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- EMDB-30567: Structure of Mrp complex from Dietzia sp. DQ12-45-1b -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30567
タイトルStructure of Mrp complex from Dietzia sp. DQ12-45-1b
マップデータ
試料
  • 複合体: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G
    • タンパク質・ペプチド: Cation antiporter
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
キーワードSodium/proton antiporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:proton antiporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / monoatomic ion transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MrpA C-terminal/MbhE / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / : ...: / MrpA C-terminal/MbhE / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / : / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) / MBH, subunit D / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM
類似検索 - ドメイン・相同性
Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D / Cation antiporter / Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A / Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C / Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F / Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G
類似検索 - 構成要素
生物種Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Li B / Zhang KD
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31971134 中国
National Science Foundation (NSF, China)31770120 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of the Mrp complex reveals molecular mechanism of this giant bacterial sodium proton pump.
著者: Bin Li / Kaiduan Zhang / Yong Nie / Xianping Wang / Yan Zhao / Xuejun C Zhang / Xiao-Lei Wu /
要旨: Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) complexes are sophisticated cation/proton exchangers found in a vast variety of alkaliphilic and/or halophilic microorganisms, and are critical for their ...Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) complexes are sophisticated cation/proton exchangers found in a vast variety of alkaliphilic and/or halophilic microorganisms, and are critical for their survival in highly challenging environments. This family of antiporters is likely to represent the ancestor of cation pumps found in many redox-driven transporter complexes, including the complex I of the respiratory chain. Here, we present the three-dimensional structure of the Mrp complex from a sp. strain solved at 3.0-Å resolution using the single-particle cryoelectron microscopy method. Our structure-based mutagenesis and functional analyses suggest that the substrate translocation pathways for the driving substance protons and the substrate sodium ions are separated in two modules and that symmetry-restrained conformational change underlies the functional cycle of the transporter. Our findings shed light on mechanisms of redox-driven primary active transporters, and explain how driving substances of different electric charges may drive similar transport processes.
履歴
登録2020年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 6
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d3u
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30567.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-18.336582 - 33.112729999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000002462 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-18.33733.113-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b

全体名称: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b
要素
  • 複合体: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G
    • タンパク質・ペプチド: Cation antiporter
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b

超分子名称: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)

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分子 #1: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D

分子名称: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 59.028 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTLESALTLF VAVPLLTAGV LVAVASRTRL ILTVLFAVLG TQLAAAVATV PWVSDGSVVV HQVALWAPGV SIPFVLDMFS ALMLTVTSL LTLTCAAFAV AAGEAYKRFY PPLVLLVTAG VNGALLTGDL FNFFVFVEVM LLPSYGLMMI TRSGRASVVG V AASRLYIS ...文字列:
MTLESALTLF VAVPLLTAGV LVAVASRTRL ILTVLFAVLG TQLAAAVATV PWVSDGSVVV HQVALWAPGV SIPFVLDMFS ALMLTVTSL LTLTCAAFAV AAGEAYKRFY PPLVLLVTAG VNGALLTGDL FNFFVFVEVM LLPSYGLMMI TRSGRASVVG V AASRLYIS VNLLASTILL IGVALIYGVT GTVNIAQLHG AASEDTAVAV ATALVLFALA IKAAVVPVHG WLARAYPKMS PA VTAMFSG LHTKIAIYAI YRIYAVIFDG DSRYLWVGVV VFSATMLIGV LGAVGEAAPR SILAFHMVSQ IGYILLGVAL FGP IGLTAG IFYLLHHMIV KAALFLAIGA IEVRYGPRRL GQLSGLAKTE PLVAVAFFAS AMSLAGIPPF SGFVAKLSLI IAAL DAGQI AAAAVAVVVS ILTLLSMLKI WTGIFLGEPT PTDSRTLPEG LDPAHSEATG IPDGRDVDGR HRDGVEITGA AAGAT PTDT MAPASTTATA TATDTVTETA SVADTAEAGS PDPDMVPPGR RIGLALAAPA LALSVVTLAL GLGGQLLLEL SGTAAA NLY DPTTYIQAVL G

UniProtKB: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit D

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分子 #2: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A

