKSKLAK EIAEKLGLKH FPEAGIHYVD STTGDGKPLP VQFSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQAW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV DHYNQVKKVT I CEYLPPHV VVYVDVPVPE VQSRIQKKGN PHEMKITSAY LQDIENAYKG TFLPEMSEKC EVLQYSAWEA QDAEKVVEDI EY LKYDKGP WLDQNDRNLH KLRMLVQDKL EVLNYTSIPV FLPEVTVGAH QSDQVFQEFT ELPGRKYRAG YNEDVGDKWI WLK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial

+
分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 14.640825 KDa
配列文字列:
AKTVLRQYWD IPEGTECHRK TYATTSIGGA AGLVVSAYSV ALKTPTSFLE GVARTGRYTF TAAAIGAIFG LTSCISAQVR EKPDDPLNY LIGGCAGGLI LGARTRSYGI GAAACAYMGL TAALVKMGQL EGWQVFAEPK V

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 17.115508 KDa
配列文字列:
MELLQVLKRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG KNTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT VKPPTARKFI WTNHKFNLSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

+
分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 16.563199 KDa
配列文字列:
AASKVKQDMP PVGGYGPIDY KRNLPRRGLS GYSMFAVGIG ALLFGYWSMM KWNRERRRLQ IEDFEARIAL MPLLQAEKDR RVLQMLREN LEEEATVMKD VPGWKVGESV FHTTRWVTPM MGELYGLRAS EEVLSATYGF IWYT

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

+
分子 #29: Acyl carrier protein, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 10.119541 KDa
配列文字列:
SDAPPLTLEG IKDRVLYVLK LYDKIDPEKL SVNSHFMKDL GLDSLDQVEI IMAMEDEFGF EIPDIDAEKL MCPQEIVDYI ADKKDVYE

UniProtKB: Acyl carrier protein, mitochondrial

+
分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 6.978148 KDa
配列文字列:
MNLLQVVRDH WVHVLVPMGF VFGYYLDRKN DEKLTAFRNK SLLYKRELKP NEEVTWK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

+
分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.500289 KDa
配列文字列:
AGGGAHIEPR YRQFPQLTRS QVIQAEFFSA TMWFWILWRF WHDSDAVLGH FPYPDPSQWT DEELGIPPDD ED

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #32: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 11.029509 KDa
配列文字列:
AHGHGHEHGP SKMELPDYKQ WKIEGTPLET VQEKLAARGL RDPWGRNEAW RYMGGFANNV SFVGALLKGF KWGFAAFVVA IGAEYYLES QKKDKKHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

+
分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 15.075063 KDa
配列文字列:
SFPKYEASRL SSLPTTLDPA EYDISSETRK AQAERLAIRS RLKREYQLQY YDPSRRGVIE DPALVRWTYA RSANIYPNFR PNTKTSLLG ALFGIGPLVF WYYVFKTDRD RKEKLIQEGK LDRTFNISY

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

+
分子 #34: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 16.752357 KDa
配列文字列:
SGDHGKRLFI IKPSGFYDKR FLKLLRFYIL LTGIPVAIGI TLINVFIGEA ELAEIPEGYV PEHWEYFKHP ISRWIARTFF DGPEKNYER TMAILQIEAE KAELRLKELE VRRLMRARGD GPWFHYPTID KELIDHSPKA TPDN

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial

+
分子 #35: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 15.41889 KDa
配列文字列:
SGYTPEEKLR LQQLRELRRR WLKDQELSPR EPVLPPQRVS PVERFWNKFL QDGALWKNVI YKTYRHSIFA FTHVLIPVWI IHYYLKYHV TTKPYTIVEK KPRIFPGDTI LETGEVIPPM KEFPDQHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

+
分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 16.297649 KDa
配列文字列:
GAHLARRYLG DASVEPDPLR MPTFPPDYGF PERKEREMVA TQQEMNDAQL VLQQRDYCAH YLIRFLKCKR DSFPNFLACK HERHDWDYC EHLDYVKRMK EFERERRLLQ RKKRREQREA DMAKGLGPGE VAPEVAL

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.696693 KDa
配列文字列:
AFLSSGAYLT HQQKVLRLYK RALRHLESWC IHRDKYRYFA CLLRARFDEH KNEKDMVKAT QLLREAEEEF WHGQHPQPYI FPESPGGTS YERYECYKVP EWCLDDWHPS EKAMYPDYFA KREQWKKLRR ESWEREVKQL QEETPVGGPR TEALPPARKQ G DLPPLWWH IVTRPRERPM

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

+
分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 14.469059 KDa
配列文字列:
ESSSSRAVIA PSTLAGKRPS EPTLRWQEDP EPEDENLYEK NPDSHGYDKD PAVDIWNMRV VFFFGFSIVL VLGSTFVAYL PDYRMQEWA RREAERLVKY REAHGLPIME SNCFDPSKIQ LPEDED

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial

+
分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 5.836698 KDa
配列文字列:
KFYIQEPPHG SPNWLKVGLT LGTSVFLWIY LIKQHNEDVL EYKRRNGLE

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial

+
分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 14.117295 KDa
配列文字列:
MMTGRQGRAT FQFLPDEARS LPPPKLTDPR LAFVGFLGYC SGLIDNAIRR RPVLLAGLHR QLLYITSFVF VGYYLLKRQD YMYAVRDHD MFSYIKSHPE DFPEKDKKTY GEVFEEFHPV R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

+
分子 #41: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 35.688773 KDa
配列文字列: MFMINILMLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DAIKLFIKEP LRPATSSASM FILAPIMALG LALTMWIPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMSGS F TLSTLITT ...文字列:
MFMINILMLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DAIKLFIKEP LRPATSSASM FILAPIMALG LALTMWIPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMSGS F TLSTLITT QEQMWLILPA WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFALFFMAEY ANIIMMNIFT AI LFLGTSH NPHMPELYTI NFTIKSLLLT MSFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKNFLPLT LALCMWHVSL PILTSGIPPQ T

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

+
分子 #42: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 68.327922 KDa
配列文字列: MNMFSSLSLV TLLLLTMPIM MMSFNTYKPS NYPLYVKTAI SYAFITSMIP TMMFIHSGQE LIISNWHWLT IQTLKLSLSF KMDYFSMMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMY SDPNINKFFK YLLLFLITML ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWY G RADANTAA ...文字列:
MNMFSSLSLV TLLLLTMPIM MMSFNTYKPS NYPLYVKTAI SYAFITSMIP TMMFIHSGQE LIISNWHWLT IQTLKLSLSF KMDYFSMMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMY SDPNINKFFK YLLLFLITML ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWY G RADANTAA LQAILYNRIG DIGFILAMAW FLTNLNTWDL QQIFMLNPSD SNMPLIGLAL AATGKSAQFG LHPWLPSAME GP TPVSALL HSSTMVVAGI FLLIRFYPLT ENNKYIQSIT LCLGAITTLF TAMCALTQND IKKIIAFSTS SQLGLMMVTI GIN QPYLAF LHICTHAFFK AMLFMCSGSI IHSLNDEQDI RKMGGLFKAM PFTTTALIVG SLALTGMPFL TGFYSKDLII EAAN TSYTN AWALLMTLIA TSFTAIYSTR IIFFALLGQP RFPTLVNINE NNPLLINSIK RLLIGSLFAG YIISNNIPPT TIPQM TMPY YLKTTALIVT ILGFILALEI SNMTKNLKYH YPSNAFKFST LLGYFPTIMH RLAPYMNLSM SQKSASSLLD LIWLEA ILP KTISLAQMKA STLVTNQKGL IKLYFLSFLI TILISMILFN FHE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

+
分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.0009 KDa
配列文字列:
MPDSWDKDVY PEPPRRTPAP SPQTSLPNPI TYLTKAFDLL VDRPVTLVRE FIERQHAKNK YYYYHREFRR VPDITECQEK DVLCMFEAE MQWRRDYKVD QEIVNIIQER LKACQQREGE SHRQNCAKEL EQFTQVVKAY QDRYHDLGAH YSARKCLAKQ K QRMLAERK AAKEAAAA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

+
分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 18.757953 KDa
配列文字列:
ASHITKDMLP GPYPKTPEER AAAAKKYNMR VEDYEPYPDD GTGYGDYPKL PDRSQQERDP WYDWDHPDLR LNWGEPMHWD LDMYIRNRV DTSPTPVNWN LMCKHLFGFV AFMLFMFWVG ETYPAYQPVG PKQYPYNNLY LERGGDPNKE PEPVVHYEI

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial

+
分子 #45: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #46: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #47: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #48: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #49: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #50: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #51: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 4 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #52: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 146842
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る