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万見
- EMDB-30559: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30559
タイトルFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGMEN ANTIBODY F145
マップデータ
試料
  • 複合体: Foot-and-mouth disease virus
    • 複合体: Foot-and-mouth disease virus
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP1
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP2
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP3
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP4
    • 複合体: F145 V H/L
      • タンパク質・ペプチド: F145 VH
      • タンパク質・ペプチド: F145 VL
キーワードFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV / VIRUS
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者He Y / Lou Z
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: Structures of Foot-and-mouth Disease Virus with neutralizing antibodies derived from recovered natural host reveal a mechanism for cross-serotype neutralization.
著者: Yong He / Kun Li / Yimei Cao / Zixian Sun / Pinghua Li / Huifang Bao / Sheng Wang / Guoqiang Zhu / Xingwen Bai / Pu Sun / Xuerong Liu / Cheng Yang / Zaixin Liu / Zengjun Lu / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus ...The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus in natural hosts. In this study, we isolated serotype O-specific neutralizing antibodies (NAbs) (F145 and B77) from recovered natural bovine hosts by using the single B cell antibody isolation technique. We also identified a serotype O/A cross-reacting NAb (R50) and determined virus-NAb complex structures by cryo-electron microscopy at near-atomic resolution. F145 and B77 were shown to engage the capsid of FMDV-O near the icosahedral threefold axis, binding to the BC/HI-loop of VP2. In contrast, R50 engages the capsids of both FMDV-O and FMDV-A between the 2- and 5-fold axes and binds to the BC/EF/GH-loop of VP1 and to the GH-loop of VP3 from two adjacent protomers, revealing a previously unknown antigenic site. The cross-serotype neutralizing epitope recognized by R50 is highly conserved among serotype O/A. These findings help to elucidate FMDV neutralization by natural hosts and provide epitope information for the development of a universal vaccine for cross-serotype protection against FMDV.
履歴
登録2020年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d3l
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7d3l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 446.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0068 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.08621774 - 0.14004463
平均 (標準偏差)0.0013658745 (±0.008923033)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-239-239-239
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 446.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.930.930.93
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z446.400446.400446.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-239-239-239
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0860.1400.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Foot-and-mouth disease virus

全体名称: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
要素
  • 複合体: Foot-and-mouth disease virus
    • 複合体: Foot-and-mouth disease virus
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP1
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP2
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP3
      • タンパク質・ペプチド: O/TIBET/99 VP4
    • 複合体: F145 V H/L
      • タンパク質・ペプチド: F145 VH
      • タンパク質・ペプチド: F145 VL

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超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Foot-and-mouth disease virus

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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超分子 #3: F145 V H/L

超分子名称: F145 V H/L / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
詳細: Single-chain fragment variable (scFv) was designed by splicing the VH and VL genes using a flexible linker (GGGGSGGGGSGGGGS). The C-termini of the scFv included a His tag.
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: O/TIBET/99 VP1

分子名称: O/TIBET/99 VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.524781 KDa
配列文字列: TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGNCKYGES PVTNARGDLQ VLAQKAARAL P TSFNYGAI ...文字列:
TTSTGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATV YNGNCKYGES PVTNARGDLQ VLAQKAARAL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAIHPSE ARHKQKIVAP VKQLL

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分子 #2: O/TIBET/99 VP2

分子名称: O/TIBET/99 VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.338387 KDa
配列文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDPFGRCYQ LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSIDKRGLYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATAE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDPFGRCYQ LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSIDKRGLYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY DQYKVHKPWT LVVMVVAPLT VNTEGAPQIK VYANIAPTNV HVAGEFPSKE

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分子 #3: O/TIBET/99 VP3

分子名称: O/TIBET/99 VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.875801 KDa
配列文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLHFEGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列:
GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLHFEGD VPYVTTKTDS DRVLAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDAAETT NVQGWVCLFQ ITHGKADGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR TQ

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分子 #4: O/TIBET/99 VP4

分子名称: O/TIBET/99 VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 8.778129 KDa
配列文字列:
GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA

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分子 #5: F145 VH

分子名称: F145 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 16.827703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
QVQLRESGPS LVKPSQTLSL TCTASGFSLS DKAVGWVRQA PGKALEWLGS IDTGGSTGYN PGLKSRLSIT KDNSKSRVSL SVSSVTTED SATYYCTTVY HETSRTCPDG YIYDPGCGGS WVCSRLFPTD RCIVGRTTTY EWYVDAWGQG LLVTVSS

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分子 #6: F145 VL

分子名称: F145 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 12.605449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
WAQAVLTQPS SVSGSLGQRV SITCSGSSSN VGNGYVSWYQ LIPGSAPRTL IYGDTSRASG VPDRISGSRS GNTATLTISS VQAEDEADY FCASAEDSSS NAVFGSGTTL TVLGDYKDDD DKGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.63 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15460
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15460
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7d3l:
FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGMEN ANTIBODY F145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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