分子名称: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 100.097484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VTLTLALAVA FGIAAISPLL ARTMGRDAGW PLAAMLGGLA LYIWFAIPVD TVASVEWMPA LGVELRLSLD PLARVFTMIV LGIGAVVMA YSSRYLGRGS GHGGYYGLMT LFAASMLGLV LADDVVVLFV AWEFTTLCSF FLITLAGPKG TQPAVRTLLV T VAGGLCLL ...文字列:
VTLTLALAVA FGIAAISPLL ARTMGRDAGW PLAAMLGGLA LYIWFAIPVD TVASVEWMPA LGVELRLSLD PLARVFTMIV LGIGAVVMA YSSRYLGRGS GHGGYYGLMT LFAASMLGLV LADDVVVLFV AWEFTTLCSF FLITLAGPKG TQPAVRTLLV T VAGGLCLL TAAALMVVRT GTTVLSEILV DPVWSADPAF AAVIAVLIAM AAFTKSAQFP FQAWLPDAMV AATPVSAYLH AA AMVKAGI YLLLRFSEAL HDVPVWNLLL ITCGMTTAVL GAVFAMQRDD LKELLAYSTI SQLGFLVATI GVGTPAAMVA AII HTIAHA LFKSSLFMFV GVVDHQTGTR AMSGLPRLYR IMPGTAIGVG LAAASMAGLP PLLGFVSKEW MFKSMLDAPG GAWA GPALG ALAVFAATFT FAYSARFLLG GFVTHGPPAG PGPEPVHSTP ETIEAPRASF FLPAALPAVL GLVLGLTGFL LEPAV AAAA RASIGEGYEA DFGLWHGFAP ELFMSMIVIT LGIVLVVVRH PVDRFLDREL APITGVATVD ALRRWAIAGG ARVGDV TRT DRISRHVWAV LLVLVALAAV GVVAVRPEPE VGSPVRAEDW IVVVLLVVGT AAMVISRSRL GAVANVGIVG FAMALWF FT LGAVDVALTQ LLVEVLTVVV IVLVLQRLPR AFHTVSRSRT LVSAAVAIVV GLASGAAVWA MTGRRELSDV GRYFLDNA E QDTGGINVVN TVLVDYRALD TLGELTVLGV AGLAVILALH ARRALPRRDV PLAVHADSPL LSAQDNGVFL RTFARILGP LIVLLSLYFL VRGHNAPGGG FNSALIGGAG IAIYYLRAPS DKAARIRVPY VAVIAAGVII GVVTGLAGFV DGSFLLPLHA YLGDVHLTT ALIFDVGVYL AVLGVIMAAI DKLGGDDRSD EPAVPPPPPT GPGAEATAPA ATEDADRVID VTDNREVQA

UniProtKB: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit A

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分子 #3: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C

分子名称: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 14.310331 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTLAISVGVL MAGFVFLVLQ RGMVRVILGF ILLSHAAHLT LMAAGGASRR EAPLVSDPDP ALTSDGLPQA FVLTAIVIAF AITIYLLVL AVIGGDDDDT DIGDLDPLDL LPETPGGAHP EDPEPDEPST HDAEGVHR

UniProtKB: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit C

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分子 #4: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F

分子名称: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 8.9608 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIVVDIAIVL VAIAAVLSSY RMIRGPHAGD RAIAADLLFF AFIALLALVG VRVDSPFVYD LVLVATLVGL VSALSLARLM SGGRR

UniProtKB: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit F

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分子 #5: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G

分子名称: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 12.780665 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSWELVATVL GSVSVLVGAV VFLGGAIGLL RFPDLYVRSS AIGAAAGLGL VFVIAGAFLL HPTWEAAPKV AVAAILQFAS SAIGAMYIA RAGFLSGAAP TTATRYSQIE FTTGPPTDST EVTRDD

UniProtKB: Monovalent Na+/H+ antiporter subunit G

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分子 #6: Cation antiporter

分子名称: Cation antiporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
分子量理論値: 13.878893 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTSTLTWPLR IAWFLLWFFW QQTTTSAKVV RDAFLPHASI TPGFVRFPTR CRSELEVTML SSLITLTPGT LTLGAHHPGE GEDWEIVVH GMYFPDPDDL TASLHDLENH MLRAIRREGL TR

UniProtKB: Cation antiporter

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分子 #7: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 28 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 93505
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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