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- EMDB-30595: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in the apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30595
タイトルMycobacterium smegmatis Sdh1 complex in the apo form
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
キーワードsuccinate dehydrogenase / electron transport chain / Mycobacterium smegmatis / Sdh1 / SQR / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く / membrane => GO:0016020 / tricarboxylic acid cycle / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain ...4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate dehydrogenase subunit A / Fumarate reductase iron-sulfur subunit / Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Zhou X / Gao Y
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37030201, XDB37020203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019, 813300237 中国
Chinese Academy of Sciences2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Architecture of the mycobacterial succinate dehydrogenase with a membrane-embedded Rieske FeS cluster.
著者: Xiaoting Zhou / Yan Gao / Weiwei Wang / Xiaolin Yang / Xiuna Yang / Fengjiang Liu / Yanting Tang / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Lu Yu / Changlin Tian / Luke W Guddat / Quan Wang / Zihe Rao / Hongri Gong /
要旨: Complex II, also known as succinate dehydrogenase (SQR) or fumarate reductase (QFR), is an enzyme involved in both the Krebs cycle and oxidative phosphorylation. Mycobacterial Sdh1 has recently been ...Complex II, also known as succinate dehydrogenase (SQR) or fumarate reductase (QFR), is an enzyme involved in both the Krebs cycle and oxidative phosphorylation. Mycobacterial Sdh1 has recently been identified as a new class of respiratory complex II (type F) but with an unknown electron transfer mechanism. Here, using cryoelectron microscopy, we have determined the structure of Sdh1 in the presence and absence of the substrate, ubiquinone-1, at 2.53-Å and 2.88-Å resolution, respectively. Sdh1 comprises three subunits, two that are water soluble, SdhA and SdhB, and one that is membrane spanning, SdhC. Within these subunits we identified a quinone-binding site and a rarely observed Rieske-type [2Fe-2S] cluster, the latter being embedded in the transmembrane region. A mutant, where two His ligands of the Rieske-type [2Fe-2S] were changed to alanine, abolished the quinone reduction activity of the Sdh1. Our structures allow the proposal of an electron transfer pathway that connects the substrate-binding and quinone-binding sites. Given the unique features of Sdh1 and its essential role in , these structures will facilitate antituberculosis drug discovery efforts that specifically target this complex.
履歴
登録2020年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月7日-
マップ公開2021年4月7日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d6x
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.5003384 - 3.6520207
平均 (標準偏差)0.00029778882 (±0.05810524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-1.5003.6520.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form

全体名称: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE

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超分子 #1: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form

超分子名称: Mycobacterium smegmatis Sdh1 complex in apo form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)

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分子 #1: Succinate dehydrogenase subunit A

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 70.14718 KDa
配列文字列: MSELERHSYD VVVIGAGGAG LRAVIEARER GLRVAVVTKS LFGKAHTVMA EGGCAAAMRN VNTKDSWQVH FGDTMRGGKF LNNWRMAEL HAQEAPDRVW ELETYGALFD RTKDGKISQR NFGGHTYPRL AHVGDRTGLE IIRTLQQKIV SLQQEDKREL G DYEARIRV ...文字列:
MSELERHSYD VVVIGAGGAG LRAVIEARER GLRVAVVTKS LFGKAHTVMA EGGCAAAMRN VNTKDSWQVH FGDTMRGGKF LNNWRMAEL HAQEAPDRVW ELETYGALFD RTKDGKISQR NFGGHTYPRL AHVGDRTGLE IIRTLQQKIV SLQQEDKREL G DYEARIRV FHETSITELI LDDGKIAGAF GYYRETGNFV LFEAPAVVLA TGGIGKSFKV SSNSWEYTGD GHALALRAGS AL INMEFIQ FHPTGMVWPL SVKGILVTEG VRGDGGVLKN SEGKRFMFDY IPSVFKGQYA ETEEEADQWL KDNDSARRTP DLL PRDEVA RAINAEVKAG RGSPHGGVYL DIASRMPAEE IKRRLPSMYH QFIELAEVDI TKDAMEVGPT CHYVMGGIEV DPDT AAGAT PGLFAAGECS GGMHGSNRLG GNSLSDLLVF GRRAGLGAAD YVRALPDRPK VSEAAVEDAT RLVLAPFEPK AEPEN PYTL HAELQQSMND LVGIIRKEAE IQEALDRLQE LKRRYANVTV EGGRVFNPGW HLAIDMRNML LVSECVAKAA LQRTES RGG HTRDDYPEMD ANWRNTLLVC RVSGGDPVVP DVTVTPEQQV PMRPDLLGCF ELSELEKYYT PEELAEHPER KG

UniProtKB: Succinate dehydrogenase subunit A

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分子 #2: Fumarate reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Fumarate reductase iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 28.851988 KDa
配列文字列: MATYDAKLRV WRGDDTGGEL HDYTVEVNDG EVVLDIIHRL QATQTPDLAV RWNCKAGKCG SCSAEINGRP RLMCMTRMST FGEDEVVTV TPLRTFPVMR DLVTDVSFNY EKARQIPSFT PPKDLQPGEY RMQQEDVNRS QEFRKCIECF LCQNVCHVVR D HEENKENF ...文字列:
MATYDAKLRV WRGDDTGGEL HDYTVEVNDG EVVLDIIHRL QATQTPDLAV RWNCKAGKCG SCSAEINGRP RLMCMTRMST FGEDEVVTV TPLRTFPVMR DLVTDVSFNY EKARQIPSFT PPKDLQPGEY RMQQEDVNRS QEFRKCIECF LCQNVCHVVR D HEENKENF AGPRFHMRIA ELDMHPLDTV DRKEMAQDEF GLGYCNITKC CTEVCPEHIK ITDNALIPMK ERVADRKYDP IV WLGNKLF RR

UniProtKB: Fumarate reductase iron-sulfur subunit

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分子 #3: Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit)

分子名称: Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 32.583545 KDa
配列文字列: MSAPTADRRA TGVFSPRRAQ IPERTLRTDR WWQAPLLTNL GLAAFVIYAT IRAFWGSAYW VADYHYLTPF YSPCVSTACA PGSSHFGQW VGDLPWFIPM AFISLPFLLA FRLTCYYYRK AYYRSVWQSP TACAVAEPHA KYTGETRFPL ILQNIHRYFF Y AAVLISLV ...文字列:
MSAPTADRRA TGVFSPRRAQ IPERTLRTDR WWQAPLLTNL GLAAFVIYAT IRAFWGSAYW VADYHYLTPF YSPCVSTACA PGSSHFGQW VGDLPWFIPM AFISLPFLLA FRLTCYYYRK AYYRSVWQSP TACAVAEPHA KYTGETRFPL ILQNIHRYFF Y AAVLISLV NTYDAITAFH SPSGFGFGLG NVILTGNVIL LWVYTLSCHS CRHVTGGRLK HFSKHPVRYW IWTQVSKLNT RH MLFAWIT LGTLVLTDFY IMLVASGTIS DLRFIGHHHH HHHHHH

UniProtKB: Succinate dehydrogenase (Membrane anchor subunit)

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分子 #4: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #5: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #6: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #7: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

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分子 #8: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 254341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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