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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30541 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of a pre-catalytic group II intron complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() intron homing / mRNA processing / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | |||||||||
![]() | Liu N / Dong XL / Hu CX / Wang J / Wang HW / Belfort M | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Exon and protein positioning in a pre-catalytic group II intron RNP primed for splicing. 著者: Nan Liu / Xiaolong Dong / Cuixia Hu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / Jia Wang / Hong-Wei Wang / Marlene Belfort / ![]() ![]() 要旨: Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the ...Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the intron-encoded protein (IEP), which is essential for splicing. Although structures of spliced group II intron RNAs and RNP complexes have been characterized, structural insights into the splicing process remain enigmatic due to lack of pre-catalytic structural models. Here, we report two cryo-EM structures of endogenously produced group II intron RNPs trapped in their pre-catalytic state. Comparison of the catalytically activated precursor RNP to its previously reported spliced counterpart allowed identification of key structural rearrangements accompanying splicing, including a remodeled active site and engagement of the exons. Importantly, altered RNA-protein interactions were observed upon splicing among the RNP complexes. Furthermore, analysis of the catalytically inert precursor RNP demonstrated the structural impact of the formation of the active site on RNP architecture. Taken together, our results not only fill a gap in understanding the structural basis of IEP-assisted group II intron splicing, but also provide parallels to evolutionarily related spliceosomal splicing. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase
全体 | 名称: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase |
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要素 |
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-超分子 #1: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase
超分子 | 名称: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: group II intron- LtrB
分子 | 名称: group II intron- LtrB / タイプ: rna / ID: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: cacauccaua acgugcgccc agauagggug uuaagucaag uaguuuaagg uacuacucug uaagauaaca cagaaaacag ccaaccuaac cgaaaagcga aagcugauac gggaacagag cacgguugga aagcgaugag uuaccuaaag acaaucgggu acgacugagu ...文字列: cacauccaua acgugcgccc agauagggug uuaagucaag uaguuuaagg uacuacucug uaagauaaca cagaaaacag ccaaccuaac cgaaaagcga aagcugauac gggaacagag cacgguugga aagcgaugag uuaccuaaag acaaucgggu acgacugagu cgcaauguua aucagauaua agguauaagu uguguuuacu gaacgcaagu uucuaauuuc gguuaugugu cgauagagga aagugucuga aaccucuagu acaaagaaag guaaguuaug guuguggacu uaucuguuau caccacauuu guacaaucug uaggagaacc uaugggaacg aaacgaaagc gaugccgaga aucugaauuu accaagacuu aacacuaacu ggggauaccc uaaacaagaa ugccuaauag aaaggaggaa aaaggcuaua gcacuagagc uugaaaaucu ugcaagggua cggaguacuc guaguagucu gagaagggua acgcccuuua cauggcaaag ggguacaguu auuguguacu aaaauuaaaa auugauuagg gaggaaaacc ucaaaaugaa accaacaaug gcaauuuuag aaagaaucag uaaaaauuca caagaaaaua uagacgaagu uuuuacaaga cuuuaucguu aucuuuuacg uccagauauu uauuacgugg cgacgcguug ggaaauggca augauagcga aacaacguaa aacucuuguu guaugcuuuc auugucaucg ucacgugauu cauaaacaca agugaauuuu uacgaacgaa caauaacaga gccguauacu ccgagagggg uacguacggu ucccgaagag gguggugcaa accagucaca guaaugugaa caaggcggua ccucccucuu cacca |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
Image recording ID | 1 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 231724 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |