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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30582 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium smegmatis bd complex in the apo-form. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Mycobacterium smegmatis / electron transfer chain / Oxidoreductase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / cytochrome complex / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / aerobic electron transport chain / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang W / Gong H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of mycobacterial cytochrome bd reveals two oxygen access channels. 著者: Weiwei Wang / Yan Gao / Yanting Tang / Xiaoting Zhou / Yuezheng Lai / Shan Zhou / Yuying Zhang / Xiuna Yang / Fengjiang Liu / Luke W Guddat / Quan Wang / Zihe Rao / Hongri Gong / 要旨: Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the ...Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the relationship between the structure and functional mechanisms of these oxidases is incomplete. Here, we have determined the 2.8 Å structure of Mycobacterium smegmatis cytochrome bd by single-particle cryo-electron microscopy. This bd oxidase consists of two subunits CydA and CydB, that adopt a pseudo two-fold symmetrical arrangement. The structural topology of its Q-loop domain, whose function is to bind the substrate, quinol, is significantly different compared to the C-terminal region reported for cytochromes bd from Geobacillus thermodenitrificans (G. th) and Escherichia coli (E. coli). In addition, we have identified two potential oxygen access channels in the structure and shown that similar tunnels also exist in G. th and E. coli cytochromes bd. This study provides insights to develop a framework for the rational design of antituberculosis compounds that block the oxygen access channels of this oxidase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30582.map.gz | 33.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30582-v30.xml emd-30582.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30582.png | 169 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30582.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30582 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30582_validation.pdf.gz | 637.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30582_full_validation.pdf.gz | 637.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30582_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30582_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30582 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1
分子 | 名称: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 |
分子量 | 理論値: 53.997961 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDALDLSRWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LIAVMQTVWV ATGNDTWYRL TRFFGKLFLI NFAIGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD IFGAPLAMEG LAAFFFESTF IGLWIFGWTR LPRWLHLACI WIVAIAVNLS AFFIISANSF MQHPVGARFN P ETGRAELE ...文字列: MDALDLSRWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LIAVMQTVWV ATGNDTWYRL TRFFGKLFLI NFAIGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD IFGAPLAMEG LAAFFFESTF IGLWIFGWTR LPRWLHLACI WIVAIAVNLS AFFIISANSF MQHPVGARFN P ETGRAELE SIFALFTNNT AIAAFTHAVS GAFLTAGVFV ACVCAWWMVR SHRTGGESAA DAATMYRPAT ILGCWVTLVA AV ALFFTGD AQGKLMFEQQ PMKMASAESL CHSEQDPSFS VLTVGTHNNC DSVVHLIEVP YVLPFLAEGK FSGVHLDGVV DLQ RSYEEK FGPGDYRPNL FVTYWSFRAM IGFLAVPGLF ALAALWLTRG GRIPDQRWFS WFALLTIPTP FLANSAGWVF TEMG RQPWV VVPNPTGDQD IRLTVAQGVS DHSVGLVVLS LVAFTLVYAV LAVIWFFLLR RYIVQGPSEH DSEPAAPRPP DADDV APLS FAY UniProtKB: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1 |
-分子 #2: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB
分子 | 名称: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alkaline phosphatase |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 |
分子量 | 理論値: 39.35266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGLQELWFIL LAVLFLGFFL LEGFDFGVGM LMSFFGRAAE KRGQDPEPYR RAALNTIGPV WDGNEVWLIT AGGAMFAAFP EMYASMFSG LYLALLVILC AMILRIVAIE WRGKIDDPGW RRWADTGIAV GSWVPAILWG VAFASLVRGL PVDADKQIHL S FFGDLLNA ...文字列: MGLQELWFIL LAVLFLGFFL LEGFDFGVGM LMSFFGRAAE KRGQDPEPYR RAALNTIGPV WDGNEVWLIT AGGAMFAAFP EMYASMFSG LYLALLVILC AMILRIVAIE WRGKIDDPGW RRWADTGIAV GSWVPAILWG VAFASLVRGL PVDADKQIHL S FFGDLLNA YTLLGGLATC ALFAFHGAVF VSLKTSGEIR TDAFGFARLL ALPATALVAA FGVWTQVAHG TGWTWIVLAA AV IAQLVAV AQVFRGSGEG WAFGATSVVV AAVVVLLFGS LFPDLIPSTL NPDWSLTIYN GSSSPYTLKI MTWAALVFAP LVV VYQGWT YWVFSKRISA DRIPAPIGLS RRSSHHHHHH HHHH UniProtKB: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB |
-分子 #3: HEME B/C
分子 | 名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HEB |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEB: |
-分子 #4: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子 | 名称: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HDD |
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分子量 | 理論値: 632.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HDD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: The software used for reconstruction is cryoSPARC. / 使用した粒子像数: 270938 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |